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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m5c | ||||||
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タイトル | Solution structure of avenatide aV1 | ||||||
要素 | avenatide aV1 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / cysteine-rich peptide / hevein-like peptide / plant | ||||||
生物種 | Avena sativa (エンバク) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Tay, S.V. / Wong, K.H. / Huang, J.Y. / Fan, J.S. / Yang, D.W. / Tam, J.P. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Solution structure of avenatide aV1 著者: Fan, J.S. / Tay, S.V. / Wong, K.H. / Huang, J.Y. / Tam, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m5c.cif.gz | 95.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m5c.ent.gz | 79.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6m5c_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6m5c_full_validation.pdf.gz | 500.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6m5c_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6m5c_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3741.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 1.0 mM avenatide aV1, 95% H2O/5% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 1.0 mM / 構成要素: avenatide aV1 / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 3.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |