PDB-5vyj: Crystal structure of the photosynthetic phosphoenolpyruvate carbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vyj

タイトル

Crystal structure of the photosynthetic phosphoenolpyruvate carboxylase isoenzyme from maize in complex with Gly

要素

Phosphoenolpyruvate carboxylase

キーワード

LYASE / PEPC-C4 / C4 metabolism / allosteric activator

機能・相同性

機能・相同性情報

response to cytokinin / phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / response to nitrate / leaf development / response to ammonium ion / carbon fixation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Gonzalez-Segura, L. / Guemez-Toro, R. / Munoz-Clares, R.A.

資金援助

メキシコ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification of the allosteric site for neutral amino acids in the maize C4isozyme of phosphoenolpyruvate carboxylase: The critical role of Ser-100.
著者: Gonzalez-Segura, L. / Mujica-Jimenez, C. / Juarez-Diaz, J.A. / Guemez-Toro, R. / Martinez-Castilla, L.P. / Munoz-Clares, R.A.

履歴

登録	2017年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2017年6月28日	ID: 4UOL
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.2	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.4	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vyj.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vyj.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vyj_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vyj_full_validation.pdf.gz	546.3 KB	表示
XML形式データ	5vyj_validation.xml.gz	118.4 KB	表示
CIF形式データ	5vyj_validation.cif.gz	160.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/5vyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/5vyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jqoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mgi-1 6u2t-d 6v3o-2 6v3o-1 1qb4-1 5luc-d 1fiy-1 2abm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase

B: Phosphoenolpyruvate carboxylase

C: Phosphoenolpyruvate carboxylase

D: Phosphoenolpyruvate carboxylase

ヘテロ分子

439 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.950, 167.240, 242.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate carboxylase 分子量: 109484.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ppc1 / プラスミド: pET32-ZmPEPC-C4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: Q84KR7, UniProt: P04711*PLUS, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.26 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 0.1 M TRIS HYDROCHLORIDE PH 8.5, 15% (W/V) PEG 4000, 0.1M POTASSIUM/SODIUM TARTRATE-4-HYDRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→57.08 Å / Num. obs: 90116 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 62.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
XDS		データスケーリング
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JQO

1jqo

解像度: 3.3→57.079 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2527	4510	5.01 %
R_work	0.2096	-	-
obs	0.2118	89996	93.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→57.079 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29262	0	77	0	29339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	29941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.001	40527
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.633	11324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	4473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3003-3.3378	0.3631	96	0.3016	1662	X-RAY DIFFRACTION	55
3.3378-3.377	0.2823	113	0.2775	1895	X-RAY DIFFRACTION	63
3.377-3.4182	0.3202	110	0.282	2090	X-RAY DIFFRACTION	69
3.4182-3.4615	0.3793	109	0.3054	2199	X-RAY DIFFRACTION	74
3.4615-3.507	0.3281	122	0.2734	2415	X-RAY DIFFRACTION	79
3.507-3.5551	0.3147	126	0.2682	2556	X-RAY DIFFRACTION	84
3.5551-3.6058	0.2865	147	0.2613	2642	X-RAY DIFFRACTION	89
3.6058-3.6597	0.3616	133	0.3249	2802	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6597-3.7168	0.3874	155	0.3257	2954	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7168-3.7778	0.2904	149	0.248	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7778-3.8429	0.2719	156	0.2424	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8429-3.9128	0.3724	155	0.2997	2952	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9128-3.988	0.2954	166	0.2291	2994	X-RAY DIFFRACTION	99
3.988-4.0694	0.2174	143	0.1972	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0694-4.1578	0.2332	170	0.1935	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1578-4.2545	0.1941	144	0.1801	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2545-4.3609	0.245	148	0.1796	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3609-4.4787	0.2068	157	0.1847	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4787-4.6105	0.2236	168	0.1857	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6105-4.7592	0.2548	163	0.1731	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7592-4.9292	0.2164	170	0.1734	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9292-5.1265	0.2493	169	0.1773	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1265-5.3596	0.2116	174	0.1786	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3596-5.642	0.2427	162	0.1856	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
5.642-5.9951	0.2497	164	0.1847	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9951-6.4574	0.2223	176	0.1773	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4574-7.1061	0.225	158	0.165	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1061-8.1319	0.2192	148	0.1459	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1319-10.2357	0.1436	174	0.1307	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
10.2357-57.0873	0.2044	185	0.1952	3199	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1904	-0.0387	0.0134	0.2463	0.0325	0.2021	0.013	0.0202	0.0033	-0.1837	0.0309	0.0856	0.2377	-0.3053	-0.3045	-0.2133	-0.5936	-0.0008	-0.5442	0.1709	0.1224	20.9279	-77.4207	0.7206
2	0.2727	0.0388	-0.0023	0.2857	-0.1042	0.2523	-0.01	-0.1788	-0.0607	0.2752	0.0309	-0.1587	-0.2975	-0.0164	0.1156	-0.0558	-0.0347	0.0404	-0.0947	0.0055	-0.1036	40.6942	-29.685	17.1472
3	0.1944	-0.0646	0.1488	0.4936	0.0621	0.4433	0.047	-0.0695	0.0469	-0.0291	-0.0373	-0.1363	0.3341	-0.185	0.04	-0.0825	0.0312	0.2362	0.0621	-0.1449	0.0285	41.9446	-53.9988	-65.889
4	0.4568	-0.0872	-0.315	0.4434	0.1468	0.664	0.0016	0.212	-0.159	0.2026	-0.1304	0.1893	-0.2087	-0.6612	-0.3317	-0.1594	0.3586	0.0846	0.0588	-0.1032	0.1074	21.6864	-6.4464	-49.8963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 35:970)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 36:970)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 36:970)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 36:970)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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