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- PDB-6m63: Crystal structure of a cAMP sensor G-Flamp1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m63
タイトルCrystal structure of a cAMP sensor G-Flamp1.
要素Chimera of Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 and Yellow fluorescent protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / GFP / CNBD / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / potassium channel activity / cAMP binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Yellow fluorescent protein / Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium japonicum MAFF 303099 (根粒菌)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhou, Z. / Chen, S. / Wang, L. / Chu, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A high-performance genetically encoded fluorescent indicator for in vivo cAMP imaging.
著者: Wang, L. / Wu, C. / Peng, W. / Zhou, Z. / Zeng, J. / Li, X. / Yang, Y. / Yu, S. / Zou, Y. / Huang, M. / Liu, C. / Chen, Y. / Li, Y. / Ti, P. / Liu, W. / Gao, Y. / Zheng, W. / Zhong, H. / Gao, ...著者: Wang, L. / Wu, C. / Peng, W. / Zhou, Z. / Zeng, J. / Li, X. / Yang, Y. / Yu, S. / Zou, Y. / Huang, M. / Liu, C. / Chen, Y. / Li, Y. / Ti, P. / Liu, W. / Gao, Y. / Zheng, W. / Zhong, H. / Gao, S. / Lu, Z. / Ren, P.G. / Ng, H.L. / He, J. / Chen, S. / Xu, M. / Li, Y. / Chu, J.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera of Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 and Yellow fluorescent protein
B: Chimera of Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 and Yellow fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9004
ポリマ－85,2412
非ポリマー6582
水6,575365
1
A: Chimera of Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 and Yellow fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9502
ポリマ－42,6211
非ポリマー3291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
2
B: Chimera of Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 and Yellow fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9502
ポリマ－42,6211
非ポリマー3291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.836, 94.688, 109.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Chimera of Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 and Yellow fluorescent protein / MlotiK1 channel


分子量: 42620.586 Da / 分子数: 2
変異: D173G, S175G, D180Y, Y203V, A206K, H231L, S30R, V93I, S99V, S308V
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cAMP
由来: (組換発現) Mesorhizobium japonicum MAFF 303099 (根粒菌), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
株: 303099 / 遺伝子: mll3241, yfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98GN8, UniProt: A0A059PIR9
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Imidazole, PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 44052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 3.719 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 639301
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.25-2.2913.81.01121420.7630.2821.052.676
2.29-2.33140.92121640.80.2550.9562.621
2.33-2.3814.10.81522030.8890.2240.8462.691
2.38-2.4214.20.73721630.8870.2020.7652.748
2.42-2.4814.30.69921510.9050.1910.7252.848
2.48-2.5314.40.63621730.9150.1730.662.944
2.53-2.614.50.5521990.9470.1490.573.013
2.6-2.6714.60.45821600.9590.1240.4742.987
2.67-2.7514.70.41421980.970.1110.4293.002
2.75-2.8314.80.34821810.9760.0930.3613.048
2.83-2.9414.90.29121830.9850.0780.3013.046
2.94-3.0514.90.21921950.9930.0590.2263.133
3.05-3.1914.90.17621850.9940.0470.1833.399
3.19-3.3614.90.14322040.9960.0380.1493.559
3.36-3.5714.90.1222000.9960.0320.1243.854
3.57-3.8514.80.122190.9970.0270.1033.882
3.85-4.2314.80.07922280.9980.0210.0823.545
4.23-4.8514.70.06422400.9990.0170.0663.042
4.85-6.114.50.05922660.9990.0160.0612.683
6.1-5013.60.06223980.9950.0180.06415.279

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EVP, 3CLP

3evp

3clp


解像度: 2.25→47.55 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 2005 4.56 %
Rwork0.1784 41952 -
obs0.1804 43957 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.6 Å2 / Biso mean: 37.6115 Å2 / Biso min: 16.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→47.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5446 0 44 365 5855
Biso mean--29.49 45.5 -
残基数----719
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.310.26271340.20362777291193
2.31-2.370.32281370.209429383075100
2.37-2.440.26641390.204630083147100
2.44-2.520.29421530.204329383091100
2.52-2.610.27031350.201629953130100
2.61-2.710.23231320.198729823114100
2.71-2.830.2581570.189829893146100
2.83-2.980.24691400.193829853125100
2.98-3.170.22911460.177929963142100
3.17-3.420.21391490.176330133162100
3.42-3.760.21711370.180930193156100
3.76-4.30.18521500.150930393189100
4.3-5.420.17291420.143930803222100
5.42-47.550.22481540.19613193334799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.8155 Å / Origin y: 1.0081 Å / Origin z: -16.2299 Å
111213212223313233
T0.1693 Å20.0191 Å20.0206 Å2-0.2046 Å20.0037 Å2--0.1851 Å2
L0.134 °20.0398 °2-0.0027 °2-0.4139 °20.0005 °2--0.1758 °2
S0.0001 Å °-0.0116 Å °0.0042 Å °0.0069 Å °-0.005 Å °0.0408 Å °0.006 Å °0.0168 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 383
2X-RAY DIFFRACTION1allA400 - 587
3X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 383
4X-RAY DIFFRACTION1allB400 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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