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- PDB-6men: Crystal structure of a Tylonycteris bat coronavirus HKU4 macrodom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6men
タイトルCrystal structure of a Tylonycteris bat coronavirus HKU4 macrodomain in complex with adenosine diphosphate glucose (ADP-glucose)
要素Replicase polyprotein 1ab
キーワードHYDROLASE / Coronavirus / macrodomain / ADP-ribose / ADP-ribosylhydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding ...host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain ...RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / : / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Bat coronavirus HKU4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hammond, R.G. / Schormann, N. / McPherson, R.L. / Leung, A.K.L. / Deivanayagam, C.C.S. / Johnson, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35GM119456 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: ADP-Ribose and Analogues bound to the DeMARylating Macrodomain from the Bat Coronavirus HKU4
著者: Hammond, R.G. / Schormann, N. / McPherson, R.L. / Leung, A.K.L. / Deivanayagam, C. / Johnson, M.A.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase polyprotein 1ab
B: Replicase polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3694
ポリマ－37,1902
非ポリマー1,1792
水4,270237
1
A: Replicase polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1842
ポリマ－18,5951
非ポリマー5891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Replicase polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1842
ポリマ－18,5951
非ポリマー5891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.548, 41.691, 60.001
Angle α, β, γ (deg.)73.040, 88.370, 88.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Replicase polyprotein 1ab / pp1ab / ORF1ab polyprotein


分子量: 18595.129 Da / 分子数: 2 / 断片: macrodomain (UNP residues 1154-1324) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bat coronavirus HKU4 (ウイルス) / 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pET15b-TEV / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6W3
#2: 化合物 ChemComp-ADQ / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / ADPグルコ-ス


分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-25% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, protein:ligand molar ratio 1:10
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月2日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.86 Å / Num. obs: 49739 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 371270 / Scaling rejects: 23
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.284 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2476 / CC1/2: 0.721 / Rpim(I) all: 0.508 / Rrim(I) all: 1.382 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSVersion Nov. 1, 2016データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MEA

6mea


解像度: 1.5→29.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.424 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.077
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 2447 4.9 %RANDOM
Rwork0.1729 ---
obs0.1747 47290 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.15 Å2 / Biso mean: 24.8 Å2 / Biso min: 8.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.13 Å2-0.02 Å2
2--0.18 Å2-0.01 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2426 0 76 237 2739
Biso mean--44.32 33.94 -
残基数----323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0142559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.6473501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9081.6625460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7285322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.11224.673107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35915404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.052156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.33632477
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.79252436
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 168 -
Rwork0.259 3527 -
all-3695 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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