[日本語] English
万見
- PDB-6m6t: Amylomaltase from Streptococcus agalactiae in complex with acarbose -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6t
タイトルAmylomaltase from Streptococcus agalactiae in complex with acarbose
要素4-alpha-glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE / amylomaltase / 4-alpha-glucanotransferase / cyclodextrin / acarbose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 77 / 4-alpha-glucanotransferase / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / acarbose-derived trisaccharide / 4-alpha-glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wangkanont, K. / Tumhom, S. / Pongsawasdi, P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Streptococcus agalactiae amylomaltase offers insight into the transglycosylation mechanism and the molecular basis of thermostability among amylomaltases.
著者: Tumhom, S. / Nimpiboon, P. / Wangkanont, K. / Pongsawasdi, P.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-alpha-glucanotransferase
B: 4-alpha-glucanotransferase
C: 4-alpha-glucanotransferase
D: 4-alpha-glucanotransferase
E: 4-alpha-glucanotransferase
F: 4-alpha-glucanotransferase
G: 4-alpha-glucanotransferase
H: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,98224
ポリマ－471,8728
非ポリマー8,11016
水4,540252
1
A: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9353
ポリマ－58,9841
非ポリマー9512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
2
B: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9353
ポリマ－58,9841
非ポリマー9512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
3
C: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0973
ポリマ－58,9841
非ポリマー1,1132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
4
D: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9353
ポリマ－58,9841
非ポリマー9512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
5
E: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0973
ポリマ－58,9841
非ポリマー1,1132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
6
F: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9353
ポリマ－58,9841
非ポリマー9512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
7
G: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1133
ポリマ－58,9841
非ポリマー1,1292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area21210 Å2
手法PISA
8
H: 4-alpha-glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9353
ポリマ－58,9841
非ポリマー9512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.748, 216.072, 224.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
4-alpha-glucanotransferase / Amylomaltase / Disproportionating enzyme


分子量: 58983.957 Da / 分子数: 8 / 断片: amylomaltase, UNP residues 2-498 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: malQ / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E1EIJ0, 4-alpha-glucanotransferase
#2: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1,5-anhydro-D-glucitol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 467.465 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[h2122h_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / acarbose-derived trisaccharide


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 483.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: acarbose-derived trisaccharide
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-acarbose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 % / Mosaicity: 0.19 °
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris, 100 mM Magnesium Formate, 15% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→29.822 Å / Num. obs: 129800 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.75-2.85.90.843736563170.7450.3770.9242.198.1
15.06-29.825.70.06643717610.9950.030.07321.584

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å29.82 Å
Translation2.75 Å29.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TZ7

1tz7


解像度: 2.75→29.82 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2869 6483 5 %
Rwork0.2054 --
obs0.2095 129572 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.22 Å2 / Biso mean: 50.6582 Å2 / Biso min: 19.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32579 0 554 252 33385
Biso mean--61.37 43.17 -
残基数----3974
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.75-2.84820.38526050.28651212598
2.8482-2.96220.39166790.27491213498
2.9622-3.09680.35256360.25251216299
3.0968-3.25990.33666010.24451226699
3.2599-3.46390.32336140.23651228799
3.4639-3.73090.29587230.21991217999
3.7309-4.10550.3176540.20211229999
4.1055-4.69750.24646280.17781241999
4.6975-5.91080.2466770.17081242499
5.9108-29.820.21516660.16481279498

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る