PDB-6mc0: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Legionella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mc0

タイトル

Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Legionella pneumophila with Bound Substrate Ribose-5-Phosphate and Product Ribulose-5-Phosphate

要素

Ribose-5-phosphate isomerase A

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / pentose phosphate pathway / ribose-5-phosphate / ribulose-5-phosphate / Ribose-5-phosphate Isomerase / carbohydrate degradation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Legionella pneumophila with Bound Substrate Ribose-5-Phosphate and Product Ribulose-5-Phosphate
著者: Braverman, K.N. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mc0.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mc0.ent.gz	151.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mc0_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mc0_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	6mc0_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	6mc0_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/6mc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/6mc0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6eepS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c02-d 6eep-d 4aaf-d 4aad-d 1uj4-2 4aae-d 6uwk-d 5e5o-d 1b6c-3 4aag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.00944.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribose-5-phosphate isomerase A

B: Ribose-5-phosphate isomerase A

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.290, 67.560, 73.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-602- HOH

#1: タンパク質	Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A / PRI 分子量: 24076.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: rpiA, lpg0094 / プラスミド: LepnA.00944.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZZB7, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 糖	ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 糖	ChemComp-5RP / RIBULOSE-5-PHOSPHATE / リブロ-ス5-りん酸タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₈P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: LepnA.00944.a.B1.PS38423 at 22.85 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(B8): 25.5% (w/v) PEG-4,000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris Base / Hydrochloric, 0.17 M Sodium Acetate, pH = 8.5.Crystals ...詳細: LepnA.00944.a.B1.PS38423 at 22.85 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(B8): 25.5% (w/v) PEG-4,000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris Base / Hydrochloric, 0.17 M Sodium Acetate, pH = 8.5.Crystals from tray 300294b8 were then soaked overnight mixed 1:1 with MCSG1(B8) condition suplemented with 5 mM ribulose-5-phosphate. Tray: 300294b8. Puck: kbr1-2

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.15 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: LepnA.00944.a.B1.PS38423 at 22.85 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(B8): 25.5% (w/v) PEG-4,000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris Base / Hydrochloric, 0.17 M Sodium Acetate, pH = 8.5.Crystals ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月23日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→45.247 Å / Num. obs: 29874 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.066 % / B_iso Wilson estimate: 32.21 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.939 / Net I/σ(I): 15.57 / Num. measured all: 121457 / Scaling rejects: 94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	2.592	0.449	2.22	2202	0.793	0.551	99.6
2.05-2.11	2.913	0.394	2.9	2120	0.809	0.476	99.3
2.11-2.17	3.217	0.327	3.7	2094	0.898	0.388	99.5
2.17-2.24	3.416	0.284	4.58	2007	0.922	0.334	98.7
2.24-2.31	3.595	0.239	5.83	1918	0.946	0.28	98.7
2.31-2.39	3.959	0.214	6.44	1935	0.964	0.247	99.4
2.39-2.48	4.493	0.212	7.21	1839	0.971	0.241	99.5
2.48-2.58	4.614	0.173	8.87	1767	0.98	0.196	99.5
2.58-2.7	4.645	0.135	11.17	1703	0.988	0.153	99.2
2.7-2.83	4.655	0.109	13.21	1616	0.992	0.123	99.8
2.83-2.98	4.697	0.082	16.33	1537	0.995	0.092	99.4
2.98-3.16	4.651	0.069	18.96	1451	0.997	0.078	99.3
3.16-3.38	4.692	0.051	24.89	1385	0.998	0.057	99.6
3.38-3.65	4.685	0.038	33.36	1287	0.999	0.043	99.6
3.65-4	4.613	0.034	36.95	1184	0.999	0.039	99.7
4-4.47	4.611	0.028	44.76	1083	0.999	0.032	99.4
4.47-5.16	4.645	0.026	45.58	956	0.999	0.03	99.3
5.16-6.32	4.671	0.036	36.06	805	0.999	0.04	99.6
6.32-8.94	4.603	0.026	45.51	629	0.999	0.03	98.7
8.94-45.247	4.303	0.022	57.92	356	1	0.025	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.14_3228)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EEP

