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- PDB-6mdy: Crystal structure of a 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mdy
タイトルCrystal structure of a 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードHYDROLASE / NIAID / structural genomics / aldolase / phosphoenolpyruvate / D-arabinose 5-phosphate / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1914
ポリマ－124,1914
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area33720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.520, 87.320, 160.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 36 or (resid 37...
21(chain B and ((resid 0 and (name N or name...
31(chain C and (resid 0 through 22 or (resid 23...
41(chain D and (resid 0 through 1 or (resid 2...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLEULEU(chain A and (resid 0 through 36 or (resid 37...AA0 - 368 - 44
12LYSLYSGLUGLU(chain A and (resid 0 through 36 or (resid 37...AA37 - 3845 - 46
13HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 36 or (resid 37...AA0 - 2748 - 282
14HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 36 or (resid 37...AA0 - 2748 - 282
15HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 36 or (resid 37...AA0 - 2748 - 282
16HISHISPHEPHE(chain A and (resid 0 through 36 or (resid 37...AA0 - 2748 - 282
21HISHISHISHIS(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB08
22HISHISPHEPHE(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB0 - 2748 - 282
23HISHISPHEPHE(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB0 - 2748 - 282
24HISHISPHEPHE(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB0 - 2748 - 282
25HISHISPHEPHE(chain B and ((resid 0 and (name N or name...BB0 - 2748 - 282
31HISHISVALVAL(chain C and (resid 0 through 22 or (resid 23...CC0 - 228 - 30
32ILEILEGLUGLU(chain C and (resid 0 through 22 or (resid 23...CC23 - 2431 - 32
33HISHISPHEPHE(chain C and (resid 0 through 22 or (resid 23...CC0 - 2748 - 282
34HISHISPHEPHE(chain C and (resid 0 through 22 or (resid 23...CC0 - 2748 - 282
35HISHISPHEPHE(chain C and (resid 0 through 22 or (resid 23...CC0 - 2748 - 282
36HISHISPHEPHE(chain C and (resid 0 through 22 or (resid 23...CC0 - 2748 - 282
41HISHISMETMET(chain D and (resid 0 through 1 or (resid 2...DD0 - 18 - 9
42ARGARGARGARG(chain D and (resid 0 through 1 or (resid 2...DD210
43HISHISPHEPHE(chain D and (resid 0 through 1 or (resid 2...DD-1 - 2747 - 282

-
要素

#1: タンパク質
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho- ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase


分子量: 31047.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: kdsA, lpg1182 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZWA3, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: LepnA.00102.a.B1.PS38404 at 22.83 mg/mL against JCSG+ screen condition H3 25% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 5.5, supplemented with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: LepnA.00102.a.B1.PS38404 at 22.83 mg/mL against JCSG+ screen condition H3 25% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 5.5, supplemented with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 298231h3, unique puck ID uya9-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45.554 Å / Num. obs: 33563 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.166 % / Biso Wilson estimate: 44.776 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 17.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.55-2.626.2850.5773.2724150.8750.631100
2.62-2.696.2640.5213.6123880.8950.569100
2.69-2.776.2450.4184.3923210.9160.456100
2.77-2.856.2650.355.3722390.9430.382100
2.85-2.946.2780.2936.3221810.960.3299.9
2.94-3.056.2480.2527.2421470.9690.275100
3.05-3.166.2340.1989.2920290.9790.216100
3.16-3.296.2360.15811.5219650.9860.173100
3.29-3.446.2040.12114.7419100.9910.13299.9
3.44-3.616.2110.08520.0318020.9960.093100
3.61-3.86.1940.07222.7917460.9970.07999.9
3.8-4.036.1710.05927.1616360.9980.065100
4.03-4.316.1620.0473315510.9980.052100
4.31-4.666.1180.04236.5814550.9990.046100
4.66-5.16.0760.03938.7313430.9990.043100
5.1-5.76.0490.0436.2612090.9990.044100
5.7-6.585.9560.04732.511020.9990.052100
6.58-8.065.8420.03239.3194110.035100
8.06-11.45.6490.02153.474110.023100
11.4-45.5544.8940.02348.814420.9990.02696.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.14_3219)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TML

