PDB-6mfh: Mutated Uronate Dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mfh

タイトル

Mutated Uronate Dehydrogenase

要素

Mutated Uronate Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

mutated (突然変異) /

uronate dehydrogenase (ウロン酸デヒドロゲナーゼ)

機能・相同性

NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE /

リン酸塩 / NAD-dependent epimerase/dehydratase

機能・相同性情報

生物種

Chromohalobacter salexigens DSM 3043 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Chan, V. / Zwart, P.H. / Wagschal, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Process Biochem / 年: 2020
タイトル: Chromohalobacter salixigens uronate dehydrogenase: Directed evolution for improved thermal stability and mutant CsUDH-inc X-ray crystal structure
著者: Wagschal, K. / Chan, V. / Pereira, J.H. / Zwart, P.H. / Sankaran, B.

履歴

登録	2018年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mfh.cif.gz	129.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mfh.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ay3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ay9-d 4hm4-1 4hm5-1 1ndo-d 4hm8-1 1uuw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mutated Uronate Dehydrogenase

ヘテロ分子

31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mutated Uronate Dehydrogenase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	14_555	-y+3/4,-x+3/4,-z+3/4	1
crystal symmetry operation	19_555	-x+3/4,-z+3/4,-y+3/4	1
crystal symmetry operation	24_555	-z+3/4,-y+3/4,-x+3/4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.098, 197.098, 197.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-450- HOH
2	1	A-451- HOH
3	1	A-453- HOH
4	1	A-492- HOH
5	1	A-530- HOH
6	1	A-641- HOH

#1: タンパク質	Mutated Uronate Dehydrogenase / NAD-dependent epimerase/dehydratase 分子量: 30463.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The final construct was based on a DNA shuffle using Chromohalobacter salexigens and Polaromonas naphthalenivorans 由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens DSM 3043 (バクテリア) 株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: CSAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QUN7*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール分子量: 154.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 30% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→69.7 Å / Num. obs: 41593 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 47 % / B_iso Wilson estimate: 23.3 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.3 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.3 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / R_merge(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 4107 / CC_1/2: 0.715 / R_pim(I) all: 0.76 / R_rim(I) all: 5.26 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3211: ???)	精密化
xia2	0.4.0.338	データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER	1.13	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AY3

3ay3

解像度: 2.04→69.685 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	1635	4.81 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.2073	34023	81.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→69.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2144	0	34	245	2423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2249
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.579	3059
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.881	1316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0401-2.1001	0.325	138	0.331	2581	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1001-2.1679	0.3235	160	0.3164	3184	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1679-2.2454	0.3844	127	0.31	2693	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2454-2.3353	0.2576	105	0.2884	2172	X-RAY DIFFRACTION	67
2.3353-2.4416	0.3707	112	0.2749	2164	X-RAY DIFFRACTION	67
2.4416-2.5703	0.2905	115	0.2496	2327	X-RAY DIFFRACTION	71
2.5703-2.7314	0.2514	118	0.241	2408	X-RAY DIFFRACTION	73
2.7314-2.9423	0.256	133	0.2111	2593	X-RAY DIFFRACTION	79
2.9423-3.2384	0.1959	138	0.1942	2683	X-RAY DIFFRACTION	82
3.2384-3.7069	0.2162	148	0.1683	2956	X-RAY DIFFRACTION	89
3.7069-4.6702	0.1703	165	0.1398	3170	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6702-69.7253	0.1883	176	0.1741	3457	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9831	-0.7902	0.57	4.5904	0.1915	3.6882	-0.0992	-0.4492	0.5539	0.3644	0.0178	0.1137	-0.3388	0.0376	0.0719	0.2904	0.0206	0.0319	0.1621	-0.0217	0.2155	68.8244	115.2953	82.9413
2	5.0206	2.132	-0.0309	5.0071	2.3703	3.6543	-0.1801	0.2307	0.6798	-0.12	-0.0258	0.2357	-0.4783	-0.2343	0.2024	0.2618	0.0435	0.0316	0.1882	0.1013	0.3205	60.1137	114.6458	74.0687
3	4.69	5.1132	0.0407	6.0296	-0.6528	2.6526	0.0809	0.0963	0.4024	0.194	0.0948	0.3343	-0.0977	-0.088	-0.1534	0.2121	0.0639	0.0633	0.214	-0.0181	0.2791	51.7793	101.3833	83.6958
4	6.9614	4.626	-2.2247	4.5381	-0.1686	1.9443	0.0241	0.0436	0.4799	-0.1509	0.0116	0.4009	0.0167	0.0654	-0.09	0.2191	0.0591	0.0094	0.181	0.0306	0.262	58.3591	106.3221	69.0133
5	0.9003	-0.4712	0.142	5.3352	-1.6271	0.4574	0.0505	0.0013	-0.0412	-0.0881	-0.1077	0.1013	0.0239	0.0376	0.0594	0.1775	0.0274	0.0308	0.1904	0.0024	0.1335	65.1106	89.9103	81.1572
6	1.7422	1.2087	-3.1107	0.8421	-1.9855	7.5706	0.1338	-0.1033	-0.017	-0.0516	-0.0025	0.1209	0.0706	0.3141	-0.0415	0.2057	0.0386	0.0233	0.2252	0.035	0.2443	60.239	95.7118	73.3769
7	0.9346	-0.4859	0.67	1.5379	-1.2329	2.1587	0.0247	-0.043	0.0468	0.1569	-0.0409	-0.033	-0.1743	-0.0116	0.0167	0.2163	0.0223	0.032	0.1961	0.0174	0.2127	73.8754	96.2845	83.769
8	3.0881	1.9272	-0.0568	5.9293	0.1082	4.4016	0.4319	-0.6976	0.2332	1.1263	-0.2183	-0.1477	-0.2257	-0.1773	-0.0978	0.4104	0.067	0.0587	0.2845	0.0063	0.15	70.4439	88.0171	104.8274
9	2.7204	2.0164	0.5715	1.6851	-0.181	2.6864	-0.0744	-0.3596	0.784	0.2521	0.182	0.3769	-0.2587	-0.5756	0.0074	0.2907	0.0592	0.1139	0.3437	0.036	0.3186	49.1494	92.0093	93.4456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 69 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 133 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 134 through 151 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 152 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 230 through 247 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 248 through 277 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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