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万見
- PDB-6mfc: GphF GNAT-like decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfc
タイトルGphF GNAT-like decarboxylase
要素GphF
キーワードLYASE / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / AprA MT2-like domain / : / : / AprA N-terminal domain / AprA winged helix domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain ...: / AprA MT2-like domain / : / : / AprA N-terminal domain / AprA winged helix domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Aminopeptidase / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cystobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.589 Å
データ登録者Skiba, M.A. / Tran, C.L. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008353 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Repurposing the GNAT Fold in the Initiation of Polyketide Biosynthesis.
著者: Skiba, M.A. / Tran, C.L. / Dan, Q. / Sikkema, A.P. / Klaver, Z. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GphF
A: GphF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0837
ポリマ－49,3302
非ポリマー7535
水75742
1
B: GphF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0874
ポリマ－24,6651
非ポリマー4223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: GphF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9953
ポリマ－24,6651
非ポリマー3302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.334, 145.700, 78.006
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GphF


分子量: 24664.844 Da / 分子数: 2 / 断片: GNAT-like decarboxylase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cystobacter violaceus (バクテリア)
遺伝子: gphF / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: U6BSB2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30-35% PEG 3350, 0.23-0.3 M Ammonium Acetate, 0.1 M BisTris HCl pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月10日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.589→43.962 Å / Num. obs: 24892 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.146 % / Biso Wilson estimate: 76.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rrim(I) all: 0.192 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 11.73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.59-2.7513.5932.9980.9638930.4983.11498.3
2.75-2.9313.4771.9551.537430.7462.033100
2.93-3.1712.5131.2172.4434850.9171.27100
3.17-3.4712.6290.4856.3432330.9850.506100
3.47-3.8813.8360.24313.1829250.9950.253100
3.88-4.4713.870.15220.5925930.9970.158100
4.47-5.4612.9370.10127.4222200.9980.106100
5.46-7.6712.350.08929.6217540.9980.09399.9
7.67-43.96212.0680.04746.6210460.9990.04999.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2REE

2ree


解像度: 2.589→43.962 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 1242 5 %
Rwork0.2341 --
obs0.236 24860 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 171.16 Å2 / Biso mean: 91.205 Å2 / Biso min: 53.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.589→43.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2934 0 35 42 3011
Biso mean--112.24 77.21 -
残基数----390
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5888-2.69250.54631360.50512535267197
2.6925-2.8150.51281370.45925822719100
2.815-2.96340.42991370.395926032740100
2.9634-3.1490.32861410.353226032744100
3.149-3.3920.3871360.317826022738100
3.392-3.73320.30921290.214526342763100
3.7332-4.2730.24011410.193226122753100
4.273-5.38210.18241390.171426712810100
5.3821-43.96850.22971460.193627762922100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0443-0.7785-0.67134.4531-2.57893.9940.2730.3327-0.2125-0.3269-0.07850.13580.9240.3539-0.25731.0130.0669-0.13690.4613-0.03260.49920.6688-2.0592-13.2997
23.931-0.5015-0.74985.6917-0.86777.83880.22550.07960.1027-0.55060.02650.491-0.4348-0.2554-0.15830.81290.0578-0.10380.47820.03330.553114.73235.3988-12.583
32.07620.2187-3.5161.821-2.17384.00940.44611.3160.9443-0.73950.31030.63990.4025-0.8731-0.08221.1054-0.0485-0.40510.7511-0.06450.83216.36676.2482-19.8904
43.52112.3085-4.86338.0648-3.07486.96260.1721-0.05410.16330.68980.01080.7186-0.6998-0.5646-0.08421.12270.0106-0.12650.72240.01510.72466.417112.1835-9.8627
58.99163.0363-3.0858.826-6.56548.08890.16440.92360.5757-1.4492-0.1390.406-0.03860.80760.11611.4109-0.0961-0.15160.84510.05060.614425.343325.0639-22.1843
66.4476-1.01083.15537.7695-0.41895.018-0.20790.6410.0121-1.73370.32630.2655-1.1491-0.0438-0.09981.2449-0.0384-0.16080.72660.07530.562514.753218.8578-18.8044
79.9472.84674.0327.22041.09974.1599-0.0884-0.00120.4034-0.6166-0.0782-0.1407-0.96270.19090.2131.1122-0.0877-0.02190.54550.04790.456720.680217.3147-12.4178
83.6643-1.09551.50233.99091.46092.1246-0.0397-0.2868-0.07840.28930.1044-0.08330.28120.3054-0.121.46160.151-0.01820.7471-0.05750.543135.5165-25.5362-8.9776
96.62411.3253-5.13035.8803-1.02288.09510.1354-0.0230.2815-0.2030.0202-0.0746-0.5572-0.0008-0.19241.37230.1631-0.06530.6024-0.02740.492732.2782-22.1041-17.3979
103.2955-4.1231-4.77027.22516.41196.26240.30690.1527-0.0142-0.7915-0.47750.01140.0759-0.03480.16441.18540.0853-0.14430.6344-0.01210.502729.9773-28.9443-27.0679
118.6288-3.96391.3124.6457-0.11910.75580.22410.4552-0.2522-0.0821-0.1372-0.0512-0.1441-0.139-0.15381.57460.14770.0430.695-0.04220.527933.1609-29.966-29.9889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 499 through 537 )B499 - 537
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 538 through 600 )B538 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 601 through 615 )B601 - 615
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 616 through 626 )B616 - 626
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 627 through 654 )B627 - 654
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 655 through 671 )B655 - 671
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 672 through 693 )B672 - 693
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 499 through 537 )A499 - 537
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 538 through 600 )A538 - 600
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 601 through 646 )A601 - 646
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 647 through 693 )A647 - 693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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