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- PDB-6m6x: Oridonin in complex with CRM1#-Ran-RanBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6x
タイトルOridonin in complex with CRM1#-Ran-RanBP1
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Active Ran / Complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus ...tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / protein localization to nucleolus / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / positive regulation of protein binding / U6 snRNA binding / sperm flagellum / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / actin cytoskeleton organization / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-ODN / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Sun, Q. / Lei, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81502629 中国
引用ジャーナル: J.Nat.Prod. / 年: 2021
タイトル: Novel Mechanistic Observations and NES-Binding Groove Features Revealed by the CRM1 Inhibitors Plumbagin and Oridonin.
著者: Lei, Y. / Li, Y. / Tan, Y. / Qian, Z. / Zhou, Q. / Jia, D. / Sun, Q.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,78113
ポリマ－155,9303
非ポリマー1,85110
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9890 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area57510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.140, 106.140, 303.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24399.055 Da / 分子数: 1 / 変異: Q69L, L182A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16320.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 115210.508 Da / 分子数: 1
変異: S27E , Q49E, del377-413, del441-461, D522K, D537G, T539C, V540E, K541Q, S553R, Q561E, A741T, Y1022C
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

-
非ポリマー , 6種, 24分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-ODN / (1beta,6beta,7beta,8alpha,9beta,10alpha,13alpha,14R,16beta)-1,6,7,14-tetrahydroxy-7,20-epoxykauran-15-one


分子量: 366.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.12 M Monosaccharides (20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mM D-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M buffer system 1 pH 6.5 (sodium HEPES and MOPS) ...詳細: 0.12 M Monosaccharides (20 mM D-Glucose; 20 mM D-Mannose; 20 mM D-Galactose; 20 mM L-Fucose; 20 mM D-Xylose; 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M buffer system 1 pH 6.5 (sodium HEPES and MOPS), and 50 % Precipitant Mix 2 (40% v/v Ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→35.7 Å / Num. obs: 40256 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.88-2.9526.71.55319551100
12.88-35.718.50.0532257194.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HAT

4hat


解像度: 2.88→35.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2253 / WRfactor Rwork: 0.2074 / FOM work R set: 0.8234 / SU B: 35.005 / SU ML: 0.284 / SU R Cruickshank DPI: 0.3896 / SU Rfree: 0.3638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 2036 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2168 38141 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.35 Å2 / Biso mean: 88.524 Å2 / Biso min: 53.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.08 Å20 Å20 Å2
2---3.08 Å20 Å2
3---6.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→35.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10719 0 119 14 10852
Biso mean--122.44 74.89 -
残基数----1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01311061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.65315006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6651.58524227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.71451322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64723.617564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.855152021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0031551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212019
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022210
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.954 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 178 -
Rwork0.306 2717 -
all-2895 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93151.26531.11272.12280.91913.52890.1155-0.09050.26880.2441-0.10420.0791-0.16830.2467-0.01130.16720.00320.04690.0504-0.00570.0378-5.127557.0139-32.82
25.21181.0529-0.7533.1274-0.67585.47550.1977-0.15470.0663-0.0293-0.1005-0.1833-0.09560.5897-0.09720.298-0.1195-0.03260.3243-0.06110.04316.355560.4783-17.5775
30.745-0.1823-0.13490.6822-0.07960.95460.0330.01790.12120.1156-0.01440.0439-0.02260.0845-0.01860.1997-0.06780.00910.13620.00270.0293-15.221439.734-31.3872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2B78 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 1051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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