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万見
- PDB-6mf8: TCR alpha transmembrane domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mf8
タイトルTCR alpha transmembrane domain
要素T-cell receptor alpha chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / mechanoreceptor / transmembrane / TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell receptor alpha chain constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Brazin, K.N. / Reinherz, E.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM047467 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI100643 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56AI138489 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: The T Cell Antigen Receptor alpha Transmembrane Domain Coordinates Triggering through Regulation of Bilayer Immersion and CD3 Subunit Associations.
著者: Brazin, K.N. / Mallis, R.J. / Boeszoermenyi, A. / Feng, Y. / Yoshizawa, A. / Reche, P.A. / Kaur, P. / Bi, K. / Hussey, R.E. / Duke-Cohan, J.S. / Song, L. / Wagner, G. / Arthanari, H. / Lang, M.J. / Reinherz, E.L.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor alpha chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2501
ポリマ－5,2501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, chain is monomeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5140 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド T-cell receptor alpha chain C region


分子量: 5250.164 Da / 分子数: 1 / 断片: Transmembrane domain, residues 93-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tcra / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01849

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
115isotropic12D 1H-15N HSQC
124isotropic23D HNCA
134isotropic23D HN(CA)CB
144isotropic23D HNCO
154isotropic23D HN(CO)CA
163isotropic13D NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle50.5 mM [U-99% 15N] TCRa, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
micelle32 mM U-15N; U-2H; Ile, Leu, Val selective labeling TCRa, 90% H2O/10% D2OILV_12C_15N_sample90% H2O/10% D2O
micelle41 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TCRa, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTCRa_HSQC[U-99% 15N]5
2 mMTCRa_NOEU-15N; U-2H; Ile, Leu, Val selective labeling3
1 mMTCRa_backbone[U-99% 13C; U-99% 15N]4
試料状態イオン強度: 30 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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