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万見
- PDB-6m78: Aromatic interactions drive the coupled folding and binding of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m78
タイトルAromatic interactions drive the coupled folding and binding of the intrinsically disordered Sesbania mosaic virus VPg protein
要素(Polyprotein) x 2
キーワードHYDROLASE / Viral-Protein-genome-linked / complex / protease / PLANT VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S39 / Peptidase S39B, luteovirus / Peptidase family S39 domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sesbania mosaic virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dixit, K. / Karanth, N.M. / Nair, S. / Kumari, K. / Chakraborti, K.S. / Savithri, H.S. / Sarma, S.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Aromatic Interactions Drive the Coupled Folding and Binding of the Intrinsically Disordered Sesbania mosaic Virus VPg Protein.
著者: Dixit, K. / Karanth, N.M. / Nair, S. / Kumari, K. / Chakrabarti, K.S. / Savithri, H.S. / Sarma, S.P.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein
B: Polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3592
ポリマ－41,3592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Co-elution on an S-75 Sephacryl gelfiltration column
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1380 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13200 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 200structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein


分子量: 32245.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EB08
#2: タンパク質 Polyprotein


分子量: 9113.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9EB08

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
131isotropic12D 1H-15N HSQC
162isotropic12D 1H-15N HSQC
143isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
151isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D HN(CA)CB
191anisotropic13D HN(COCA)CB
1101isotropic13D HNCO
1113isotropic23D 1H-15N NOESY
1124isotropic12D 1H-15N HSQC
1135isotropic12D 1H-15N HSQC
1146isotropic12D 1H-15N HSQC
1157isotropic12D 1H-15N HSQC
1168isotropic12D 1H-15N HSQC
2179anisotropic12D 1H-15N HSQC
11810isotropic42D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1250 uM > 98% 2H, U-99% 13C, U-99% 15N scPVPg, 90% H2O/10% D2O20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.2H, 13C, 15N-scPVPg90% H2O/10% D2O
solution2250 uM > 98% 2H, U-99% 13C, U-99% 15N scPVPg, 100% D2O20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.2H, 13C ,15N-scPVPG100% D2O
filamentous virus9150 uM > 98% 2H,U-99% 13C,U-99% 15N scPVPg-Pf1, 90% H2O/10% D2O20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.2H,13C,15N-scPVPg90% H2O/10% D2O
solution3250 uM 99% 13CH3-ILV, > 98%2H, U-99% 13C, U-99% 15N ILV-scPVPg, 90% H2O/10% D2O20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.1H-ILV Methyl Protonated, 2H, 13C, 15N-scPVPg90% H2O/10% D2O
solution4200 uM > 98% 2H, U-98% 13C, U-98%15N SeMV Protease Domain, 90% H2O/10% D2O20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.2H,13C,15N-PRO90% H2O/10% D2O
solution5250 uM > 98% 15N scPVPg, 90% H2O/10% D2O15N - labeled in Ala, Gly, Ser, Thr, Glu, Asp, Asn, Gln and Cys. 20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.15N-scPVPg-A90% H2O/10% D2O
solution6250 uM > 98% 15N scPVPg, 90% H2O/10% D2O15N - labeled in Ala, Gly, Ser, Thr, Glu, Asp, Asn, Gln, Cys, Lys, Arg. 20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.15N-scPVPg-B90% H2O/10% D2O
solution7250 uM > 98% 15N scPVPg, 90% H2O/10% D2O15N - labeled in Ala, Gly, Ser, Thr, Glu, Asp, Asn, Gln, Ile, Leu, Val. 20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.15N-scPVPg-C90% H2O/10% D2O
solution8250 uM > 98% 15N scPVPg, 90% H2O/10% D2O15N - labeled in Ala, Gly, Ser, Thr, Glu, Asp, Asn, Gln, Phe, Tyr, Trp 20mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.15N-scPVPg-D90% H2O/10% D2O
solution10200 uM [U-99% 15N] SeMV VPg Protein (Viral Protein genome-linked), 90% H2O/10% D2O15N-labeled SeMV Viral Protein genome-linked (VPg) in complex with the SERINE PROTEASE DOMAIN OF SESBANIA MOSAIC VIRUS15N-VPg90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
250 uMscPVPg> 98% 2H, U-99% 13C, U-99% 15N1
250 uMscPVPg> 98% 2H, U-99% 13C, U-99% 15N2
150 uMscPVPg-Pf1> 98% 2H,U-99% 13C,U-99% 15N9
250 uMILV-scPVPg99% 13CH3-ILV, > 98%2H, U-99% 13C, U-99% 15N3
200 uMSeMV Protease Domain> 98% 2H, U-98% 13C, U-98%15N4
250 uMscPVPg> 98% 15N5
250 uMscPVPg> 98% 15N6
250 uMscPVPg> 98% 15N7
250 uMscPVPg> 98% 15N8
200 uMSeMV VPg Protein (Viral Protein genome-linked)[U-99% 15N]10
試料状態

イオン強度: 0.38 M / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

Conditions-ID詳細LabelPH errPressure errTemperature err
120mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide.2H, 13C, 15N-scPVPg0.10.010.2
220mM Potassium phosphate buffer pH 7.0, 20mM NaCl, 20mM Proline, 50mM Arginine, 50mM Glutamic acid, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.01% Sodium Azide with 13 mg / ml of Pf1 (filamentous phage) as co-solvent.2H,13C,15N-scPVPg-Pf1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001Triple resonance TCI cryoprobe,probe, single z-axis gradient accessory
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002Triple resonance TCI cryoprobe,probe, single z-axis gradient accessory
Agilent Agilent DDS2AgilentAgilent DDS26004Varian Triple resonance Coldprobe, single z-axis gradient accessory

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
VNMRVnmrJ 3.2, vnmrJ4.2collection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
ANSIGKraulisデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
ANSIGKraulischemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.2CCPNchemical shift assignment
HADDOCK2.2Bonvinstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: Authors had used the coordinates of 1zyo.pdb and the best structure from 6LXF.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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