PDB-6m6j: NMR solution structure of a DNA minidumbbell containing an abasic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m6j

タイトル

NMR solution structure of a DNA minidumbbell containing an abasic bulge between two CTTG repeats

要素

DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*G)-3')

キーワード

DNA / Minidumbbell / Bulge / Abasic site

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / restrained molecular dynamics

データ登録者

Wan, L. / Lam, S.L. / Guo, P.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Rational design of a reversible Mg2+/EDTA-controlled molecular switch based on a DNA minidumbbell.
著者: Wan, L. / Lam, S.L. / Lee, H.K. / Guo, P.

履歴

登録	2020年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m6j.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m6j.ent.gz	69.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m6j_validation.pdf.gz	315.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m6j_full_validation.pdf.gz	383.3 KB	表示
XML形式データ	6m6j_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	6m6j_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/6m6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m6kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d0x-d 2n0x-d 1hp9-d 2onv-1 1tck-d 1l2y-d 5xrx-d 1kr8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36325NMR solution structure of a DNA minidumbbell containing an abasic bulge between two CTTG repeats

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

2.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	structures with the lowest total energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPTPTPGP(3DR)PCPTPTPG)-3') 分子量: 2588.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	3	1	isotropic	2	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 0.9 mM NA DNA, 0.02 mM NA DSS, 10 mM NA NaPi, 99.96% D2O
Label: CTTGXCTTG / 溶媒系: 99.96% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.9 mM	DNA	NA	1
0.02 mM	DSS	NA	1
10 mM	NaPi	NA	1

試料状態

イオン強度: 10 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: condition_1 / pH: 7.0 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 273 K / Temperature err: 0.2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	700	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Amber	David A. Case Thomas E. Cheatham III Tom Darden Holger Gohlke Ray Luo Kenneth M. Merz Jr. Alexey Onufriev Carlos Simmerling Bing Wang Robert J. Woods	structure calculation
TopSpin	Bruker	chemical shift assignment

精密化

手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest total energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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