PDB-6mb0: Crystal structure of N-myristoyl transferase (NMT) G386E mutant f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mb0

タイトル

Crystal structure of N-myristoyl transferase (NMT) G386E mutant from Plasmodium vivax in complex with inhibitor IMP-1002

要素

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / N-myristoyltransferase / NMT / Salvador I / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Identification of Resistance Breaking Antimalarial N‐Myristoyltransferase Inhibitors.
著者: Schlott, A.C. / Mayclin, S. / Reers, A.R. / Coburn-Flynn, O. / Bell, A.S. / Green, J. / Knuepfer, E. / Charter, D. / Bonnert, R. / Campo, B. / Burrows, J. / Lyons-Abbott, S. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2018年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mb0.cif.gz	532 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mb0.ent.gz	433.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mb0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6mayC 6mazC 6mb1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6may-3 6mb1-2 6nxg-2 6nxg-3 5v0w-1 6maz-1 6ft8-d 5o9v-2 2ynd-1 6skj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

147 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.440, 121.190, 178.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 分子量: 47323.008 Da / 分子数: 3 / 変異: G386E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / プラスミド: PlviB.18219.a.FR21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1G4HIY1, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

#1: タンパク質

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

分子量: 47323.008 Da / 分子数: 3 / 変異: G386E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)
遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / プラスミド: PlviB.18219.a.FR21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1G4HIY1, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 1820分子

#2: 化合物	ChemComp-YNC / TETRADEC-13-YNOIC ACID - COA THIOESTER 分子量: 973.858 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₅₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-JCY / 1-(5-{4-fluoro-2-[2-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)ethoxy]phenyl}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)-N,N-dimethylmethanamine 分子量: 435.537 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₀FN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 24% PEG 3350, 200 mM Ammonium Sulfate, 100 mM BisTris pH 6.5, 0.5mM IMP-0001088, 0.5mM myristoyl CoA: PlviB.18219.a.FR21.PS38348 conc 12.53mg/mL: puck id zzu5-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月15日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 176323 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.036 % / B_iso Wilson estimate: 19.091 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 12.78

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	6.026	0.544	3.18	12704	0.838	0.595	96.2
1.59-1.63	6.175	0.458	3.85	12470	0.885	0.501	96.4
1.63-1.68	6.156	0.385	4.55	12056	0.918	0.421	96.5
1.68-1.73	6.155	0.33	5.35	11811	0.932	0.361	96.5
1.73-1.79	6.136	0.272	6.38	11434	0.952	0.298	96.7
1.79-1.85	6.088	0.22	7.81	11117	0.969	0.241	96.9
1.85-1.92	6.063	0.183	9.38	10780	0.978	0.2	97.4
1.92-2	6.025	0.155	10.69	10402	0.983	0.169	97.7
2-2.09	6.001	0.129	12.7	9988	0.987	0.141	97.7
2.09-2.19	5.983	0.111	14.47	9536	0.99	0.121	97.5
2.19-2.31	5.98	0.097	15.97	9174	0.993	0.106	97.9
2.31-2.45	5.954	0.087	17.35	8702	0.994	0.096	98.7
2.45-2.62	5.974	0.081	18.35	8194	0.994	0.089	98
2.62-2.83	5.975	0.072	20.18	7682	0.995	0.079	99.2
2.83-3.1	5.989	0.063	22.78	7093	0.996	0.069	98.7
3.1-3.47	5.992	0.054	25.94	6448	0.997	0.059	99.1
3.47-4	5.999	0.05	28.23	5751	0.997	0.055	99.3
4-4.9	5.942	0.047	29.67	4894	0.997	0.052	99.3
4.9-6.93	5.862	0.049	27.56	3862	0.997	0.053	99.5
6.93-50	5.443	0.045	28.72	2225	0.997	0.05	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.14_3228: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.55→50 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1778	1978	1.12 %
R_work	0.1522	-	-
obs	0.1525	176241	97.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.81 Å² / B_iso mean: 16.0235 Å² / B_iso min: 5.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9384	0	314	1852	11550
B_iso mean	-	-	11.67	28.56	-
残基数	-	-	-	-	1144

