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万見
- PDB-6m5n: Apo-Form Structure of Borneol Dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5n
タイトルApo-Form Structure of Borneol Dehydrogenase
要素Borneol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / terpenoid / alcohol
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Borneol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. TCU-HL1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Khine, A.A. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Chen, H.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of borneol dehydrogenase from Pseudomonas sp. TCU-HL1
著者: Khine, A.A. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Chen, H.P.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Borneol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9095
ポリマ－27,6351
非ポリマー2734
水5,134285
1
A: Borneol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Borneol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Borneol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Borneol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,63520
ポリマ－110,5424
非ポリマー1,09316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area16890 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area36170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.629, 96.507, 142.562
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

ACT

21A-304-

ACT

31A-401-

HOH

41A-466-

HOH

51A-575-

HOH

61A-620-

HOH

71A-636-

HOH

81A-650-

HOH

91A-685-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Borneol dehydrogenase


分子量: 27635.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. TCU-HL1 (バクテリア)
遺伝子: THL1_4180 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B3EB36
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG 8000, sodium acetate, lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 21642 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.51 Å2 / CC1/2: 0.918 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 11.54
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.842 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2120 / CC1/2: 0.679 / Rpim(I) all: 0.413 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3ak4

3ak4


解像度: 1.84→25.55 Å / SU ML: 0.1878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.2282
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1815 1076 5 %
Rwork0.1569 --
obs0.1581 21527 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→25.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 0 285 2229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95712677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0613301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.05281167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.920.26511280.22492436X-RAY DIFFRACTION96.21
1.92-2.020.26871320.19092506X-RAY DIFFRACTION99.32
2.02-2.150.20681360.17882581X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.320.19371330.16652539X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.550.1991350.16122557X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.920.19671350.15962555X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.670.16531360.14272603X-RAY DIFFRACTION100
3.67-25.550.13771410.13682674X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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