6eep

解像度: 2→45.247 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	2020	6.77 %
R_work	0.1542	-	-
obs	0.1576	29816	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.85 Å² / B_iso mean: 31.424 Å² / B_iso min: 11.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→45.247 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3232	0	30	424	3686
B_iso mean	-	-	34.23	39.66	-
残基数	-	-	-	-	435

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0001-2.0501	0.2908	125	0.2267	1988	2113	99
2.0501-2.1055	0.2544	146	0.2086	1940	2086	99
2.1055-2.1675	0.2462	152	0.1963	1976	2128	100
2.1675-2.2374	0.286	126	0.1872	1965	2091	99
2.2374-2.3174	0.234	140	0.1745	1992	2132	99
2.3174-2.4102	0.2389	156	0.1792	1946	2102	100
2.4102-2.5199	0.2258	149	0.1684	1994	2143	100
2.5199-2.6527	0.2202	136	0.158	1981	2117	100
2.6527-2.8189	0.2216	146	0.1572	1989	2135	100
2.8189-3.0365	0.2281	147	0.1592	1982	2129	100
3.0365-3.342	0.1852	130	0.1605	2020	2150	100
3.342-3.8253	0.185	143	0.1323	1999	2142	100
3.8253-4.8187	0.1673	178	0.1158	1973	2151	100
4.8187-45.2589	0.1623	146	0.1424	2051	2197	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5942	-0.3996	1.4637	0.8604	0.0803	1.8484	-0.2944	-0.5261	0.6323	0.2877	0.0375	0.0632	-0.4388	-0.1819	0.2174	0.3223	0.0065	-0.0577	0.2381	-0.0931	0.2605	3.4556	10.391	25.368
2	2.4067	-0.7619	1.0186	3.0959	2.134	2.5961	-0.0111	-0.142	0.7497	-0.0582	-0.1433	0.1296	-0.6757	-0.0932	0.2516	0.2664	-0.0296	-0.0335	0.165	-0.1002	0.3393	-10.6201	12.6446	14.884
3	3.9065	-0.7222	-1.4494	4.4405	1.5934	3.9992	0.1045	-0.1079	0.6253	-0.508	-0.0425	-0.2299	-0.845	0.0426	-0.0612	0.2938	-0.0516	-0.0362	0.1703	0.0082	0.2311	0.3499	11.2187	13.4357
4	2.166	-0.2379	0.6363	1.2004	-0.1709	1.7083	-0.0687	-0.6467	0.2629	0.1076	-0.1053	0.093	-0.2134	-0.0982	0.1538	0.2509	-0.0502	-0.0097	0.3024	-0.0641	0.1702	-2.2479	5.5866	25.4086
5	6.948	2.3809	2.5222	6.4854	2.4091	3.7582	0.314	-1.6046	-0.0018	1.1865	-0.4651	-0.7626	-0.0854	0.5664	0.1029	0.3715	-0.0393	-0.1253	0.5604	-0.0165	0.2804	19.977	1.2211	34.7846
6	7.5258	-1.5378	-0.1683	9.1504	-2.2718	6.3399	0.0405	-0.1006	-0.4501	-0.4081	-0.1181	1.0544	0.3867	-0.6393	0.1196	0.1814	-0.0195	-0.0329	0.3652	-0.04	0.3061	-36.0521	-1.6801	-0.192
7	4.1121	0.8035	-1.3252	0.1866	0.0617	4.1038	0.1228	0.0647	0.4647	-0.0429	-0.2843	0.7446	-0.6973	-0.3075	0.0502	0.2763	0.1076	-0.0671	0.2341	-0.0913	0.3298	-27.2555	11.5584	2.5191
8	3.9975	-0.0893	0.0324	2.8872	-1.0349	3.6254	-0.0108	0.131	0.0982	-0.28	-0.1209	0.1172	-0.3205	-0.2617	0.1526	0.2299	0.04	-0.0149	0.1826	-0.0612	0.167	-24.1197	6.2255	-3.6479
9	6.8995	0.9571	1.7057	1.3958	-0.6984	1.1195	-0.1357	-0.3259	0.8303	-0.0462	-0.1763	0.2286	-0.4374	-0.1182	0.2082	0.3018	0.0776	-0.0019	0.1685	-0.0194	0.3081	-18.5511	13.8425	2.4564
10	3.1672	0.2608	0.7921	1.5866	-0.5381	1.1715	0.0713	-0.3507	-0.0986	0.1215	-0.0844	0.23	0.053	-0.4206	-0.0121	0.1738	-0.0322	0.0479	0.2532	-0.0326	0.1531	-23.9476	-2.4999	11.9426
11	2.8669	0.4615	0.6901	3.0067	-1.5974	3.3685	0.2619	-0.1909	-0.6612	0.0203	-0.162	-0.1486	0.2879	-0.0225	0.0083	0.2378	-0.0373	-0.0041	0.1524	0.0261	0.2927	-6.9278	-12.4393	13.812
12	2.1541	-0.2659	0.2752	2.036	-0.256	2.1224	0.1507	-0.4868	-0.209	0.2617	-0.1578	0.1065	0.0772	-0.306	0.0031	0.2132	-0.0866	0.0051	0.2526	0.0143	0.1667	-16.7008	-5.4916	19.4865
13	3.9539	1.8984	2.7986	4.3825	0.879	5.9173	-0.1944	-0.944	0.2714	0.0846	-0.2751	1.3619	0.0469	-1.4152	0.454	0.1841	-0.0057	0.028	0.5452	-0.0821	0.4542	-38.7982	-1.0927	9.5153
14	4.5826	-0.6233	2.5358	6.9614	1.4203	5.3011	-0.0277	-0.25	-0.2482	0.2351	0.2958	-0.3509	0.1068	0.3471	-0.2158	0.132	-0.0118	0.0347	0.2496	0.039	0.1416	21.4415	-4.4789	24.0532
15	5.0756	-0.5826	0.8667	3.3529	2.3544	4.531	-0.0824	-0.1179	-0.4373	0.2902	0.2451	-0.2343	0.33	0.2819	-0.1463	0.1942	-0.0135	0.0057	0.1709	0.0369	0.2074	21.5815	-7.7063	17.8933
16	6.4934	-2.6161	-0.9261	2.9584	1.5354	2.9917	0.1247	0.3469	-0.2264	-0.1229	-0.1369	0.0715	-0.059	0.0995	0.0602	0.2039	-0.071	-0.0036	0.1672	0.0219	0.1829	15.7256	-4.6965	10.1396
17	1.0081	-0.8955	0.8173	1.1221	-0.0826	1.8273	0.1137	-0.5564	-0.8913	0.0181	-0.0619	0.0718	0.746	-0.2714	0.0408	0.3511	-0.0729	-0.0215	0.2522	0.1127	0.304	9.9402	-15.0183	15.8456
18	2.0509	-0.9399	1.1348	3.6876	0.4843	2.368	-0.2144	-0.6977	0.2076	0.4229	0.1139	-0.2174	-0.2237	-0.1671	0.1087	0.1998	-0.0302	-0.0184	0.3307	-0.0312	0.1571	9.1898	2.5039	27.3013
19	2.9707	-0.407	1.2785	1.3159	0.1078	1.3279	0.0724	-0.563	0.0662	0.2284	-0.0926	-0.0722	-0.037	0.0416	-0.0332	0.1881	-0.0671	0.0006	0.2539	-0.0015	0.1246	10.2027	-1.47	24.9209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 120 through 134 )	B	120 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 135 through 147 )	B	135 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 148 through 164 )	B	148 - 164
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 165 through 202 )	B	165 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 203 through 216 )	B	203 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid -1 through 15 )	A	-1 - 15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 16 through 27 )	A	16 - 27
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 28 through 60 )	A	28 - 60
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 61 through 75 )	A	61 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 76 through 134 )	A	76 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 135 through 164 )	A	135 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 165 through 202 )	A	165 - 202
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 203 through 216 )	A	203 - 216
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 0 through 27 )	B	0 - 27
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 28 through 49 )	B	28 - 49
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 50 through 61 )	B	50 - 61
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 62 through 75 )	B	62 - 75
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 76 through 97 )	B	76 - 97
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 98 through 119 )	B	98 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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