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- PDB-6m14: Crystal Structure of the BARD1 BRCT Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m14
タイトルCrystal Structure of the BARD1 BRCT Mutant
要素BRCA1-associated RING domain protein 1
キーワードTRANSFERASE / BRCT / disease mutation / OLA1 / ANTITUMOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA 3'-end processing / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / nuclear ubiquitin ligase complex / DNA strand resection involved in replication fork processing / homologous recombination ...negative regulation of mRNA 3'-end processing / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / nuclear ubiquitin ligase complex / DNA strand resection involved in replication fork processing / homologous recombination / tissue homeostasis / protein K6-linked ubiquitination / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of phosphorylation / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of protein export from nucleus / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of cell cycle / regulation of DNA repair / ubiquitin ligase complex / cellular response to ionizing radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RING-type E3 ubiquitin transferase / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / kinase binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / UCH proteinases / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
BRCA1-associated RING domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88001831059 Å
データ登録者Chen, T. / Huang, W.T.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 108-2311-B-007-002-MY3 台湾
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2022
タイトル: BARD1 is an ATPase activating protein for OLA1.
著者: Chen, T. / Yeh, H.W. / Chen, P.P. / Huang, W.T. / Wu, C.Y. / Liao, T.C. / Lin, S.L. / Chen, Y.Y. / Lin, K.T. / Hsu, S.D. / Cheng, H.C.
履歴
登録2020年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: BRCA1-associated RING domain protein 1
A: BRCA1-associated RING domain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3303
ポリマ－48,2342
非ポリマー961
水6,287349
1
B: BRCA1-associated RING domain protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1171
ポリマ－24,1171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
2
A: BRCA1-associated RING domain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2132
ポリマ－24,1171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.850, 75.254, 116.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 569 - 777 / Label seq-ID: 2 - 210

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AB
22chain 'B'BA

-
要素

#1: タンパク質 BRCA1-associated RING domain protein 1 / BARD-1 / RING-type E3 ubiquitin transferase BARD1


分子量: 24116.938 Da / 分子数: 2 / 変異: V695L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99728, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate,22% PEG 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88001831059→27.7540799692 Å / Num. obs: 41860 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.036 / Χ2: 0.865 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.88001831059-1.957.40.23540910.9760.0920.2520.91998.6
1.95-2.037.40.15541040.9890.0610.1670.92898.9
2.03-2.127.40.10541500.9940.0410.1130.93899.1
2.12-2.237.40.07841100.9960.030.0840.91598.6
2.23-2.377.40.0641650.9970.0240.0640.90999.5
2.37-2.557.40.04541690.9980.0180.0480.82999.3
2.55-2.817.30.03441930.9990.0140.0370.7499.5
2.81-3.217.20.03142460.9980.0120.0340.81499.5
3.21-4.0570.02842630.9990.0110.030.93799.7
4.05-27.75407996926.60.02644230.9980.0110.0290.71498.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NTE

