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- PDB-1hvw: HAIRPINLESS MUTANT OF OMEGA-ATRACOTOXIN-HV1A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hvw
タイトルHAIRPINLESS MUTANT OF OMEGA-ATRACOTOXIN-HV1A
要素OMEGA-ATRACOTOXIN-HV1A
キーワードTOXIN (毒素) / cystine knot (シスチンノット) / beta-hairpin (Βヘアピン)
機能・相同性Omega-atracotoxin / Omega-atracotoxin, conserved site / Omega-atracotoxin / Omega-atracotoxin (ACTX) type 1 family signature. / calcium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region / Omega-hexatoxin-Hv1a
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics, dynamical simulated annealing
データ登録者Fletcher, J.I. / King, G.F.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Functional significance of the beta hairpin in the insecticidal neurotoxin omega-atracotoxin-Hv1a.
著者: Tedford, H.W. / Fletcher, J.I. / King, G.F.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The Structure of a Novel Insecticidal Neurotoxin, Omega-Atracotoxin-HV1, from the Venom of an Australian Funnel Web Spider
著者: Fletcher, J.I. / Smith, R. / O'Donoghue, S.I. / Nilges, M. / Connor, M. / Howden, M.E. / Christie, M.J. / King, G.F.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Structure-function Studies of Omega-atracotoxin, A Potent Antagonist of Insect Voltage-gated Calcium Channels
著者: Wang, X. / Smith, R. / Fletcher, J.I. / Wilson, H. / Wood, C.J. / Howden, M.E. / King, G.F.
履歴
登録2001年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMEGA-ATRACOTOXIN-HV1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6241
ポリマ－2,6241
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OMEGA-ATRACOTOXIN-HV1A / OMEGA-ACTX-HV1A


分子量: 2623.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The native peptide is naturally found in Hadronyche versuta (Blue mountain funnel-web spider).The mutant hairpinless toxin was synthesized by solid- ...詳細: This peptide was chemically synthesized. The native peptide is naturally found in Hadronyche versuta (Blue mountain funnel-web spider).The mutant hairpinless toxin was synthesized by solid-phase peptide synthesis, oxidized/folded in a glutathione redox buffer, then purified using reverse-phase HPLC.
参照: UniProt: P56207

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131E-COSY
1422D NOESY
152E-COSY
1622D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM hairpinless peptide, 0.1 mM TSP, 25 micromolar chloramphenicol5% D2O, 95% H2O
23 mM hairpinless peptide, 0.1 mM TSP, 25 micromolar chloramphenicol100% D2O
試料状態イオン強度: 0.005 / pH: 4.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2Brukerデータ解析
XEASY1.3.13Tae-he Xia and Christian Bartelsデータ解析
DYANA1.5Peter Guntert, Christian Mumenthaler, and Torsten Herrman構造決定
X-PLOR3.1Axel Brunger精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics, dynamical simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 231 NOE-derived distance restraints, 19 dihedral-angle restraints, and 16 restraints defining 8 hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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