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万見
- PDB-6m5a: Crystal structure of GH121 beta-L-arabinobiosidase HypBA2 from Bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5a
タイトルCrystal structure of GH121 beta-L-arabinobiosidase HypBA2 from Bifidobacterium longum
要素Beta-L-arabinobiosidase
キーワードHYDROLASE / (alpha/alpha)6 barrel / glycoside hydrolase family 121
機能・相同性
機能・相同性情報


(Ara-f)3-Hyp beta-L-arabinobiosidase / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / polysaccharide catabolic process / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain (group 4) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-L-arabinobiosidase / Beta-L-arabinobiosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Saito, K. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Fujita, K. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24380053 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22780094 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26660083 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H02443 日本
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of beta-L-arabinobiosidase belonging to glycoside hydrolase family 121.
著者: Saito, K. / Viborg, A.H. / Sakamoto, S. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Fujita, K. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular cloning and characterization of a beta-L-Arabinobiosidase in Bifidobacterium longum that belongs to a novel glycoside hydrolase family.
著者: Fujita, K. / Sakamoto, S. / Ono, Y. / Wakao, M. / Suda, Y. / Kitahara, K. / Suganuma, T.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-L-arabinobiosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,32927
ポリマ－96,9451
非ポリマー2,38526
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint44 kcal/mol
Surface area29070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.526, 88.616, 127.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-L-arabinobiosidase


分子量: 96944.609 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
遺伝子: DWV93_04865 / プラスミド: pET-23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A413AH52, UniProt: E8MGH9*PLUS

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非ポリマー , 6種, 575分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 % / 解説: Pillar
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 17% (w/v) PEG1000 and 0.1 M Tris-HCl (pH 6.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月4日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.35 Å / Num. obs: 79741 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.018 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.405 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4473 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.571 / Χ2: 0.83 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Aimless位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→44.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.065 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.109
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1855 3934 4.9 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.1594 75729 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.76 Å2 / Biso mean: 27.5 Å2 / Biso min: 17.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→44.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6636 0 152 549 7337
Biso mean--52.71 39.67 -
残基数----844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.6469358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4981.57813978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1195840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35324.709378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.078151047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9491522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021419
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 258 -
Rwork0.27 5530 -
all-5788 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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