PDB-6m0q: Hydroxylamine oxidoreductase from Nitrosomonas europaea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m0q

タイトル

Hydroxylamine oxidoreductase from Nitrosomonas europaea

要素

Aerobic hydroxylamine oxidoreductase
Uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / apo-form

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nitrosomonas europaea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Fujiwara, T. / Fujimoto, Z. / Nishigaya, Y. / Yamazaki, T.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Juglone, a plant-derived 1,4-naphthoquinone, binds to hydroxylamine oxidoreductase and inhibits the electron transfer to cytochrome c 554.
著者: Akutsu, Y. / Fujiwara, T. / Suzuki, R. / Nishigaya, Y. / Yamazaki, T.

履歴

登録	2020年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m0q.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m0q.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m0q_validation.pdf.gz	17 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m0q_full_validation.pdf.gz	16.9 MB	表示
XML形式データ	6m0q_validation.xml.gz	160.7 KB	表示
CIF形式データ	6m0q_validation.cif.gz	223.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6m0pC 4n4nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n4n-d 6m0p-d 4n4o-d 5l6v-3 5w5r-3 5l6v-4 5w6j-3 6shj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (3) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (3)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

B: Uncharacterized protein

C: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

D: Uncharacterized protein

E: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

F: Uncharacterized protein

G: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

H: Uncharacterized protein

I: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

J: Uncharacterized protein

K: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

L: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

477 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

B: Uncharacterized protein

C: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

D: Uncharacterized protein

E: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
238 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

H: Uncharacterized protein

I: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

J: Uncharacterized protein

K: Aerobic hydroxylamine oxidoreductase

L: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
238 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.230, 141.910, 213.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質	Aerobic hydroxylamine oxidoreductase / hydroxylamine oxidoreductase 分子量: 64353.805 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1I0F3S0
#2: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 9688.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1H9ZKV8

-
非ポリマー , 6種, 2567分子

#3: 化合物	... ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-ISW / {3,3'-[(9S)-8,13-diethenyl-3,7,12,17-tetramethyl-9,10-dihydroporphyrin-2,18-diyl-kappa~4~N~21~,N~22~,N~23~,N~24~]dipropanoato(2-)}iron / Isoporphyrin containing Fe 分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: MES-NaOH, PEG 400, potassium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→48.73 Å / Num. obs: 567408 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 27.15 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 8.38
反射シェル	解像度: 1.99→2.11 Å / Num. unique obs: 91130 / CC_1/2: 0.544 / R_rim(I) all: 1.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N4N

4n4n

解像度: 1.99→46.18 Å / SU ML: 0.2303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 20.6059

