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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m0c | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution NMR Structures of DNA minidumbbell formed by 5'-CTTG CATG-3'. | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / DNA structure / minidumbbell / type II tetraloop | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Ngai, C.K. / Guo, P. | 引用 | ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2020 | タイトル: High-Resolution Structures of DNA Minidumbbells Comprising Type II Tetraloops with a Purine Minor Groove Residue. 著者: Ngai, C.K. / Lam, S.L. / Lee, H.K. / Guo, P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m0c.cif.gz | 93.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m0c.ent.gz | 65.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m0c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6m0c_validation.pdf.gz | 314 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6m0c_full_validation.pdf.gz | 405.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6m0c_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6m0c_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6m0bC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2417.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3'), 1 mM sodium phosphate, 0.02 mM DSS, 99.96% D2O Label: MDB_A6 / 溶媒系: 99.96% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 1 NaPi mM / Label: Normal condition / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |