PDB-6mbo: GLP Methyltransferase with Inhibitor EML741-P212121 Crystal Form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mbo

タイトル

GLP Methyltransferase with Inhibitor EML741-P212121 Crystal Form

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Histone / H3 / Methylation Inhibition / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / facultative heterochromatin formation / C2H2 zinc finger domain binding / protein-lysine N-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.591 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a Novel Chemotype of Histone Lysine Methyltransferase EHMT1/2 (GLP/G9a) Inhibitors: Rational Design, Synthesis, Biological Evaluation, and Co-crystal Structure.
著者: Milite, C. / Feoli, A. / Horton, J.R. / Rescigno, D. / Cipriano, A. / Pisapia, V. / Viviano, M. / Pepe, G. / Amendola, G. / Novellino, E. / Cosconati, S. / Cheng, X. / Castellano, S. / Sbardella, G.

履歴

登録	2018年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mbo.cif.gz	249.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mbo.ent.gz	197.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mbo_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mbo_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6mbo_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	6mbo_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mbpC 3fpdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i51-d 3mo5-5 5v9j-d 5tuz-d 3hna-d 2igq-d 6mbp-d 3swc-d 5ttg-d 6yk0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.732, 88.306, 95.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP1 / Histone ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP1 / Histone H3-K9 methyltransferase 5 / H3-K9-HMTase 5 / Lysine N-methyltransferase 1D 分子量: 30232.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT1, EUHMTASE1, GLP, KIAA1876, KMT1D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9B1, histone-lysine N-methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP1 / Histone ...

分子量: 30232.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT1, EUHMTASE1, GLP, KIAA1876, KMT1D / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9B1, histone-lysine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 618分子

#2: 化合物	ChemComp-JDG / 2-cyclohexyl-7-methoxy-N-[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]-8-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]-3H-1,4-benzodiazepin-5-amine 分子量: 523.753 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₉N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.63 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15% PEG 4000, 20% isopropanol and 100mM citrate (pH 5.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→40.05 Å / Num. obs: 174976 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 13524 / R_pim(I) all: 0.507 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FPD

3fpd

解像度: 1.591→40.049 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	3820	2.19 %
R_work	0.1807	-	-
obs	0.1811	174575	91.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.591→40.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4142	0	268	590	5000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.648	6165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.009	3618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	788

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5909-1.611	0.278	79	0.3178	4400	X-RAY DIFFRACTION	63
1.611-1.6322	0.2735	154	0.2889	4833	X-RAY DIFFRACTION	70
1.6322-1.6546	0.3282	91	0.2768	5025	X-RAY DIFFRACTION	72
1.6546-1.6782	0.2964	68	0.2666	5298	X-RAY DIFFRACTION	75
1.6782-1.7032	0.2575	212	0.2558	5307	X-RAY DIFFRACTION	77
1.7032-1.7299	0.231	82	0.2506	5527	X-RAY DIFFRACTION	79
1.7299-1.7582	0.2262	46	0.2379	5781	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7582-1.7885	0.2603	254	0.23	5708	X-RAY DIFFRACTION	84
1.7885-1.8211	0.2414	131	0.226	5994	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8211-1.8561	0.2502	45	0.2239	6346	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8561-1.894	0.2291	266	0.2229	6288	X-RAY DIFFRACTION	93
1.894-1.9352	0.2518	114	0.2292	6674	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9352-1.9802	0.1949	82	0.2193	6822	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9802-2.0297	0.2397	224	0.2109	6789	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0297-2.0846	0.2633	158	0.2059	6928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0846-2.1459	0.1897	94	0.1983	6989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1459-2.2152	0.226	225	0.192	6835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2152-2.2943	0.2247	148	0.1846	6976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2943-2.3862	0.2262	98	0.184	6992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3862-2.4948	0.2194	194	0.1834	6856	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4948-2.6263	0.1954	213	0.1794	6693	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6263-2.7908	0.2754	18	0.1696	7095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7908-3.0062	0.1831	241	0.1652	6860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0062-3.3086	0.1951	181	0.1611	6907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3086-3.787	10000000	0	0.1461	7104	X-RAY DIFFRACTION	100
3.787-4.77	0.1352	402	0.1305	6672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.77-40.0617	10000000	0	0.153	7056	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9008	0.3132	-0.4579	7.7113	0.159	2.4919	-0.0443	-0.2088	-0.4824	0.2738	0.0942	0.6279	0.2879	-0.2692	-0.0357	0.1128	-0.0095	0.0212	0.1704	0.0434	0.2418	-21.3204	-27.4061	29.497
2	1.1842	-0.196	0.0946	2.1185	-0.4702	2.7125	0.0646	0.1514	0.079	-0.0895	-0.0398	-0.0879	0.0167	0.1755	-0.025	0.0667	0.0283	0.0095	0.0999	-0.0044	0.1099	-12.4473	-2.9276	10.8984
3	3.6121	-2.0045	0.1557	5.1238	-0.0559	2.3838	0.2845	0.3447	-0.1756	-0.4389	-0.2162	-0.2191	0.3132	0.2172	-0.0621	0.2028	0.075	-0.0071	0.1985	-0.0244	0.0914	-11.064	-13.485	3.1672
4	1.5594	-2.3104	1.9396	6.7975	-2.2845	2.4453	0.2417	0.1033	-0.4252	-0.098	0.0886	0.5453	0.079	-0.2087	-0.3127	0.1266	0.0017	-0.0465	0.1539	-0.0081	0.1636	-20.1408	-16.0763	8.9098
5	1.5003	-0.3268	-0.0745	3.6315	-0.4368	2.0376	-0.0133	-0.044	-0.1437	-0.0766	0.0402	0.0175	0.1289	-0.0039	-0.0358	0.0716	0.0249	-0.0208	0.1005	0.0018	0.1197	-11.1702	-25.1131	22.7005
6	5.951	-1.4364	2.2584	6.0055	1.6718	6.1331	-0.1869	0.0069	0.1867	0.0754	0.1243	-0.7175	-0.0812	0.4727	0.0288	0.099	0.025	-0.0448	0.1069	-0.0156	0.1449	-3.2704	-15.4617	27.0788
7	0.3845	-0.4871	0.3395	4.3457	-1.5881	0.7803	0.0898	0.0629	-0.0224	-0.2964	-0.067	-0.0176	0.1283	0.0506	-0.0163	0.0866	0.0197	-0.0159	0.122	-0.0249	0.0878	-7.3784	-18.7143	16.4669
8	2.8318	-0.9588	0.5377	2.0543	-0.4185	2.6199	0.0875	0.2736	-0.3156	-0.2825	-0.0104	-0.0622	0.2184	0.1446	-0.0852	0.1663	0.0418	0.0015	0.1028	-0.0219	0.1418	-3.6851	-29.7104	18.7266
9	2.1341	1.7918	3.9112	7.9192	3.1188	7.9411	0.083	0.1269	-0.1635	-0.3978	0.0251	-0.4308	0.3062	0.3276	-0.0684	0.1836	0.073	0.0269	0.1587	0.0064	0.1827	3.3805	-35.9399	22.8436
10	10.0271	-6.8205	6.31	2.1907	-5.3478	7.4457	0.157	0.5844	-0.1415	-0.3506	-0.124	0.1174	-0.0833	-0.1354	-0.1682	0.241	0.0399	-0.0467	0.2343	-0.0431	0.142	-33.3741	-0.3452	4.1651
11	7.5582	0.0275	4.7193	0.7893	0.0478	4.7721	-0.023	0.7262	0.4505	-0.3702	-0.0849	-0.1209	-0.389	-0.0239	0.1027	0.237	0.0945	0.0223	0.2659	0.0468	0.1057	-29.1182	8.1294	5.7559
12	1.5885	0.2052	0.5449	2.5137	-0.7224	1.5324	0.0989	-0.3695	-0.1305	0.3923	-0.0153	0.1166	-0.0431	0.0366	-0.0804	0.1668	0.0591	0.0165	0.1477	-0.0087	0.131	-22.7527	-5.7879	34.5313
13	3.1181	-1.5499	0.1218	4.8283	-0.3939	1.948	-0.1283	-0.3865	-0.1757	0.374	0.2056	0.5062	-0.1086	-0.2545	-0.0557	0.1198	0.0139	0.0452	0.1859	0.0387	0.1348	-35.1965	-3.9596	33.7059
14	3.4489	-2.6162	2.7703	4.1484	-2.6303	2.4104	0.2238	0.1719	-0.3004	-0.3204	-0.0638	0.4455	0.3171	-0.0488	-0.1883	0.1147	0.0066	-0.028	0.1281	0.0002	0.1871	-34.5678	-7.9011	23.4774
15	2.8996	-0.3779	0.0063	2.2427	-0.157	2.1018	0.0875	0.2247	0.2513	-0.2091	-0.0383	0.0811	-0.161	-0.1942	-0.0263	0.1218	0.0556	0.0031	0.1202	0.0088	0.1142	-34.658	8.6931	14.426
16	8.703	1.799	-1.0622	7.8466	0.6091	2.4128	0.0778	-0.5457	1.005	0.8023	-0.0123	-0.2536	-0.394	0.141	-0.0685	0.2208	0.0366	-0.0001	0.179	-0.0776	0.3294	-24.5259	16.4663	22.1124
17	1.6877	-0.8188	0.4078	1.9055	-0.3706	1.832	0.003	-0.0513	0.1045	0.0094	0.0147	0.1001	-0.0996	-0.147	-0.0117	0.0662	0.0037	0.0054	0.097	-0.0149	0.1002	-33.7384	8.1339	21.0668
18	7.488	3.1112	0.8458	6.5556	1.5206	3.2646	0.1546	-0.0708	1.2696	-0.0332	-0.0747	0.1358	-0.3942	-0.2045	-0.0572	0.2001	0.0669	0.0333	0.1579	-0.0071	0.3686	-40.1278	24.2035	18.6585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 975 through 1011 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1012 through 1042 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1043 through 1082 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1083 through 1096 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1097 through 1136 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1137 through 1163 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1164 through 1197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1198 through 1219 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1220 through 1235 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 976 through 995 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 996 through 1015 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1016 through 1042 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1043 through 1082 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1083 through 1096 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 1097 through 1136 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1137 through 1153 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 1154 through 1212 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1213 through 1235 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 618分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 618分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 618分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)