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- PDB-6m5f: Crystal structure of HinK, a LysR family transcriptional regulato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5f
タイトルCrystal structure of HinK, a LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / LysR family / Transcriptional regulator / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wang, Y. / Lan, L. / Cao, Q. / Gan, J. / Wang, F.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31670136 中国
National Science Foundation (NSF, China)31870127 中国
National Science Foundation (NSF, China)81861138047 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HinK, a LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
著者: Wang, Y. / Lan, L. / Cao, Q. / Gan, J. / Wang, F.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator
B: Probable transcriptional regulator
C: Probable transcriptional regulator
D: Probable transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7974
ポリマ－144,7974
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15390 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area46760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.534, 152.493, 72.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 4 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 4 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRTYRTYR(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA422
12TYRTYRLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 30022 - 318
13TYRTYRLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 30022 - 318
14TYRTYRLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 30022 - 318
15TYRTYRLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 30022 - 318
16TYRTYRLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 30022 - 318
17TYRTYRLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 30022 - 318
18TYRTYRLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA4 - 30022 - 318
21TYRTYRTYRTYR(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB422
22SERSERALAALA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB3 - 30221 - 320
23SERSERALAALA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB3 - 30221 - 320
24SERSERALAALA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB3 - 30221 - 320
25SERSERALAALA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB3 - 30221 - 320
26SERSERALAALA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB3 - 30221 - 320
27SERSERALAALA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB3 - 30221 - 320
28SERSERALAALA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB3 - 30221 - 320

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要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulator


分子量: 36199.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0218 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6S0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / Density meas: 39.91 Mg/m3 / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium citrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 29609 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 59.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 116999
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.83.90.60915170.7050.3470.7051.00198.9
2.8-2.853.80.55614540.7610.320.6451.00897.7
2.85-2.93.90.46414540.7890.2680.5391.06297.6
2.9-2.963.70.39314770.8350.230.4581.07997
2.96-3.033.50.3414110.8420.2070.4021.08295.8
3.03-3.13.40.26914300.9010.1630.3171.10195.2
3.1-3.174.10.25715120.9310.1420.2951.14399
3.17-3.264.20.21814910.9370.1180.2491.15899.4
3.26-3.364.20.17614870.9680.0970.2021.16699.5
3.36-3.464.30.1514710.9690.0820.1721.1299.5
3.46-3.594.10.12715200.9810.070.1461.0899.3
3.59-3.734.20.10814860.9820.0590.1241.04299.4
3.73-3.94.10.10114940.9880.0550.1161.04799.3
3.9-4.114.10.08615140.9880.0480.0990.99299.1
4.11-4.3640.07614720.9910.0430.0881.04398.9
4.36-4.73.90.06814820.9920.0390.0780.98998.9
4.7-5.173.90.06214910.9940.0350.0720.90598.1
5.17-5.923.60.0614210.9930.0340.0690.97993.2
5.92-7.464.10.05714980.9960.030.0651.07998.6
7.46-503.90.04715270.9960.0260.0541.07298.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FZV

3fzv


解像度: 2.75→43.738 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 1509 5.1 %
Rwork0.1958 --
obs0.199 29571 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.54 Å2 / Biso mean: 65.9258 Å2 / Biso min: 29.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→43.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8719 0 0 21 8740
Biso mean---44.83 -
残基数----1156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89412103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1235329
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2346X-RAY DIFFRACTION14.301TORSIONAL
12B2346X-RAY DIFFRACTION14.301TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7503-2.8390.33221250.253247094
2.839-2.94050.36371370.272251998
2.9405-3.05820.38111400.2553250396
3.0582-3.19730.31991470.2323252598
3.1973-3.36590.26011240.2093260599
3.3659-3.57660.28111480.201258199
3.5766-3.85270.25811170.1936262499
3.8527-4.24010.26091340.1868257899
4.2401-4.85290.24171440.1654257199
4.8529-6.11150.24021470.1894246695
6.1115-43.7380.19171460.1768262099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.4544 Å / Origin y: 2.6938 Å / Origin z: 18.9272 Å
111213212223313233
T0.289 Å2-0.0119 Å2-0.0115 Å2-0.4292 Å2-0.0409 Å2--0.4096 Å2
L0.2228 °2-0.0426 °20.0234 °2-0.2258 °20.077 °2--0.6485 °2
S-0.0086 Å °0.0333 Å °-0.0145 Å °-0.0239 Å °0.0094 Å °0.0139 Å °0.0671 Å °-0.0381 Å °0.0015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 300
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 301
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 302
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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