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万見
- PDB-6m40: Crystal structure of the NS3-like helicase from Alongshan virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m40
タイトルCrystal structure of the NS3-like helicase from Alongshan virus
要素NS3-like protein
キーワードVIRAL PROTEIN / MS3 / helicase / ALSV / Flavivirus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / virion attachment to host cell / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Alongshan virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Gao, X.P. / Zhu, K.X. / Chen, P. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Cui, S.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the NS3-like helicase from Alongshan virus.
著者: Gao, X. / Zhu, K. / Wojdyla, J.A. / Chen, P. / Qin, B. / Li, Z. / Wang, M. / Cui, S.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2131
ポリマ－55,2131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.875, 58.674, 191.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NS3-like protein


分子量: 55212.875 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA helicase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alongshan virus (ウイルス) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A344X2I9
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.16 M calcium acetate, 20% (v/v) PEG3350 and 5mM TECP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→47.87 Å / Num. obs: 20593 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.05 % / Biso Wilson estimate: 74.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 9.68
反射 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / 冗長度: 6.79 % / Rmerge(I) obs: 1.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 3256 / CC1/2: 0.75 / Rrim(I) all: 1.55 / Χ2: 0.75 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.89→47.87 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2939 935 4.54 %
Rwork0.2463 --
obs0.2485 20578 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 187.33 Å2 / Biso mean: 86.1011 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2995 0 0 0 2995
残基数----379
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.89-3.050.40491180.33292757287596
3.05-3.240.33681220.31442770289299
3.24-3.490.31571320.309328312963100
3.49-3.840.29671620.255328312993100
3.84-4.390.28061470.229628022949100
4.39-5.530.32741230.22152827295099
5.54-47.870.24761310.22032825295699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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