PDB-6m5x: A fungal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase with self-resis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m5x

タイトル

A fungal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase with self-resistance to inhibitor heptelidic acid

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / inhibitor / self-resistance / heptelidic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea virens (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05990923752 Å

データ登録者

Yan, Y. / Zang, X. / Cooper, S.J. / Lin, H. / Zhou, J. / Tang, Y.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Biosynthesis of the fungal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase inhibitor heptelidic acid and mechanism of self-resistance
著者: Yan, Y. / Zang, X. / Cooper, S.J. / Lin, H. / Zhou, J. / Tang, Y.

履歴

登録	2020年3月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m5x.cif.gz	346.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m5x.ent.gz	227.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m5x_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m5x_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6m5x_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	6m5x_validation.cif.gz	77.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m61C 4o59S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h9e-1 1u8f-d 5c7o-1 4wni-d 1ywg-d 3k2b-2 1szj-1 3sth-d 3pfw-1 4wnc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.667, 96.562, 96.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.949, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ORPQ

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 36021.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) (菌類) 株: Gv29-8 / FGSC 10586 / 遺伝子: TRIVIDRAFT_217322 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: G9NDK9, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)

#1: タンパク質

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

分子量: 36021.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Hypocrea virens (strain Gv29-8 / FGSC 10586) (菌類)
株: Gv29-8 / FGSC 10586 / 遺伝子: TRIVIDRAFT_217322 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: G9NDK9, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)

-
非ポリマー , 6種, 688分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.059→50 Å / Num. obs: 85148 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.100858583 Å² / CC_1/2: 0.837 / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 2.429
反射シェル	解像度: 2.06→2.1 Å / R_merge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2.429 / Num. unique obs: 85148 / CC_1/2: 0.837

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O59

4o59

解像度: 2.05990923752→39.2901171738 Å / SU ML: 0.196588078964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36645748307 / 位相誤差: 19.557254141

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193344350312	3859	4.93270103409 %
R_work	0.150416608	-	-
obs	0.152561571772	78233	90.4793847221 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.7337282741 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05990923752→39.2901171738 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10132	0	344	647	11123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00616120224869	10697
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999394911836	14479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557773820079	1647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00555418861373	1820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.3791994224	6353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.085	0.255254209874	96	0.184179627296	1750	X-RAY DIFFRACTION	60.9844730757
2.085-2.1114	0.234286560402	83	0.187833133384	2001	X-RAY DIFFRACTION	67.4215464251
2.1114-2.1392	0.242533106467	100	0.174520637194	2050	X-RAY DIFFRACTION	69.1540688324
2.1392-2.1685	0.238803870308	121	0.175236988343	2077	X-RAY DIFFRACTION	72.255095332
2.1685-2.1995	0.243795264166	102	0.170633780102	2209	X-RAY DIFFRACTION	74.9108589951
2.1995-2.2323	0.241513687673	111	0.164149596066	2254	X-RAY DIFFRACTION	77.7193558988
2.2323-2.2672	0.212827452645	128	0.168003664451	2321	X-RAY DIFFRACTION	79.7460110713
2.2672-2.3044	0.236358659299	118	0.16542571378	2454	X-RAY DIFFRACTION	82.9142488717
2.3044-2.3441	0.207626988829	121	0.17225892969	2503	X-RAY DIFFRACTION	85.6956237753
2.3441-2.3867	0.249371126766	138	0.168763918358	2578	X-RAY DIFFRACTION	88.1818181818
2.3867-2.4326	0.207228407889	135	0.180187988896	2635	X-RAY DIFFRACTION	90.3752039152
2.4326-2.4822	0.224886471623	137	0.168804755801	2756	X-RAY DIFFRACTION	92.6056338028
2.4822-2.5362	0.248701363142	153	0.178218199531	2785	X-RAY DIFFRACTION	96.2962962963
2.5362-2.5952	0.218160207508	168	0.165265936605	2867	X-RAY DIFFRACTION	98.9889106327
2.5952-2.6601	0.226981565732	129	0.167232243945	2945	X-RAY DIFFRACTION	99.2894056848
2.6601-2.732	0.221120743355	140	0.16762174567	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.3859082094
2.732-2.8124	0.231201017315	159	0.167417567355	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.1838067254
2.8124-2.9031	0.21914899718	156	0.1634633961	2919	X-RAY DIFFRACTION	99.8052580331
2.9031-3.0068	0.196415953321	140	0.168197328963	2943	X-RAY DIFFRACTION	99.5801033592
3.0068-3.1272	0.224790531918	147	0.156103473842	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.6767937944
3.1272-3.2694	0.209325251576	148	0.152549420337	2907	X-RAY DIFFRACTION	99.6737357259
3.2694-3.4417	0.169790265484	181	0.134322262916	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.839692209
3.4417-3.6572	0.192289267874	169	0.139175456112	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.8378203049
3.6572-3.9393	0.160884072831	160	0.133736735144	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.9353587589
3.9393-4.3353	0.145597457318	133	0.114881395949	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.8715478484
4.3353-4.9616	0.139096717303	184	0.114040693084	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.8389175258
4.9616-6.247	0.178606744053	148	0.148644198393	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.9043977055
6.247-39.29	0.182192360426	154	0.155104932858	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.3418990912

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