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- PDB-6mcd: Crystal Structure of tris-thiolate Pb(II) complex with adjacent w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mcd
タイトルCrystal Structure of tris-thiolate Pb(II) complex with adjacent water in a de novo Three Stranded Coiled Coil Peptide
要素Pb(II)(GRAND Coil Ser L12CL16A)-
キーワードDE NOVO PROTEIN / metallopeptide de novo design
機能・相同性LEAD (II) ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tolbert, A.E. / Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01 ES012236 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2020
タイトル: Heteromeric three-stranded coiled coils designed using a Pb(II)(Cys)3template mediated strategy.
著者: Tolbert, A.E. / Ervin, C.S. / Ruckthong, L. / Paul, T.J. / Jayasinghe-Arachchige, V.M. / Neupane, K.P. / Stuckey, J.A. / Prabhakar, R. / Pecoraro, V.L.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pb(II)(GRAND Coil Ser L12CL16A)-
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3693
ポリマ－4,0971
非ポリマー2732
水91951
1
A: Pb(II)(GRAND Coil Ser L12CL16A)-
ヘテロ分子

A: Pb(II)(GRAND Coil Ser L12CL16A)-
ヘテロ分子

A: Pb(II)(GRAND Coil Ser L12CL16A)-
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1089
ポリマ－12,2903
非ポリマー8186
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area7290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.304, 38.304, 141.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

PB

21A-221-

HOH

31A-251-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pb(II)(GRAND Coil Ser L12CL16A)-


分子量: 4096.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% v/v PEG600, 10% v/v glycerol, 0.1 M MES, pH 6.0, 5% w/v PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 6739 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.6 % / Biso Wilson estimate: 24.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 104841
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.53160.4933270.9760.1260.5090.538100
1.53-1.55160.4773210.960.1220.4930.522100
1.55-1.5815.90.3923470.9810.1010.4050.567100
1.58-1.62160.3283190.9790.0840.3390.552100
1.62-1.6516.10.3023260.9850.0780.3120.615100
1.65-1.6916.10.243330.9890.0610.2470.628100
1.69-1.7316.10.2173400.9910.0560.2240.7100
1.73-1.7816.10.1873260.9930.0470.1930.804100
1.78-1.8316.10.1493310.9940.0380.1540.856100
1.83-1.8915.90.1293330.9950.0330.1330.928100
1.89-1.9615.80.1123310.9970.0290.1161.04100
1.96-2.04160.0953320.9970.0240.0981.094100
2.04-2.1315.80.0873390.9990.0230.091.231100
2.13-2.2415.50.0833370.9980.0220.0861.446100
2.24-2.3815.20.0753450.9980.020.0771.595100
2.38-2.56150.073410.9980.0190.0731.609100
2.56-2.8215.30.0663320.9980.0170.0681.536100
2.82-3.2315.20.0563530.9990.0150.0581.372100
3.23-4.0714.60.0483520.9990.0130.051.248100
4.07-5013.10.0533740.9980.0150.0551.3395.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.513
最高解像度最低解像度
Rotation47.05 Å1.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6EGL

6egl


解像度: 1.5→9.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.087 / SU Rfree Blow DPI: 0.075 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.069
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 334 4.98 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 6703 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 106.3 Å2 / Biso mean: 31.52 Å2 / Biso min: 20.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0213 Å20 Å20 Å2
2---1.0213 Å20 Å2
3---2.0425 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→9.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数282 0 2 51 335
Biso mean--23.46 36.89 -
残基数----37
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1913 84 4.49 %
Rwork0.1441 1786 -
all0.1464 1870 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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