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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6md6 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PLANT EXOHYDROLASE IN COMPLEX WITH METHYL 2-THIO-BETA-SOPHOROSIDE | |||||||||
![]() | Beta-D-glucan exohydrolase isoenzyme ExoI | |||||||||
![]() | HYDROLASE / BETA BARREL / GRAIN DEVELOPMENT / TIM BARREL/BETA SHEET / N-GLYCOSYLATION / PLANT APOPLAST | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Streltsov, V.A. / Luang, S. / Hrmova, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of processive catalysis by an exo-hydrolase with a pocket-shaped active site. 著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / ...著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / Mendoza, F. / Tiessler-Sala, L. / Sanchez-Aparicio, J.E. / Rodriguez-Guerra, J. / Lluch, J.M. / Marechal, J.D. / Masgrau, L. / Hrmova, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 864.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 877.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3wlhC ![]() 3wliC ![]() 3wljC ![]() 3wlkC ![]() 3wllC ![]() 3wlmC ![]() 3wlnC ![]() 3wloC ![]() 3wlpC ![]() 3wlqC ![]() 3wlrC ![]() 6mi1C ![]() 1ieqS ![]() 3wlt S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 65894.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-630 / 変異: N345K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PPICZALPHABNH8/DEST / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-beta-D-glucopyranoside / METHYL 2-THIO-BETA-SOPHOROSIDE |
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#3: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 1021分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING OF AF102868 (GENBANK ACCESSION NUMBER). ...THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.13 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 75MM HEPES-NAOH PH7.0, 1.2% PEG 400, 1.7M AMMONIUM SULPHATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月22日 / 詳細: COLLIMATING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→48.36 Å / Num. obs: 101119 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 29.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 39.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.78 Å / 冗長度: 28 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IEQ 解像度: 1.68→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.412 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.527 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→46.13 Å
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拘束条件 |
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