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5499-1.5887	0.2873	145	0.2296	12096	12241	96
1.5887-1.6317	0.2578	132	0.2043	12177	12309	96
1.6317-1.6797	0.2196	143	0.1882	12189	12332	96
1.6797-1.7339	0.1961	116	0.1789	12225	12341	96
1.7339-1.7959	0.1956	137	0.1705	12259	12396	97
1.7959-1.8678	0.1932	153	0.163	12270	12423	97
1.8678-1.9528	0.1673	139	0.1651	12336	12475	97
1.9528-2.0557	0.1926	144	0.1558	12365	12509	97
2.0557-2.1845	0.2007	143	0.153	12431	12574	98
2.1845-2.3532	0.17	128	0.1466	12555	12683	98
2.3532-2.59	0.1737	168	0.1507	12556	12724	98
2.59-2.9648	0.1659	147	0.1499	12676	12823	99
2.9648-3.7351	0.1498	141	0.13	12833	12974	99
3.7351-48.3049	0.151	142	0.1298	13295	13437	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4345	-0.0038	0.0833	0.4403	0.0833	0.2335	-0.0268	-0.0968	0.038	0.0558	0.0122	0.0507	-0.0167	-0.0345	-0.0091	0.0879	0.0149	0.0058	0.0808	-0.0056	0.0871	-7.9968	-68.7197	-6.5679
2	1.1624	-0.0025	-0.1609	1.0255	-0.1823	0.9334	-0.0302	-0.0286	-0.007	0.0055	0.002	0.0641	-0.0172	-0.045	0.0171	0.0546	0.0041	0.0017	0.0833	-0.0039	0.0644	-7.8046	-72.6989	-10.6886
3	2.9974	0.6952	-0.9751	0.4194	-0.1688	0.7446	0.0038	-0.1837	0.2048	0.0158	0.0224	0.0354	-0.0148	0.0017	-0.0287	0.086	0.0163	-0.0103	0.0822	-0.0161	0.0822	0.8962	-63.3692	-5.9173
4	2.3792	1.4767	0.6804	2.5832	1.2049	1.9073	-0.1436	0.2516	-0.0734	-0.3171	0.1929	-0.1017	0.0549	0.0796	-0.0417	0.0871	-0.0011	0.0163	0.1196	-0.023	0.0789	44.5031	-33.0294	-26.7525
5	0.5002	-0.057	-0.0253	0.3639	-0.0562	0.3244	-0.0111	-0.0193	0.0385	0.0044	0.0031	-0.0112	-0.0332	0.0071	0.0056	0.0926	-0.0118	-0.0142	0.0844	0.0041	0.0855	35.2412	-16.8122	-12.4954
6	1.13	-0.5511	0.3149	0.5492	-0.189	0.362	-0.0018	0.0563	0.0327	-0.0417	0.0135	0.0396	-0.031	-0.0149	-0.0125	0.0834	-0.0179	-0.0116	0.0773	0.0149	0.07	25.6157	-17.8577	-26.0627
7	1.3135	-0.0078	-0.0259	0.5986	-0.118	0.4659	-0.0198	-0.0455	-0.0219	0.0147	0.0432	0.0667	0.0166	-0.0608	-0.0258	0.0755	-0.0118	-0.0133	0.0754	0.0134	0.0672	11.8014	-25.9432	-17.1871
8	2.5777	-1.2003	0.0545	0.9451	-0.1024	0.1262	0.0085	0.1659	0.0256	-0.0434	-0.0106	0.0289	0.0215	0.004	-0.004	0.0805	-0.0196	-0.0126	0.08	0.0174	0.0542	22.0646	-25.2579	-28.042
9	2.0778	0.3709	1.3798	1.8621	0.7077	2.7193	-0.0393	-0.1198	0.1625	0.1883	-0.0798	-0.0146	-0.2072	-0.1157	0.0975	0.069	0.0174	0.0143	0.1104	-0.0225	0.0711	-5.1961	-42.7932	-41.128
10	1.6428	0.5246	-0.3509	0.4254	-0.1095	0.6918	-0.0239	0.2173	-0.0031	-0.0703	0.0369	0.0324	-0.0321	-0.0087	-0.0037	0.0867	0.0084	-0.0202	0.1152	0.002	0.065	5.4827	-46.6056	-65.4014
11	0.7862	0.2352	-0.1287	0.4304	0.02	0.2302	0.0053	0.0809	0.0426	-0.0118	-0.001	0.0088	-0.0314	-0.0092	0.0027	0.0741	0.0022	-0.0177	0.0886	0.0077	0.057	7.3996	-42.8564	-55.5287
12	0.4449	-0.9586	0.4214	3.5407	-1.9496	1.3445	-0.0512	0.0982	0.1001	0.2078	-0.1118	-0.3688	-0.1433	0.1039	0.171	0.0659	-0.0051	-0.0021	0.1059	0.0033	0.0952	37.9804	-39.1123	-54.4419
13	0.9115	0.0702	-0.0298	0.6959	-0.2813	0.6916	-0.0222	0.0404	-0.026	-0.0014	0.0047	-0.0608	0.0145	0.055	0.0158	0.0607	-0.0028	-0.0133	0.0879	-0.0009	0.0665	26.0535	-47.9807	-51.0312
14	3.0575	0.5816	-1.2459	0.3721	-0.5362	0.8639	0.0242	-0.0523	0.149	0.0218	-0.0316	-0.0049	-0.0281	0.0483	-0.0009	0.0746	-0.0001	-0.0199	0.0583	-0.0035	0.0735	17.4607	-37.6223	-46.9942
15	2.4263	-1.6758	0.1314	3.7969	0.5269	1.304	-0.0346	-0.019	0.2866	-0.0399	0.0515	-0.1246	-0.2787	0.0571	0.0042	0.0712	-0.0458	0.0039	0.0753	0.0057	0.1538	23.7411	-60.8455	-13.1283
16	0.8391	0.1289	-0.1556	0.5783	-0.0923	0.5882	-0.0091	-0.0317	-0.064	0.0337	0.0013	-0.024	0.0268	-0.0045	0.0049	0.0633	0.0042	0.0005	0.0684	-0.0074	0.0676	15.1246	-79.7279	-8.7504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 199 through 274 )	C	199 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 275 through 358 )	C	275 - 358
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 359 through 410 )	C	359 - 410
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 26 through 59 )	A	26 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 60 through 173 )	A	60 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 174 through 241 )	A	174 - 241
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 242 through 358 )	A	242 - 358
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 359 through 410 )	A	359 - 410
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 26 through 59 )	B	26 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 60 through 116 )	B	60 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 234 )	B	117 - 234
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 235 through 257 )	B	235 - 257
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 258 through 358 )	B	258 - 358
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 359 through 410 )	B	359 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 26 through 59 )	C	26 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 60 through 198 )	C	60 - 198

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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