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- PDB-6m4j: SspA in complex with cysteine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4j
タイトルSspA in complex with cysteine
要素SspA complex protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / cysteine desulfhydrase
機能・相同性Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CYSTEINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Vibrio cyclitrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, L. / Gao, H.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of an l-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System.
著者: Liu, L. / Jiang, S. / Xing, M. / Chen, C. / Lai, C. / Li, N. / Liu, G. / Wu, D. / Gao, H. / Hong, L. / Tan, P. / Chen, S. / Deng, Z. / Wu, G. / Wang, L.
履歴
登録2020年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SspA complex protein
B: SspA complex protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5326
ポリマ－75,7952
非ポリマー7374
水15,547863
1
A: SspA complex protein
ヘテロ分子

A: SspA complex protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5326
ポリマ－75,7952
非ポリマー7374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
2
B: SspA complex protein
ヘテロ分子

B: SspA complex protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5326
ポリマ－75,7952
非ポリマー7374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)132.264, 132.264, 152.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-921-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.8708, 0.491563, 0.008509), (-0.491635, 0.870707, 0.012785), (-0.001124, -0.015316, 0.999882)-0.05609, -0.02877, -38.628262

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要素

#1: タンパク質 SspA complex protein


分子量: 37897.465 Da / 分子数: 2 / 変異: C314S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cyclitrophicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The sequence has been deposited to NCBI with accession code WP_016789103.1. And C314S mutation was introduced.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8M ammonium citrate, pH 7.0 / PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→115 Å / Num. obs: 72776 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.962 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 11922 / CC1/2: 0.962

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VAX

3vax


解像度: 1.8→114.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.106 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.106
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1902 3655 5 %RANDOM
Rwork0.1657 ---
obs0.167 68787 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.79 Å2 / Biso mean: 22.156 Å2 / Biso min: 12.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å2-0.71 Å20 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→114.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5297 0 44 863 6204
Biso mean--21.04 32.28 -
残基数----694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.025556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9627573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8715728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28224.918244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.07615924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.61525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214239
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.97335556
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.401557
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.97756236
Refine LS restraints NCS数: 537 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 3.24 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 248 -
Rwork0.207 4640 -
all-4888 -
obs--99.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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