3tml


解像度: 2.55→45.554 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1903 5.68 %
Rwork0.176 --
obs0.1788 33490 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.31 Å2 / Biso mean: 48.3604 Å2 / Biso min: 17.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→45.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7272 0 0 140 7412
Biso mean---35.62 -
残基数----978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88110106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.635725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061291
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2724X-RAY DIFFRACTION6.133TORSIONAL
12B2724X-RAY DIFFRACTION6.133TORSIONAL
13C2724X-RAY DIFFRACTION6.133TORSIONAL
14D2724X-RAY DIFFRACTION6.133TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5499-2.61360.33231290.234921932322100
2.6136-2.68430.33411330.221622182351100
2.6843-2.76330.29731310.208522482379100
2.7633-2.85250.26671420.203722092351100
2.8525-2.95440.30181380.203122062344100
2.9544-3.07270.2371330.209322352368100
3.0727-3.21250.27541590.196722362395100
3.2125-3.38180.26091500.187722192369100
3.3818-3.59360.21041250.176722542379100
3.5936-3.87090.21141280.16622612389100
3.8709-4.26020.21271200.152522922412100
4.2602-4.87610.17181350.133522812416100
4.8761-6.14090.19441460.155923082454100
6.1409-45.56120.19221340.18192427256199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.24070.15660.34272.15250.03061.0386-0.05320.73110.0173-0.62910.0652-0.2285-0.05940.268-0.01540.4655-0.01060.04450.4631-0.09640.30590.0035-10.1893-8.025
21.88310.2395-0.10742.1666-0.05393.61330.02650.2268-0.1827-0.3641-0.06230.43340.34820.08970.03610.24430.0196-0.02930.2388-0.03640.311-12.5535-12.63934.1055
34.1816-0.31610.63850.99590.03184.6981-0.10210.23130.1346-0.25090.1568-0.2745-0.15480.1714-0.08440.28710.0130.05080.2745-0.04870.31813.7007-13.35758.7375
44.50092.7322-1.28817.6748-0.52946.60440.014-0.3391-0.35830.5769-0.11970.31360.54280.01970.15060.38540.0988-0.02140.28330.07820.3207-3.3066-23.701937.8069
51.9506-0.538-0.22442.96480.31444.2388-0.1136-0.496-0.21380.79760.06220.00080.5657-0.3144-0.0710.4731-0.08270.01550.46150.07180.2766-10.6391-18.219248.4547
63.1777-0.17130.08763.0655-0.92615.6806-0.0515-0.2270.12960.3059-0.00560.0541-0.3026-0.0193-0.03970.28920.0105-0.03350.3046-0.01720.2121-8.1817-5.998440.5026
71.61760.15150.38121.2767-0.94344.84570.0871-0.240.17650.2256-0.04810.0284-0.0855-0.04230.03180.24310.0167-0.01790.19690.01750.2591-4.7135-4.06229.3509
81.9674-1.2950.04032.0061-1.16034.86760.0274-0.3817-0.4643-0.40780.01470.62520.2665-0.9278-0.01810.3084-0.0249-0.02930.36450.08920.3986-8.4943-15.366126.0498
91.88791.55360.90913.88771.64013.4740.0298-0.3457-0.5870.28330.05050.45970.388-0.3435-0.06770.28040.01520.0010.32930.08740.4431-6.9041-20.753225.3116
103.88223.6681-4.89893.9451-4.6037.61740.1184-0.21870.22340.58630.0356-0.22860.01590.5386-0.16270.33360.0487-0.01520.3286-0.0350.49413.8494-22.425423.5074
113.62061.36012.61612.8308-0.0626.439-0.0602-0.66760.39320.5251-0.05340.1457-0.723-0.44620.04230.53240.18920.11870.5624-0.03180.3348-32.242817.72941.2656
122.45980.2106-0.61151.0214-0.15374.0608-0.0978-0.6321-0.31690.33090.13920.05830.2296-0.1255-0.10450.3410.07220.02160.42450.10420.3109-28.98671.505635.4901
133.26330.3138-0.4017.0605-0.74735.69160.0124-0.38440.1060.38360.2323-0.1455-0.4328-0.1693-0.26680.32510.10520.05140.33660.0050.2533-31.598816.468225.4873
142.9087-1.22410.38762.4880.69573.86180.10390.4194-0.17440.007-0.06790.1440.2160.11840.02510.23540.0402-0.0170.33440.03160.3002-34.9812.7325-5.799
151.3215-0.2370.14691.8334-0.12452.37420.05340.26380.0039-0.2288-0.027-0.1910.05880.2072-0.03730.22250.01190.03730.25610.01010.2793-21.61219.8972-4.6515
166.10190.5862-0.16953.25630.18265.8868-0.0026-0.0294-0.364-0.01110.1520.164-0.022-0.2906-0.11080.2260.0318-0.00380.24250.05940.2493-35.076612.86747.7831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 139 )A0 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 140 through 185 )A140 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 274 )A186 - 274
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 68 )B0 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 69 through 101 )B69 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 102 through 139 )B102 - 139
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 140 through 185 )B140 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 186 through 212 )B186 - 212
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 213 through 249 )B213 - 249
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 250 through 274 )B250 - 274
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 0 through 82 )C0 - 82
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 83 through 185 )C83 - 185
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 186 through 274 )C186 - 274
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid -1 through 60 )D-1 - 60
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 61 through 185 )D61 - 185
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 186 through 274 )D186 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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