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- PDB-6m9i: L-GSTSTA from degenerate octameric repeats in InaZ, residues 707-712 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m9i
タイトルL-GSTSTA from degenerate octameric repeats in InaZ, residues 707-712
要素Ice nucleation protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / racemic / ice nucleation / MicroED / InaZ / pseudomonas syringae
機能・相同性Bacterial ice-nucleation, octamer repeat / Ice nucleation protein repeat / Bacterial ice-nucleation proteins octamer repeat. / ice binding / cell outer membrane / Ice nucleation protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Zee, C. / Glynn, C. / Gallagher-Jones, M. / Miao, J. / Santiago, C.G. / Cascio, D. / Gonen, T. / Sawaya, M.R. / Rodriguez, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Homochiral and racemic MicroED structures of a peptide repeat from the ice-nucleation protein InaZ.
著者: Chih-Te Zee / Calina Glynn / Marcus Gallagher-Jones / Jennifer Miao / Carlos G Santiago / Duilio Cascio / Tamir Gonen / Michael R Sawaya / Jose A Rodriguez /
要旨: The ice-nucleation protein InaZ from contains a large number of degenerate repeats that span more than a quarter of its sequence and include the segment GSTSTA. structures of this repeat segment, ...The ice-nucleation protein InaZ from contains a large number of degenerate repeats that span more than a quarter of its sequence and include the segment GSTSTA. structures of this repeat segment, resolved to 1.1 Å by microfocus X-ray crystallography and to 0.9 Å by the cryo-EM method MicroED, were determined from both racemic and homochiral crystals. The benefits of racemic protein crystals for structure determination by MicroED were evaluated and it was confirmed that the phase restriction introduced by crystal centrosymmetry increases the number of successful trials during the phasing of the electron diffraction data. Both homochiral and racemic GSTSTA form amyloid-like protofibrils with labile, corrugated antiparallel β-sheets that mate face to back. The racemic GSTSTA protofibril represents a new class of amyloid assembly in which all-left-handed sheets mate with their all-right-handed counterparts. This determination of racemic amyloid assemblies by MicroED reveals complex amyloid architectures and illustrates the racemic advantage in macromolecular crystallography, now with submicrometre-sized crystals.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ice nucleation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5231
ポリマ－5231
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)9.190, 11.890, 22.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ice nucleation protein / inaZ


分子量: 522.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 707-712 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: L-GSTSTA
由来: (合成) Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア)
参照: UniProt: P06620
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: L-GSTSTA from ice nucleation protein inaZ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア)
EM crystal formation詳細: Batch Mode: 0.1 M McIlvaine, pH 4.2, 12.5% w/v PEG8000, 0.1 M sodium chloride
温度: 298 K
緩衝液pH: 4.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影電子線照射量: 0.01 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
EM回折カメラ長: 1156 mm
EM回折 シェル解像度: 7.27→0.9 Å / フーリエ空間範囲: 86.4 % / 多重度: 4.3 / 構造因子数: 1747 / 位相残差: 1.0E-10 °
EM回折 統計詳細: Phase statistics are not applicable. No imaging was used. The phases were obtained using a crystallographic direct methods program, SHELXD.
フーリエ空間範囲: 86.4 % / 再高解像度: 0.9 Å / 測定した強度の数: 7494 / 構造因子数: 1750 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 1.0E-10 ° / 位相誤差の除外基準: not applicable / Rmerge: 16.2 / Rsym: 16.2
検出器日付: 2017年9月24日
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1
反射解像度: 0.9→7.271 Å / Num. obs: 1760 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 4.269 % / Biso Wilson estimate: 42.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 7513 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
0.9-14.2060.3573.0919015404520.7260.40983.7
1-1.14.4710.2234.4213953543120.9690.25288.1
1.1-1.24.520.2185.349992532210.9440.24687.4
1.2-1.34.5510.2036.167191801580.9580.2387.8
1.3-1.54.2390.1946.39242472180.950.22288.3
1.5-1.84.1650.1597.586831881640.9740.18187.2
1.8-2.33.9750.1058.964771451200.9890.12282.8
2.3-33.7420.1059.0324778660.9860.12284.6
3-53.50.0829.6214053400.9920.09275.5
5-7.2713.1110.1069.03282090.9970.12645

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
6Coot0.8.9.1モデルフィッティング
8PHENIX1.12_2829モデル精密化
12XSCALEcrystallography merging
13SHELXD３次元再構成
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 9.19 Å / B: 11.89 Å / C: 22.43 Å / 空間群名: P212121 / 空間群番号: 19
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 0.9 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: maximum likelihood
精密化解像度: 0.9→0.9 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 20.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 173 9.9 %
Rwork0.2173 --
obs0.2188 1747 86.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 3.94 Å2 / Biso mean: 1.169 Å2 / Biso min: 0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.902→7.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36 0 0 1 37
Biso mean---3.28 -
残基数----6
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.00935
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d1.05747
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0377
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0046
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d7.54210
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.9022-0.94320.2866200.304918620682
0.9432-0.99280.374220.292719421690
0.9928-1.05480.2908200.230619021087
1.0548-1.1360.3107220.226219421689
1.136-1.24980.2244220.228519621887
1.2498-1.42950.1737220.196519822088
1.4295-1.79650.2374230.199120622988
1.7965-7.27150.1731220.187721023283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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