+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m4s | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure Analysis of the cytochrome P450 CYP-Sb21 | ||||||
![]() | Cytochrome P450 hydroxylase sb21 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / CYP-Sb21 | ||||||
Function / homology | ![]() oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, F.W. / Li, S.Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-guided manipulation of the regioselectivity of the cyclosporine A hydroxylase CYP-sb21 from Sebekia benihana . Authors: Li, F. / Ma, L. / Zhang, X. / Chen, J. / Qi, F. / Huang, Y. / Qu, Z. / Yao, L. / Zhang, W. / Kim, E.S. / Li, S. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 101.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 73.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5nwsS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 45926.938 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: CYP-Sb21 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 276 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Chemical | ChemComp-HEM / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.58 % / Mosaicity: 0.95 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 / Details: BIS-TRIS, PEG 8000, Ca-acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: SIEMENS-NICOLET / Detector: PIXEL / Date: May 9, 2018 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Ni FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→52.8 Å / Num. obs: 33433 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.811 / Net I/σ(I): 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5NWS Resolution: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.773 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1307 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.127 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.01 Å2 / Biso mean: 23.702 Å2 / Biso min: 10.13 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.897 Å / Rfactor Rfree error: 0
|