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- PDB-3fzv: Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcrip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fzv
タイトルCrystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / LysR / transcriptional regulator / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PA01 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Knapik, A.A. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Wang, S. / Zimmerman, M.D. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. ...Knapik, A.A. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Wang, S. / Zimmerman, M.D. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Bujnicki, J.M. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
著者: Knapik, A.A. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Wang, S. / Zimmerman, M.D. / Cymborowski, M. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Bujnicki, J.M. / Minor, W.
履歴
登録2009年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator
B: Probable transcriptional regulator
C: Probable transcriptional regulator
D: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,7336
ポリマ－137,5414
非ポリマー1922
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14010 Å2
ΔGint-82.4 kcal/mol
Surface area46250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.332, 155.057, 72.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulator


分子量: 34385.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA01 (緑膿菌)
株: PA01 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA0218 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon Plus RIPL / 参照: UniProt: Q9I6S0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 32197 / Num. obs: 32197 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1563 / Rsym value: 0.569 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0062精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.71→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 32.233 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PROGRAM COOT HAS ALSO BEEN USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27899 1627 5.1 %RANDOM
Rwork0.22435 ---
all0.22712 30555 --
obs0.22712 30555 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å2-0.8 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8268 0 10 28 8306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.97811511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.522313375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59751118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03723.009319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.772151194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6431553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.821.55633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1561.52279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3228893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53632816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5774.52618
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 109 -
Rwork0.316 2153 -
obs--95.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70141.00430.6224.47560.43540.9501-0.03720.3191-0.0463-0.10430.1452-0.347-0.02770.175-0.1080.0550.00280.04870.1365-0.03260.078636.7884.393.216
22.1353-0.1208-0.17674.14610.72921.45840.0881-0.1489-0.10020.21850.0497-0.40130.13490.0466-0.13780.056-0.0032-0.04310.1116-0.00640.068236.779-0.5432.92
31.8090.39070.60563.02122.11892.4656-0.0170.08240.2761-0.0229-0.10890.0846-0.1364-0.10530.12580.0370.0270.02040.08830.05940.082813.05611.7347.043
41.0069-0.2655-0.43662.16532.33592.84540.0291-0.0096-0.12090.0794-0.17450.13580.0572-0.20950.14530.0868-0.0171-0.00870.07160.01860.070612.958-8.25929.332
51.8959-1.9328-3.23269.57243.0415.60990.4956-0.0015-0.0834-1.986-0.90341.4907-0.4747-0.1620.40781.09010.0648-0.38170.7177-0.54110.96769.897-23.701-7.668
61.9678-0.15993.93881.87350.54498.40770.09640.2968-0.05240.1125-0.44670.75970.25330.15840.35020.4120.07480.01330.6394-0.3740.47439.50127.43344.243
75.7242-0.56573.8915.4672-1.9854.1222-0.1445-0.42930.5616-0.3174-0.22340.0898-0.2815-0.16370.36790.25570.00130.01490.0494-0.06220.221620.88337.45858.86
813.3256-1.1474-7.35665.78370.707911.9957-0.27811.202-1.4624-1.3668-0.44220.5164-0.7641-1.07940.72030.98480.1478-0.12230.2654-0.19820.550220.971-35.011-22.085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A90 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B90 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3C90 - 299
4X-RAY DIFFRACTION4D90 - 300
5X-RAY DIFFRACTION5A4 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6B3 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7C2 - 84
8X-RAY DIFFRACTION8D4 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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