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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m34 | ||||||
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タイトル | Structural and functional insights into an Archaeal synthase | ||||||
![]() | Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wei, C. / Sixue, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic insights into the biosynthesis of Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase in membranes 著者: Wei, C. / Sixue, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31785.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0279 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q57727, ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 10分子 ![](data/chem/img/MPG.gif)
![](data/chem/img/DMA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/DMA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MPG / [( #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-LDA / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 % |
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結晶化![]() | 温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 200 mM NaCl, 20% (w/v) PEG400, and 200 mM Tris-HCl (pH 7.0). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.89→39.91 Å / Num. obs: 16504 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.025 % / Biso Wilson estimate: 62.73 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 1.119 / Net I/σ(I): 9.65 / Num. measured all: 225465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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原子変位パラメータ | Biso max: 139.39 Å2 / Biso mean: 58.08 Å2 / Biso min: 31.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.46 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→39.91 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 41
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