2nte


解像度: 1.88001831059→27.7540799692 Å / SU ML: 0.157701932175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3435291979 / 位相誤差: 19.9417164219
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197539814327 2306 3.85193599038 %
Rwork0.16990566604 --
obs0.170982188006 41860 74.7297465984 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.1768193221 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88001831059→27.7540799692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 5 349 3734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01095652081933468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.109330506114694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0643043705954512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00908310883213592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.89898816692096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88001831059-1.92090.256929000364980.2141731531142444X-RAY DIFFRACTION51.1057498995
1.9209-1.96560.2198852444331000.1983527613362470X-RAY DIFFRACTION51.4308585151
1.9656-2.01470.2084174339721000.1927793687272479X-RAY DIFFRACTION51.1097899326
2.0147-2.06920.1974946208791000.1852628927752474X-RAY DIFFRACTION51.2035010941
2.0692-2.130.1946658270421000.1905976646222472X-RAY DIFFRACTION51.8234938545
2.13-2.19870.237527577032990.1880548277932489X-RAY DIFFRACTION51.6773162939
2.1987-2.27730.2020081803151060.1811586704062585X-RAY DIFFRACTION53.4458788481
2.2773-2.36840.2075876897121290.1683733297963342X-RAY DIFFRACTION69.4477791116
2.3684-2.47620.2093671131031750.1617033197414463X-RAY DIFFRACTION92.7971188475
2.4762-2.60660.1859787419841880.1601643384444672X-RAY DIFFRACTION97.0253543621
2.6066-2.76980.2110067213271890.169329587414708X-RAY DIFFRACTION97.5303724358
2.7698-2.98340.1923573615211870.1714074396874687X-RAY DIFFRACTION97.8911427998
2.9834-3.28320.1784295058931920.1631510537324665X-RAY DIFFRACTION96.4073044859
3.2832-3.75730.2017610456821800.1623922858524524X-RAY DIFFRACTION93.9297124601
3.7573-4.730.1698961675941830.1488173874354441X-RAY DIFFRACTION92.48
4.73-27.75407996920.2143664612881800.1855916156454645X-RAY DIFFRACTION96.4421347192
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.643507066410.2637746490531.08077276834.930332906982.012327185643.19038443704-0.02157763423090.0877686537590.0690944848588-0.267147255328-0.05139072131390.0648114714144-0.6759829064870.1554519384230.06099065688670.292362371642-0.05917824450280.04984783189580.19706345816-0.02848628601920.16982785801141.029693690216.21901988318.60108533101
23.665301101340.4352148566631.351721563112.671464680073.661596089215.610223884380.244648382917-0.183990547395-0.01667423681030.723216483630.156280212677-0.4853828324780.112401075860.351880560382-0.1380151466490.308534041229-0.0425256307909-0.007741512390410.163690885956-0.02500804143780.19337142596245.225042295312.833490435119.195355358
32.49538964230.7764448616751.191048492211.070560937321.534605947073.118175203435.94594652391E-5-0.1713807148560.3025648035860.2088129619390.205366577289-0.469883330488-0.1614500638940.6312953956120.002311609289260.178532484262-0.0169676629868-0.04335148584640.220477475178-0.07914112807240.27288962317748.7236348833-0.4908360444583.40342953342
43.26458800623-0.5666848660860.2493028178452.909450535060.2543440501672.39451415703-0.05072819457570.4101297007250.193077089702-0.2484932509190.0379239285081-0.122123131806-0.1976314206960.063023386942-0.05320611571720.1377871268080.0001118873519430.0227906648140.1627045197840.007673168057830.12317060286337.1856937664-4.288717324-11.2918142229
56.14556304606-0.819410075193-0.1194582407143.418247423110.1726390689392.47556507998-0.0731753459083-0.0160657402069-0.199752585939-0.07367159177540.1778478715260.1893341788590.0385174039001-0.2302362388320.01670877223380.0906659292560.01602306453650.004405348001240.1055198293180.02761053063610.06621099457331.637692092-11.6705066348-8.3497737812
64.479685033320.02406701221080.9328763866852.920532929151.507133585414.247215067250.0201803373402-0.3549389139480.2007875055170.2012084694670.0254530053145-0.0307275993637-0.0282393711788-0.119286360737-0.1167980927160.08790936212120.02614570821540.01897553655770.101118518831-0.007252734886020.085296178452435.1372900882-7.31273931405-0.634494245114
73.360580469221.070809143630.04819253852743.584941319440.9391315855193.839617309170.0898785098419-0.1624084272560.346067501787-0.120701283018-0.0390325790881-0.0253221310456-0.4490493834850.1050960271990.02034177746560.146830047784-0.04044791160190.03957429376180.176069214403-0.07585235091780.21454088831521.884559021814.485328404637.2128557357
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 569 through 628 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 629 through 655 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 656 through 675 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 676 through 728 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 729 through 754 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 755 through 777 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 569 through 617 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 618 through 642 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 643 through 655 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 656 through 675 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 676 through 728 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 729 through 754 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 755 through 777 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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