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	28397	5.01 %
R_work	0.1625	-	-
obs	0.1644	567176	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→46.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27024	0	2238	2501	31763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0112	30234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4445	41544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0512	3918
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	5196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0619	10916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.01	0.3595	897	0.3458	17218	X-RAY DIFFRACTION	96.02
2.01-2.04	0.3286	939	0.2921	17952	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.04-2.06	0.3068	953	0.2805	18047	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.06-2.09	0.3025	966	0.2714	17991	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.09-2.11	0.2903	934	0.2502	17992	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.14	0.2725	944	0.2341	17896	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.14-2.17	0.263	960	0.2236	18021	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.17-2.21	0.2721	935	0.2242	18036	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.24	0.2508	937	0.2157	18000	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.24-2.28	0.2456	953	0.2123	17937	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.28-2.32	0.2488	938	0.2045	18004	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.32-2.36	0.2273	942	0.1927	18009	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.36-2.4	0.2368	954	0.188	17958	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.4-2.45	0.2198	947	0.1812	17994	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.45-2.51	0.2109	948	0.1695	18012	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.51-2.56	0.2032	952	0.1585	18003	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.56-2.63	0.2194	946	0.1638	17981	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.63-2.7	0.2075	950	0.1617	17960	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.7-2.78	0.2099	959	0.1642	18001	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.78-2.87	0.2132	950	0.1652	17966	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.87-2.97	0.2035	945	0.1612	17963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.09	0.2063	928	0.1605	18027	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.09-3.23	0.2145	958	0.1645	18025	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.23-3.4	0.1887	956	0.1536	17984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.61	0.1813	944	0.143	17977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.89	0.169	944	0.1327	17986	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.89-4.28	0.1494	959	0.1142	18034	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.28-4.9	0.1405	950	0.1119	17947	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.9-6.18	0.1549	943	0.1217	17983	X-RAY DIFFRACTION	99.98
6.18-46.18	0.1473	966	0.1252	17875	X-RAY DIFFRACTION	99.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.355122328737	-0.0542231537356	-0.162380133997	0.360700498033	-0.287887626924	0.417293545842	0.00821164811177	-0.0714556937019	-0.0653958571002	0.0243010957386	-0.0533490789923	-0.149960056768	-0.0471049225625	0.108929100997	-7.28486363023E-6	0.155563587636	-0.0161319427837	-0.0275791693695	0.204092626279	0.0375034480213	0.218736320699	24.9873407366	-53.553189754	32.5683625883
2	0.530443042244	-0.159658141999	0.0249943574605	0.40626007742	0.0413865711569	0.112155559352	0.00126184889495	-0.0519998562186	-0.102808486222	0.0567997032905	-0.032105189443	-0.144928738992	0.00604589350316	0.0783901448071	0.00157620146369	0.190554491707	-0.0265091312224	-0.0373820778034	0.222860588221	0.0674604341257	0.208240847677	21.5629388791	-57.2531655485	40.4597960651
3	-0.00801856397052	-0.0392481169861	-0.0127355239045	0.139919910259	-0.0621218277073	-0.0131985420327	-0.00990662347429	-0.00751696935682	0.00140953600451	-0.00498733104824	0.0038907716253	0.0231497992841	-0.0469664338791	0.0193346645051	5.58667138721E-6	0.19429804895	-0.0183945497381	-0.00569454181194	0.21246180769	0.0196921382961	0.1792393309	6.41367208301	-49.0469807603	29.3809339077
4	0.288817140682	-0.0936263391161	-0.00356313823817	0.0230052633306	-0.0760335484124	0.123210061906	-0.00256921189904	0.0569902501436	-0.0988268511394	0.00304672671716	-0.00108093035574	0.00748480504021	-0.00554067862431	-0.00855992917696	-0.000134023405156	0.178547106053	-0.00016559175683	-0.00301624393912	0.181696270788	-0.0115541732859	0.185923110188	-5.44325768812	-57.5231196444	18.1554666554
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26	0.251394835051	0.356868586524	0.172707487849	0.703610515931	-0.0580980517527	0.452784574822	0.0637678198212	0.0339942952388	0.0849030506494	0.236868843276	-0.0444411282365	-0.142191322859	-0.0426838072339	0.0536383035256	0.0110780787802	0.27645570361	-0.027000423169	-0.070250846182	0.193251532192	0.0102324684633	0.299035557026	-40.0532924257	-85.1408635216	46.1875684742
27	0.516195501707	0.298900049815	0.133173343634	0.888596757554	0.173282940969	0.126846940407	0.140777586885	0.0210230526266	0.0897187604477	0.320980944163	-0.118566725913	-0.435427666154	-0.0129442259227	0.0168080085154	-0.00484074803813	0.35765719709	-0.0495097401476	-0.164851339266	0.179538482891	0.00571124817189	0.221689877711	-40.4577600081	-92.1490758397	52.2842831863
28	0.252427207108	0.00891899737918	0.259953097101	0.1228014182	0.0850653526244	0.069652783678	0.0076025316075	0.0470528148268	0.00188436632754	0.079530370684	-0.0220621047129	-0.0684915438914	0.0235961969818	0.0331805404486	-6.21961329856E-6	0.24411697217	-0.0177551186844	-0.0292905336402	0.230165163275	0.0359678874424	0.238535877176	-51.169967122	-96.8741224475	35.4963200703
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30	0.102462283255	0.0313790726393	-0.137854986314	0.144576501885	-0.0922077637068	0.121468594151	0.0793115677985	0.247913534656	-0.11667190559	-0.0312643499082	0.0156462002379	-0.311897216099	0.18223235559	0.284560571501	-4.578370733E-6	0.354731252683	0.111690938782	-0.00765866403042	0.431549287798	-0.0537422221093	0.479744519517	-33.178148968	-123.085478585	15.0849009495

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 120 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 121 through 236 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 237 through 309 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 310 through 528 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 25 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 121 through 236 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 237 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 310 through 528 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 28 through 91 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 25 through 120 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 121 through 236 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 237 through 309 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 310 through 528 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 28 through 91 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'G' and (resid 25 through 120 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'G' and (resid 121 through 236 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'G' and (resid 237 through 309 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resid 310 through 528 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 28 through 91 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'I' and (resid 25 through 120 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'I' and (resid 121 through 236 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'I' and (resid 237 through 309 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'I' and (resid 310 through 528 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'J' and (resid 28 through 91 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'K' and (resid 25 through 120 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'K' and (resid 121 through 236 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'K' and (resid 237 through 309 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'K' and (resid 310 through 528 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'L' and (resid 28 through 91 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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