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- PDB-6m4e: Crystal structure of a GH1 beta-glucosidase from Hamamotoa singularis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4e
タイトルCrystal structure of a GH1 beta-glucosidase from Hamamotoa singularis
要素Beta-galactosidase-like enzyme
キーワードHYDROLASE / galactooligosaccharide / transgalactosylation / beta-galactosidase / beta-glucosidase / Hamamotoa singularis / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / beta-glucosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / alpha-D-mannopyranose / Beta-galactosidase-like enzyme
機能・相同性情報
生物種Hamamotoa singularis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Uehara, R. / Iwamoto, R. / Aoki, S. / Yoshizawa, T. / Takano, K. / Matsumura, H. / Tanaka, S.-i.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18K05445 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H05401 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a GH1 beta-glucosidase from Hamamotoa singularis.
著者: Uehara, R. / Iwamoto, R. / Aoki, S. / Yoshizawa, T. / Takano, K. / Matsumura, H. / Tanaka, S.I.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,67161
ポリマ－64,3461
非ポリマー5,32460
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint140 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.790, 172.830, 67.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-835-

HOH

21A-945-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-galactosidase-like enzyme / GH1 beta-glucosidase


分子量: 64346.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hamamotoa singularis (菌類) / 遺伝子: bglA / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q564N5

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 224分子

#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MIB Buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.29 Å / Num. obs: 55035 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.95
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.775 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 5423 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GXP

4gxp


解像度: 2.1→39.24 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 2751 5 %
Rwork0.174 --
obs0.175 55019 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 343 171 4802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.33211350.30032567X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.180.31651360.27852582X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.220.29111350.25162559X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.260.31370.25642603X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.310.26181360.22722600X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.370.23031360.20622567X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.19761360.19652590X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.20711360.18192593X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.560.22121380.18162610X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.650.22361350.18032565X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.740.21031370.18142610X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.850.20381370.17532601X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.980.19521370.16912605X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.140.20591380.17332609X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.330.20761370.16952621X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.590.18281390.16362627X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.950.1761390.16662647X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.520.16331390.14932646X-RAY DIFFRACTION100
4.52-5.690.18761410.15872676X-RAY DIFFRACTION100
5.69-39.240.18751470.17492789X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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