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- PDB-6m8m: PA14 sugar-binding domain from RTX adhesin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8m
タイトルPA14 sugar-binding domain from RTX adhesin
要素Putative large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PA14 domain / adhesion protein / RTX protein / calcium-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Putative large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter hydrocarbonoclasticus ATCC 49840 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Vance, T.D.R. / Conroy, B. / Davies, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04810 カナダ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structure and functional analysis of a bacterial adhesin sugar-binding domain.
著者: Vance, T.D.R. / Guo, S. / Assaie-Ardakany, S. / Conroy, B. / Davies, P.L.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8806
ポリマ－22,5561
非ポリマー3235
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.575, 61.309, 79.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-609-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation


分子量: 22556.139 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2692-2886 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinobacter hydrocarbonoclasticus ATCC 49840 (バクテリア)
遺伝子: MARHY3363 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H8W6K8
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: Potassium thiocyanate, Bis Tris Propane (pH 7.5), PEG 3350, Glucose

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.198→48.55 Å / Num. obs: 50698 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 7.3 Å2 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 1.198→1.241 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3120精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J6Y

5j6y


解像度: 1.2→48.55 Å / SU ML: 0.0681 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.3228 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1585 2442 4.82 %
Rwork0.1401 48256 -
obs0.141 50698 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 10.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1320 0 16 218 1554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00211876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0765198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.1869480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.220.15161440.13852529X-RAY DIFFRACTION91.35
1.22-1.250.17951530.13792807X-RAY DIFFRACTION99.97
1.25-1.280.16121370.13842804X-RAY DIFFRACTION100
1.28-1.310.15191300.14082849X-RAY DIFFRACTION100
1.31-1.350.15091230.14052821X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.380.16811440.13472809X-RAY DIFFRACTION100
1.38-1.430.17461640.13862823X-RAY DIFFRACTION99.97
1.43-1.480.14451380.13652840X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.540.16491270.13222841X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.610.1481220.13252839X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.690.14251450.13712855X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.80.19721390.1372861X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.940.14061410.13962850X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.140.14321450.1322873X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.440.15361680.13292869X-RAY DIFFRACTION100
2.44-3.080.16141630.1492914X-RAY DIFFRACTION100
3.08-48.590.16441590.15053072X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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