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- PDB-6m61: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) with inhibitor h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m61
タイトルGlyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) with inhibitor heptelidic acid
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / heptelidic acid / Complex / OXIDOREDUCTASE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / killing by host of symbiont cells / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of endopeptidase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / GAIT complex ...peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / killing by host of symbiont cells / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of endopeptidase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / GAIT complex / Glycolysis / positive regulation of type I interferon production / regulation of macroautophagy / defense response to fungus / lipid droplet / positive regulation of cytokine production / glycolytic process / cellular response to type II interferon / microtubule cytoskeleton organization / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / glucose metabolic process / NAD binding / microtubule cytoskeleton / disordered domain specific binding / NADP binding / microtubule binding / nuclear membrane / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / vesicle / killing of cells of another organism / protein stabilization / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F4F / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82449538629 Å
データ登録者Yan, Y. / Zang, X. / Cooper, S.J. / Lin, H. / Zhou, J. / Tang, Y.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Biosynthesis of the fungal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase inhibitor heptelidic acid and mechanism of self-resistance
著者: Yan, Y. / Zang, X. / Cooper, S.J. / Lin, H. / Zhou, J. / Tang, Y.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,08526
ポリマ－144,9854
非ポリマー3,10022
水20,7351151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19930 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area45150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.358, 135.078, 146.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 OQPR

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase GAPDH


分子量: 36246.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAPDH, GAPD, CDABP0047, OK/SW-cl.12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P04406, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating), 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの

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非ポリマー , 7種, 1173分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-F4F / (5aS,6R,9S,9aS)-9-methyl-9-oxidanyl-1-oxidanylidene-6-propan-2-yl-3,5a,6,7,8,9a-hexahydro-2-benzoxepine-4-carboxylic acid


分子量: 282.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M zinc acetate dihydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 12% w/v polyethylene glycol (PEG) 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 142957 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 19.228006632 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.866 / Num. unique obs: 142957 / CC1/2: 0.751

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U8F

1u8f


解像度: 1.82449538629→43.0321686884 Å / SU ML: 0.217157103773 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33786284913 / 位相誤差: 22.4024440202
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227886023248 7010 4.98138199596 %
Rwork0.191578926319 --
obs0.193381921753 140724 98.073706512 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.5209129398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82449538629→43.0321686884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10100 0 190 1151 11441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063142641662210486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87693232136414184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06109789243021603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005547308026821809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.771938463356175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8245-1.84520.3313718748891700.2749987714983298X-RAY DIFFRACTION74.0234791889
1.8452-1.86690.3258851661472120.2645767699943893X-RAY DIFFRACTION87.1364890681
1.8669-1.88970.2769278793742040.2456998709574170X-RAY DIFFRACTION91.3343077887
1.8897-1.91360.266515190622320.238592270754224X-RAY DIFFRACTION95.3155080214
1.9136-1.93880.2605326693832550.2209034083134426X-RAY DIFFRACTION97.7652464495
1.9388-1.96540.2595119612882060.2246127921354474X-RAY DIFFRACTION99.4052676296
1.9654-1.99340.2810514643982330.2169417029264546X-RAY DIFFRACTION99.8328807186
1.9934-2.02320.2666791021512220.2167719708554483X-RAY DIFFRACTION99.8938428875
2.0232-2.05480.2551311974342560.2126725029944465X-RAY DIFFRACTION99.9788225328
2.0548-2.08850.262020402542280.2193992500664559X-RAY DIFFRACTION100
2.0885-2.12450.2781599751982500.2161207461424454X-RAY DIFFRACTION99.9787460149
2.1245-2.16310.2470343235242530.2035721975654517X-RAY DIFFRACTION100
2.1631-2.20470.2689986339452670.206989460764485X-RAY DIFFRACTION100
2.2047-2.24970.2381330308292560.2022087522084485X-RAY DIFFRACTION100
2.2497-2.29870.2474280925142490.1985777966224511X-RAY DIFFRACTION99.9789960092
2.2987-2.35210.2365729056162250.1949279729624536X-RAY DIFFRACTION100
2.3521-2.41090.2534078633582140.199463663554545X-RAY DIFFRACTION100
2.4109-2.47610.2374071140142290.1992020673444552X-RAY DIFFRACTION100
2.4761-2.5490.2439816306162330.1955833987914539X-RAY DIFFRACTION99.9790488163
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2.6312-2.72530.2359389927932590.19283339964529X-RAY DIFFRACTION100
2.7253-2.83440.2292205735942380.2007261498184531X-RAY DIFFRACTION100
2.8344-2.96330.2212867442622400.1892432520874551X-RAY DIFFRACTION100
2.9633-3.11950.2268393701572240.1902632502144590X-RAY DIFFRACTION100
3.1195-3.31490.2024527232572290.1830621357934588X-RAY DIFFRACTION100
3.3149-3.57070.197947889562150.1751802463574626X-RAY DIFFRACTION100
3.5707-3.92990.1891087397412490.1712791149464572X-RAY DIFFRACTION100
3.9299-4.4980.1754686994892100.1489954903184671X-RAY DIFFRACTION99.9795165916
4.498-5.6650.1905852234142600.1572747014374644X-RAY DIFFRACTION99.735611145
5.665-43.030.2283965389462500.1989716769194734X-RAY DIFFRACTION97.3627661653

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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