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- PDB-6m37: The crystal structure of B. subtilis RsbV/RsbW complex in the hex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m37
タイトルThe crystal structure of B. subtilis RsbV/RsbW complex in the hexagonal crystal form
要素
  • Anti-sigma-B factor antagonist
  • Serine-protein kinase RsbW
キーワードSIGNALING PROTEIN / sigma factor / anti-sigma / anti-anti-sigma / SigB / RsbW / RsbV
機能・相同性
機能・相同性情報


anti-sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity ...anti-sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine-protein kinase RsbW / : / Histidine kinase-like ATPase domain / Anti-sigma factor antagonist / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily ...Serine-protein kinase RsbW / : / Histidine kinase-like ATPase domain / Anti-sigma factor antagonist / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma-B factor antagonist / Serine-protein kinase RsbW
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Pathak, D. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1D1A1B03034088 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A6A3A11029218 韓国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the regulation of SigB activity by RsbV and RsbW.
著者: Pathak, D. / Jin, K.S. / Tandukar, S. / Kim, J.H. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
履歴
登録2020年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-protein kinase RsbW
B: Anti-sigma-B factor antagonist
C: Serine-protein kinase RsbW
D: Anti-sigma-B factor antagonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1054
ポリマ－54,1054
非ポリマー00
水00
1
A: Serine-protein kinase RsbW
B: Anti-sigma-B factor antagonist
C: Serine-protein kinase RsbW
D: Anti-sigma-B factor antagonist

A: Serine-protein kinase RsbW
B: Anti-sigma-B factor antagonist
C: Serine-protein kinase RsbW
D: Anti-sigma-B factor antagonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2108
ポリマ－108,2108
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.200, 158.200, 96.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 6 through 144)
21(chain C and (resid 6 through 85 or resid 113 through 144))
12(chain B and resid 2 through 101)
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPASNASN(chain A and resid 6 through 144)AA6 - 1442 - 140
211ASPASPGLUGLU(chain C and (resid 6 through 85 or resid 113 through 144))CC6 - 852 - 81
221GLYGLYASNASN(chain C and (resid 6 through 85 or resid 113 through 144))CC113 - 144109 - 140
112ASNASNSERSER(chain B and resid 2 through 101)BB2 - 1011 - 100
212ASNASNSERSERchain DDD2 - 1011 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Serine-protein kinase RsbW / Anti-sigma-B factor / Sigma-B negative effector RsbW


分子量: 15702.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rsbW, BSU04720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17904, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Anti-sigma-B factor antagonist / Anti-anti-sigma-B factor


分子量: 11350.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rsbV, BSU04710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17903

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 % / 解説: Rod-shaped hexagonal crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 20% w/v PEG3350 and 200 mM Potassium formate, ADP

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 13426 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 87.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2377

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3051精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1THN, 1TIL

1thn

1til


解像度: 3.1→45.668 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 653 4.87 %
Rwork0.2216 12750 -
obs0.2232 13403 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.25 Å2 / Biso mean: 80.5029 Å2 / Biso min: 41.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→45.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 0 0 3333
残基数----429
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A660X-RAY DIFFRACTION8.947TORSIONAL
12C660X-RAY DIFFRACTION8.947TORSIONAL
21B602X-RAY DIFFRACTION8.947TORSIONAL
22D602X-RAY DIFFRACTION8.947TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.1001-3.33940.33251250.28942491
3.3394-3.67530.24881300.22532495
3.6753-4.20680.25851350.21652512
4.2068-5.29890.22851340.19762553
5.2989-45.6680.25071290.22722699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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