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- PDB-6m2k: Uncommon structural features of rabbit MHC class I (RLA-A1) compl... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2k
タイトルUncommon structural features of rabbit MHC class I (RLA-A1) complexed with rabbit haemorrhagic disease virus (RHDV) derived peptide, VP60-10
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • RLA class I histocompatibility antigen, alpha chain 19-1
  • VP60-10
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC I complex / VP60-10
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / カプシド / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / nucleoside-triphosphate phosphatase / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / amyloid fibril formation / RNA helicase activity / learning or memory / 免疫応答 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / signaling receptor binding / focal adhesion / DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / タンパク質分解 / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / Viral genome-linked protein / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...: / Viral genome-linked protein / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Viral coat protein subunit / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RLA class I histocompatibility antigen, alpha chain 19-1 / Genome polyprotein / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhang, Q.X. / Liu, K.F. / Yue, C. / Zhang, D. / Lu, D. / Xiao, W.L. / Liu, P.P. / Zhao, Y.Z. / Gao, G.L. / Ding, C.M. ...Zhang, Q.X. / Liu, K.F. / Yue, C. / Zhang, D. / Lu, D. / Xiao, W.L. / Liu, P.P. / Zhao, Y.Z. / Gao, G.L. / Ding, C.M. / Lyu, J.X. / Liu, W.J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Strict Assembly Restriction of Peptides from Rabbit Hemorrhagic Disease Virus Presented by Rabbit Major Histocompatibility Complex Class I Molecule RLA-A1.
著者: Zhang, Q. / Liu, K. / Yue, C. / Zhang, D. / Lu, D. / Xiao, W. / Liu, P. / Zhao, Y. / Gao, G. / Ding, C. / Lyu, J. / Liu, W.J.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: VP60-10
B: Beta-2-microglobulin
A: RLA class I histocompatibility antigen, alpha chain 19-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5903
ポリマ－44,5903
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.612, 74.303, 152.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VP60-10


分子量: 1034.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
参照: UniProt: P27410*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン / Beta2m


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 RLA class I histocompatibility antigen, alpha chain 19-1 / RLA-A1


分子量: 31676.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06140
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 20% w/v PEG 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03923 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: CMOS / 日付: 2019年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 18060 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 37.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 2.78
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.758 / Num. unique obs: 18060

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DEG

5deg


解像度: 2.59→29.97 Å / SU ML: 0.406 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1048
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2938 745 5.07 %
Rwork0.215 --
obs0.219 14681 81.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3146 0 0 50 3196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00843240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01844404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.45921902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.790.4014950.30671774X-RAY DIFFRACTION52.9
2.79-3.080.36181360.29022301X-RAY DIFFRACTION68.4
3.08-3.520.3231550.2592879X-RAY DIFFRACTION85.01
3.52-4.430.29161720.20623394X-RAY DIFFRACTION98.48
4.43-29.970.24371870.16693588X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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