PDB-6m8v: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase MJ0101 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m8v

タイトル

Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase MJ0101 from Methanocaldococcus jannaschii, FMN complex

要素

Flavin prenyltransferase UbiX

キーワード

LYASE / FMN BINDING / UBIX / PRENYL TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.221 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutdinova, A. / Wawrzak, Z. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of UbiX-like FMN prenyltransferase MJ0101 from Methanocaldococcus jannaschii, FMN complex
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2018年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m8v.cif.gz	91.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m8v.ent.gz	69.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m8v_validation.pdf.gz	772.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m8v_full_validation.pdf.gz	772.9 KB	表示
XML形式データ	6m8v_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	6m8v_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ejbS 6m8t 6m8u S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6m8u-1 4aq6-2 4aq6-1 3zds-3 3zds-4 3ehk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flavin prenyltransferase UbiX

ヘテロ分子

21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flavin prenyltransferase UbiX

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_557	-x,y,-z+2	1
crystal symmetry operation	4_557	x,-y,-z+2	1
crystal symmetry operation	5_456	z-1,x,y+1	1
crystal symmetry operation	6_456	z-1,-x,-y+1	1
crystal symmetry operation	7_656	-z+1,-x,y+1	1
crystal symmetry operation	8_656	-z+1,x,-y+1	1
crystal symmetry operation	9_546	y,z-1,x+1	1
crystal symmetry operation	10_546	-y,z-1,-x+1	1
crystal symmetry operation	11_566	y,-z+1,-x+1	1
crystal symmetry operation	12_566	-y,-z+1,x+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.440, 133.440, 133.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- HOH
2	1	A-385- HOH
3	1	A-395- HOH
4	1	A-397- HOH

#1: タンパク質	Flavin prenyltransferase UbiX 分子量: 20669.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: ubiX, MJ0102 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: Q57566, flavin prenyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 28% (w/v) PEG400 Cryoprotectant 5% glycerol, paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 11575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 41.48
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 22.7 % / R_merge(I) obs: 1.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1130 / CC_1/2: 0.774 / R_pim(I) all: 0.296 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3092: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EJB

2ejb

解像度: 2.221→27.238 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2067	909	4.89 %	RANDOM
R_work	0.1555	-	-	-
obs	0.1581	18570	97.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.221→27.238 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1441	0	54	97	1592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1523
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.648	2061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.568	576
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2206-2.3597	0.2243	145	0.197	2622	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3597-2.5417	0.196	151	0.1791	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5417-2.7973	0.2456	156	0.1634	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7973-3.2015	0.2098	157	0.1446	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2015-4.0315	0.2026	153	0.145	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0315-27.2404	0.1914	147	0.1453	3029	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1793	-0.0846	0.1735	1.2684	0.1485	0.9027	0.0185	-0.1418	0.3909	0.1688	-0.0232	-0.2756	-0.2952	0.1748	0.0146	0.4135	-0.2409	-0.0103	0.1935	-0.0049	0.5348	18.3137	33.7276	134.3595
2	7.7031	1.4784	-3.4452	8.8749	0.4293	4.1642	-0.0272	0.4748	0.3117	-0.8219	0.0441	-0.0874	-0.2902	0.001	-0.019	0.5565	-0.1634	0.0388	0.3068	0.1724	0.4953	14.2234	35.5464	119.8968
3	0.984	0.607	-0.6909	3.4426	-0.2788	1.3266	0.0182	0.1536	0.4165	-0.0723	0.0056	-0.2116	-0.4038	0.2435	-0.0253	0.7591	-0.3087	0.0856	0.4339	0.1431	0.9076	20.5507	40.6484	124.9701
4	2.5201	0.6954	0.5857	2.3003	0.3753	1.7413	0.0006	0.0742	0.047	-0.0409	0.0215	-0.2492	-0.1043	0.198	-0.0163	0.3634	-0.2702	0.0633	0.4822	0.0527	0.6847	28.3603	26.179	127.3907
5	0.227	-0.1713	0.0412	0.3394	-0.0004	0.4527	-0.0057	0.0016	0.1866	0.0244	-0.0012	-0.1841	-0.1451	0.1783	0.0246	0.1534	-0.1663	0.0312	0.0963	0.0322	0.2687	15.4954	20.3843	131.5648
6	0.8548	0.0023	0.7842	0.3789	-0.3015	1.4482	0.0167	-0.008	-0.1183	-0.0626	0.0288	-0.0063	0.1384	-0.0492	-0.0426	0.0281	-0.044	0.0257	-0.0044	0.0027	0.0916	4.3129	14.9077	131.5649
7	0.4307	-0.3952	0.0762	2.1467	-0.0322	0.8019	-0.0142	-0.1393	0.3967	0.2339	-0.0403	0.1125	-0.5369	-0.0556	0.0826	0.4384	-0.0613	0.0028	0.1264	-0.1243	0.4531	4.561	34.3795	139.9773
8	4.6493	-1.981	-0.8668	6.7173	1.5298	2.7396	0.0163	-0.347	0.1693	0.3287	0.0173	0.1551	-0.04	-0.155	-0.016	0.7865	-0.2441	-0.0558	0.4794	-0.2409	0.7065	7.2833	36.6528	148.7192

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 70 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 71 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 126 through 137 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 138 through 170 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 171 through 183 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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