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- PDB-6m84: Crystal structure of cKir2.2 force open mutant in complex with PI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m84
タイトルCrystal structure of cKir2.2 force open mutant in complex with PI(4,5)P2
要素ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
キーワードMETAL TRANSPORT / Kir 2.2 force open mutant / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization ...Activation of G protein gated Potassium channels / Classical Kir channels / Phase 4 - resting membrane potential / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / protein homotetramerization / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-PIO / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Lee, S.-J. / Ren, F. / Yuan, P. / Nichols, C.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)HL54171 米国
American Heart Association15POST22390016 米国
引用ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2020
タイトル: Atomistic basis of opening and conduction in mammalian inward rectifier potassium (Kir2.2) channels.
著者: Zangerl-Plessl, E.M. / Lee, S.J. / Maksaev, G. / Bernsteiner, H. / Ren, F. / Yuan, P. / Stary-Weinzinger, A. / Nichols, C.G.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9699
ポリマ－39,4771
非ポリマー1,4928
水34219
1
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子

A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子

A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子

A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,87436
ポリマ－157,9074
非ポリマー5,96732
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30250 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area53280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.787, 82.787, 182.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

K

21A-402-

K

31A-403-

K

41A-404-

K

51A-405-

K

61A-406-

K

-
要素

#1: タンパク質 ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 12 / Inward rectifier K(+) channel Kir2.2 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 12


分子量: 39476.789 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 41-366 / 変異: K62W, G178D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: KCNJ12 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F1NHE9
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG400, trisodium citrate, tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15052 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.104 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 100653
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.96.50.94714900.7080.4011.0290.92999.9
2.9-3.026.50.61415010.8620.260.6680.91899.9
3.02-3.156.40.40415030.9290.1740.440.99699.9
3.15-3.3270.26215040.9780.1060.2831.01100
3.32-3.536.90.14815120.9860.0610.1611.136100
3.53-3.86.30.09414940.9940.040.1021.09899.9
3.8-4.1870.06715100.9970.0270.0721.215100
4.18-4.796.80.05214920.9970.0210.0561.21699.9
4.79-6.036.80.04815170.9980.020.0521.284100
6.03-506.60.04115290.9940.0170.0451.20399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
Coot0.7.2モデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KUK

5kuk


解像度: 2.81→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 13.911 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2693 737 4.9 %RANDOM
Rwork0.2219 ---
obs0.224 14242 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 176.43 Å2 / Biso mean: 97.575 Å2 / Biso min: 53.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 0 58 19 2697
Biso mean--162.77 81.7 -
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0261.973716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67235952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6535325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.06723.651126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69815462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.311518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02639
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.883 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 60 -
Rwork0.364 1029 -
all-1089 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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