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- PDB-6m73: Crystal structure of Enterococcus hirae L-lactate oxidase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m73
タイトルCrystal structure of Enterococcus hirae L-lactate oxidase in complex with D-lactate form ligand
要素L-lactate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-lactate oxidase / FMN / Enterococcus hirae / L-lactate
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FNR / LACTIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / PYRUVIC ACID / L-lactate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yoshida, H. / Hiraka, K. / Tsugawa, W. / Sode, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structure of lactate oxidase from Enterococcus hirae revealed new aspects of active site loop function: Product-inhibition mechanism and oxygen gatekeeper
著者: Hiraka, K. / Yoshida, H. / Tsugawa, W. / Asano, R. / La Belle, J.T. / Ikebukuro, K. / Sode, K.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1529
ポリマ－40,0571
非ポリマー1,0958
水4,378243
1
A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,60836
ポリマ－160,2284
非ポリマー4,38032
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area22300 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area47060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.960, 137.960, 127.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-lactate oxidase


分子量: 40057.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
遺伝子: EHR_08130, I584_00297 / プラスミド: pET30c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6SYK8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase

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非ポリマー , 7種, 251分子

#2: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris, PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.53 Å / Num. obs: 67513 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.175 % / Biso Wilson estimate: 24.801 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 22.2 / Num. measured all: 889509 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.7413.7050.7624.367880495449530.930.792100
1.74-1.7913.6590.6215.266015483348330.9540.645100
1.79-1.8413.5620.4846.5963322466946690.9670.503100
1.84-1.913.370.3847.9960993456245620.9790.399100
1.9-1.9613.0240.29410.0657449441144110.9850.306100
1.96-2.0312.1640.2212.1452073428142810.990.23100
2.03-2.1113.0430.17515.6153697411741170.9940.182100
2.11-2.1912.870.1418.6351273398439840.9960.146100
2.19-2.2912.7380.11621.4748813383238320.9970.121100
2.29-2.413.9560.10524.3550662363036300.9980.109100
2.4-2.5313.8470.09227.0648685351635160.9980.096100
2.53-2.6913.6740.08330.0545056329532950.9980.086100
2.69-2.8713.3670.07233.5941691311931190.9980.075100
2.87-3.113.0810.06436.6137727288528840.9990.067100
3.1-3.412.5060.05640.9133567268426840.9990.058100
3.4-3.811.7360.04447.3428789245324530.9990.046100
3.8-4.3912.5890.03953.9527218216221620.9990.041100
4.39-5.3813.2750.03856.2524692186018600.9990.04100
5.38-7.613.5870.0454.7419850146114610.9990.042100
7.6-19.5312.4620.03359.41100578698070.9990.03492.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YL2

4yl2


解像度: 1.7→19.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.343 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1543 3395 5 %RANDOM
Rwork0.1315 ---
obs0.1326 64118 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.21 Å2 / Biso mean: 17.248 Å2 / Biso min: 10.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→19.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2783 0 73 243 3099
Biso mean--24.42 27.88 -
残基数----364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132957
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0172701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.6474006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3591.5826277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0285376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.71123.067150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.38715478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9621515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02608
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.17635657
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 243 -
Rwork0.185 4710 -
all-4953 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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