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万見
- PDB-6mff: HLA-DQ2-glia-omega1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mff
タイトルHLA-DQ2-glia-omega1
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
  • MHC class II HLA-DQ-beta-1 - DQ2-glia-omega1 chimeric protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune Complex / Celiac disease / Gliadin epitope / TCR cross-reactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-beta-1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Petersen, J. / Ciacchi, L. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discriminative T-cell receptor recognition of highly homologous HLA-DQ2-bound gluten epitopes.
著者: Dahal-Koirala, S. / Ciacchi, L. / Petersen, J. / Risnes, L.F. / Neumann, R.S. / Christophersen, A. / Lundin, K.E.A. / Reid, H.H. / Qiao, S.W. / Rossjohn, J. / Sollid, L.M.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
C: MHC class II HLA-DQ-beta-1 - DQ2-glia-omega1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6584
ポリマ－47,2162
非ポリマー4422
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.870, 96.610, 107.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 21416.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1 - DQ2-glia-omega1 chimeric protein


分子量: 25798.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19712
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 23% PEG3350 and 0.1 M NaH2PO4, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→67.32 Å / Num. obs: 15331 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2200 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.366 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→46.935 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 771 5.04 %
Rwork0.2086 --
obs0.2107 15303 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2999 0 28 25 3052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5754251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2121850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.7630.42071510.36562355X-RAY DIFFRACTION100
2.763-2.97630.32771220.27942381X-RAY DIFFRACTION100
2.9763-3.27580.30581380.26282385X-RAY DIFFRACTION100
3.2758-3.74960.28351200.21132442X-RAY DIFFRACTION100
3.7496-4.72340.22071240.1672412X-RAY DIFFRACTION100
4.7234-46.94270.16621160.17462557X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9837-2.3892-2.10668.2285-2.85732.3727-1.25851.31831.41990.1466-0.23190.1223-1.65090.66591.08311.1748-0.1464-0.38010.5248-0.0120.5766-17.773917.416820.754
24.9917-1.4910.21326.44570.04983.2421-0.293-0.26630.46140.43290.01450.294-0.7423-0.06930.28130.5588-0.0254-0.11210.3808-0.060.3365-24.05898.806622.3053
33.30121.89490.51465.8855-0.49363.4893-0.23050.27920.1697-0.9190.26020.95740.1852-0.595-0.07950.4809-0.0131-0.14870.42820.03170.3934-34.5319-10.354215.496
43.00880.9343-0.46875.4358-0.7292.515-0.18140.19760.4549-0.1656-0.082-0.2293-0.8250.34840.22190.6932-0.1502-0.17170.53740.05760.3769-14.29513.478414.0581
53.2507-1.6317-0.56729.13560.70484.52620.11320.1544-0.6202-0.6162-0.1624-1.01491.53710.59020.04240.90950.23010.10610.48920.14080.5782-13.6356-24.961211.1349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 180 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 39 through 129 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 130 through 226 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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