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万見
- PDB-6mg2: C-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Ol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mg2
タイトルC-terminal bZIP domain of human C/EBPbeta with 16bp Methylated Oligonucleotide Containing Consensus Recognition Sequence-C2221 Crystal Form
要素
  • 16-bp methylated oligonucleotide
  • CCAAT/enhancer-binding protein beta
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / bZIP Transciption Factor DNA Methylation CpA methylation PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation ...granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of osteoclast differentiation / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of interleukin-6 production / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / ubiquitin-like protein ligase binding / regulation of cell differentiation / Transcriptional Regulation by VENTX / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / cellular response to interleukin-1 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of fat cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / ovarian follicle development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of T cell proliferation / liver regeneration / response to endoplasmic reticulum stress / acute-phase response / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / kinase binding / memory / histone deacetylase binding / nuclear matrix / Transcriptional regulation of granulopoiesis / neuron differentiation / positive regulation of inflammatory response / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.928 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X. / Yang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for effects of CpA modifications on C/EBP beta binding of DNA.
著者: Yang, J. / Horton, J.R. / Wang, D. / Ren, R. / Li, J. / Sun, D. / Huang, Y. / Zhang, X. / Blumenthal, R.M. / Cheng, X.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_detector
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _diffrn_detector.type
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCAAT/enhancer-binding protein beta
B: CCAAT/enhancer-binding protein beta
C: 16-bp methylated oligonucleotide
D: 16-bp methylated oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6246
ポリマ－28,5004
非ポリマー1242
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9480 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.854, 113.648, 75.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CCAAT/enhancer-binding protein beta / C/EBP beta / Liver activator protein / LAP / Liver-enriched inhibitory protein / LIP / Nuclear ...C/EBP beta / Liver activator protein / LAP / Liver-enriched inhibitory protein / LIP / Nuclear factor NF-IL6 / Transcription factor 5 / TCF-5


分子量: 9325.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEBPB, TCF5, PP9092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17676
#2: DNA鎖 16-bp methylated oligonucleotide


分子量: 4924.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.98 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.928→33.903 Å / Num. obs: 63673 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 1.928→2 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 6293 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.287 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 2.0E+42 / 解像度: 1.928→33.903 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 3162 4.97 %
Rwork0.1752 --
obs0.1769 63591 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.928→33.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1094 654 8 290 2046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9392647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.0571031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.928-1.95680.3471300.30362461X-RAY DIFFRACTION92
1.9568-1.98740.31281410.27092586X-RAY DIFFRACTION99
1.9874-2.01990.24781360.25432641X-RAY DIFFRACTION100
2.0199-2.05480.2631380.2442620X-RAY DIFFRACTION100
2.0548-2.09210.28591420.23972634X-RAY DIFFRACTION100
2.0921-2.13240.25691340.22042638X-RAY DIFFRACTION100
2.1324-2.17590.26981390.20982643X-RAY DIFFRACTION100
2.1759-2.22320.21621380.20222663X-RAY DIFFRACTION100
2.2232-2.27490.25061380.18912637X-RAY DIFFRACTION100
2.2749-2.33180.19861360.19122636X-RAY DIFFRACTION100
2.3318-2.39480.20151410.18982662X-RAY DIFFRACTION100
2.3948-2.46520.22061350.19022624X-RAY DIFFRACTION100
2.4652-2.54480.20341420.18132669X-RAY DIFFRACTION100
2.5448-2.63570.21711350.17762604X-RAY DIFFRACTION100
2.6357-2.74120.19091380.18212661X-RAY DIFFRACTION100
2.7412-2.86590.24411400.19132595X-RAY DIFFRACTION100
2.8659-3.01690.23961400.19142658X-RAY DIFFRACTION99
3.0169-3.20580.21791350.18772599X-RAY DIFFRACTION99
3.2058-3.45310.21921330.15972635X-RAY DIFFRACTION99
3.4531-3.80020.16371370.15482645X-RAY DIFFRACTION100
3.8002-4.34910.16361370.13152626X-RAY DIFFRACTION100
4.3491-5.47560.19891400.15882647X-RAY DIFFRACTION100
5.4756-33.90860.20981370.15552645X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5008-3.42152.09846.8421-5.2152.7615-0.0805-0.2352-0.1215-0.03380.39260.31790.0301-0.2358-0.31370.38740.0468-0.02710.33920.02080.290827.308352.440134.0304
20.64571.1897-0.18662.9818-1.12520.7851-0.02320.0236-0.0512-0.253-0.0378-0.05310.0509-0.02530.05050.21060.00870.00930.2379-0.01550.172724.74253.436925.0202
38.34430.35943.41861.60760.6882.2771-0.1040.2795-0.1788-0.10240.0025-0.04580.0910.1680.09190.21910.02640.03050.26530.00830.174228.426728.064736.2443
42.4731.29872.13420.98980.30352.6475-0.0421-0.25940.077-0.0124-0.0148-0.02170.13970.0540.05850.23820.02420.03050.2587-0.00140.228327.625728.796638.1146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 268 through 332 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 268 through 336 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 16 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 101 through 116 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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