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- PDB-6m8z: Crystal structure of human DJ-1 without a modification on Cys-106 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8z
タイトルCrystal structure of human DJ-1 without a modification on Cys-106
要素Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / the exact function of this protein is still unknown
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, methylglyoxal removal / glutathione deglycation / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate ...tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, methylglyoxal removal / glutathione deglycation / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of pyrroline-5-carboxylate reductase activity / positive regulation of tyrosine 3-monooxygenase activity / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / positive regulation of L-dopa decarboxylase activity / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of ubiquitin-specific protease activity / protein deglycation, glyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / glyoxal metabolic process / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / detection of oxidative stress / glycolate biosynthetic process / guanine deglycation / positive regulation of NAD(P)H oxidase activity / detoxification of mercury ion / protein deglycase / methylglyoxal metabolic process / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mercury ion binding / protein deglycase activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of dopamine biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of autophagy of mitochondrion / lactate biosynthetic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cellular detoxification of aldehyde / positive regulation of superoxide dismutase activity / small protein activating enzyme binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / peroxiredoxin activity / detoxification of copper ion / negative regulation of protein acetylation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of androgen receptor activity / membrane hyperpolarization / protein deglycosylation / negative regulation of protein sumoylation / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / cupric ion binding / oxygen sensor activity / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / insulin secretion / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / nuclear androgen receptor binding / hydrogen peroxide metabolic process / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / cuprous ion binding / 脱分極 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of protein ubiquitination / activation of protein kinase B activity / mitochondrion organization / adult locomotory behavior / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein binding / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / 接着結合 / Late endosomal microautophagy / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / ミトコンドリア / PML body / オートファジー / kinase binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Shabalin, I.G. / Shumilina, S.V. / Werenskjold, C. / Utepbergenov, D. / Minor, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: A transient post-translational modification of active site cysteine alters binding properties of the parkinsonism protein DJ-1.
著者: Mussakhmetov, A. / Shumilin, I.A. / Nugmanova, R. / Shabalin, I.G. / Baizhumanov, T. / Toibazar, D. / Khassenov, B. / Minor, W. / Utepbergenov, D.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3193
ポリマ－20,0451
非ポリマー2742
水3,207178
1
A: Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
ヘテロ分子

A: Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6386
ポリマ－40,0902
非ポリマー5484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
Buried area3590 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.500, 66.500, 176.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-806-

HOH

21A-869-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7 / Parkinsonism-associated deglycase ...Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1


分子量: 20045.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / プラスミド: pHisParallel / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, protein deglycase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 500 nL of protein in 50 mM Tris pH 8.0 and 500 mM NaCl were mixed with 500nL of 0.1M Bis-tris pH 5.5, 0.1M KSCN, and 29% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 20934 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 423474
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.83-1.8615.81.2488300.5960.3241.2940.80579.3
1.86-1.916.11.0549280.6320.271.0920.79890
1.9-1.9317.70.8210130.8660.1990.8460.82998.3
1.93-1.9720.50.65810280.9350.1470.6740.88898.9
1.97-2.0121.50.53910490.9620.1170.5520.81199.2
2.01-2.0621.40.43810250.9760.0950.4480.85199.2
2.06-2.1121.50.32210350.9840.070.330.90699.2
2.11-2.1721.50.27110450.990.0590.2780.9499.3
2.17-2.2321.30.20710390.9940.0450.2120.96199.5
2.23-2.3121.40.17810540.9950.0390.1821.02699.4
2.31-2.3921.30.14710430.9970.0320.1511.07299.5
2.39-2.4821.40.12410520.9970.0270.1271.11799.5
2.48-2.621.20.10310540.9970.0230.1061.299.7
2.6-2.7321.20.08510630.9990.0190.0871.26699.6
2.73-2.9210.06610810.9990.0150.0681.31599.6
2.9-3.1320.90.05610610.9990.0120.0571.43599.6
3.13-3.4420.40.04610850.9990.010.0471.48799.9
3.44-3.94200.04111110.9990.0090.0421.59199.7
3.94-4.9719.60.03411240.9990.0080.0351.36599.5
4.97-5017.80.025121410.0060.0260.80196.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6E5Z

6e5z


解像度: 1.83→32.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.264 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.11
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2043 1051 5.2 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.1718 19231 95.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.52 Å2 / Biso mean: 29.366 Å2 / Biso min: 7.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å2-0 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→32.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 0 8 178 1561
Biso mean--42.35 40.61 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0141408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.6561904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8771.6443226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4945190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67623.39356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56715256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.927157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02219
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.877 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 50 -
Rwork0.243 920 -
all-970 -
obs--63.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.435 Å / Origin y: 2.224 Å / Origin z: 67.191 Å
111213212223313233
T0.1867 Å20.1005 Å20.0574 Å2-0.0906 Å20.0317 Å2--0.0656 Å2
L1.3109 °20.2043 °2-0.2471 °2-1.5009 °2-0.3253 °2--3.9134 °2
S-0.084 Å °0.1472 Å °-0.1329 Å °-0.139 Å °-0.1546 Å °-0.2781 Å °0.6317 Å °0.352 Å °0.2386 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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