PDB-6m6l: The crystal structure of glycosidase hydrolyzing Notoginsenoside

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m6l

タイトル

The crystal structure of glycosidase hydrolyzing Notoginsenoside

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase / Notoginsenoside

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wang, R.F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization and Structural Elucidation of Enhanced Catalytic Activity upon Engineering Glycosidase KfGH01 for the Production of Vina-ginsenoside R7
著者: Wang, R.F.

履歴

登録	2020年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m6l.cif.gz	213 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m6l.ent.gz	167.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m6l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m6mC 3ta9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m6m-1 1np2-1 3zjk-1 2j7f-1 2jal-1 4bce-1 1gon-1 4bce-3 6m6m-2 2o9r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.608, 95.571, 93.348
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Beta-glucosidase

分子量: 49331.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア)
株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_5268
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: D2PL27, beta-glucosidase

#2: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 糖

ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 0.2 M ammonium acetate and PEG 4000 (30%, w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 147102 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 29.5
反射シェル	解像度: 1.49→1.5 Å / Num. unique obs: 147102 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TA9

3ta9

解像度: 1.5→35.371 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.93
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1741	7427	5.05 %
R_work	0.1498	-	-
obs	0.151	147102	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6953	0	32	1185	8170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7250
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	9930
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.613	4223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1050
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.202	256	0.1751	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.517-1.5349	0.2091	253	0.1729	4661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.1996	241	0.168	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5733	0.2011	250	0.1694	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2249	244	0.1644	4680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.1894	216	0.1589	4631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.1793	211	0.149	4720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.1869	235	0.1495	4643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.1868	213	0.1494	4701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.717	0.1806	256	0.1479	4580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.717-1.7467	0.1755	262	0.1468	4678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.1429	241	0.142	4647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1794	280	0.1503	4648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1746	261	0.1503	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8898	0.1829	237	0.1446	4661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9338	0.1783	241	0.147	4664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9821	0.1597	253	0.1443	4649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9821-2.0357	0.1771	253	0.1453	4648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0956	0.185	243	0.1464	4670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0956-2.1633	0.1585	290	0.1428	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.1601	254	0.1468	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2406-2.3303	0.1874	277	0.1487	4680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3303-2.4363	0.181	243	0.1524	4632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4363-2.5647	0.1685	231	0.1549	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5647-2.7253	0.1965	269	0.1646	4670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7253-2.9357	0.1998	265	0.169	4627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9357-3.2309	0.1778	250	0.1594	4674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2309-3.698	0.1739	185	0.1403	4718	X-RAY DIFFRACTION	99
3.698-4.6574	0.1386	265	0.1245	4658	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6574-35.3	0.1445	252	0.1493	4748	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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