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- PDB-6lyv: The crystal structure of SAUGI/KSHVUDG complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lyv
タイトルThe crystal structure of SAUGI/KSHVUDG complex
要素
  • SAUGI
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / DNA mimic protein / uracil-DNA glycosylase inhibitor / uracil-DNA glycosylase / DNA repair / herpesvirus
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / host cell nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / Uracil DNA glycosylase inhibitor superfamily / S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E ...S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / Uracil DNA glycosylase inhibitor superfamily / S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase / Core gene UL2 family protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liao, Y.T. / Ko, T.P. / Wang, H.C.
資金援助 台湾, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)103-2311-B-038-005-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)106-2311-B-038-002 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)106-2313-B-038 -004 -MY3 台湾
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the differential interactions between the DNA mimic protein SAUGI and two gamma herpesvirus uracil-DNA glycosylases.
著者: Liao, Y.T. / Lin, S.J. / Ko, T.P. / Liu, C.Y. / Hsu, K.C. / Wang, H.C.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: SAUGI
C: Uracil-DNA glycosylase
D: SAUGI
E: Uracil-DNA glycosylase
F: SAUGI
G: Uracil-DNA glycosylase
H: SAUGI
I: Uracil-DNA glycosylase
J: SAUGI
K: Uracil-DNA glycosylase
L: SAUGI
M: Uracil-DNA glycosylase
N: SAUGI
O: Uracil-DNA glycosylase
P: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,29916
ポリマ－339,29916
非ポリマー00
水14,088782
1
A: Uracil-DNA glycosylase
B: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
2
C: Uracil-DNA glycosylase
D: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
3
E: Uracil-DNA glycosylase
F: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
4
G: Uracil-DNA glycosylase
H: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14940 Å2
手法PISA
5
I: Uracil-DNA glycosylase
J: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
6
K: Uracil-DNA glycosylase
L: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
7
M: Uracil-DNA glycosylase
N: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
8
O: Uracil-DNA glycosylase
P: SAUGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.887, 92.196, 98.107
Angle α, β, γ (deg.)108.141, 90.612, 92.229
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
12
22
32
42
52
62
72
82

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPLEULEU(chain 'A' and resid 5 through 236)AA5 - 23622 - 253
221ASPASPLEULEU(chain 'C' and resid 5 through 236)CC5 - 23622 - 253
331ASPASPLEULEU(chain 'E' and resid 5 through 236)EE5 - 23622 - 253
441ASPASPLEULEU(chain 'G' and resid 5 through 236)GG5 - 23622 - 253
551ASPASPLEULEU(chain 'I' and resid 5 through 236)II5 - 23622 - 253
661ASPASPLEULEU(chain 'K' and resid 5 through 236)KK5 - 23622 - 253
771ASPASPLEULEU(chain 'M' and resid 5 through 236)MM5 - 23622 - 253
881ASPASPLEULEU(chain 'O' and resid 5 through 236)OO5 - 23622 - 253
192METMETTHRTHR(chain 'B' and resid 1 through 97)BB1 - 971 - 97
2102METMETTHRTHR(chain 'D' and resid 1 through 97)DD1 - 971 - 97
3112METMETTHRTHRchain 'F'FF1 - 971 - 97
4122METMETTHRTHR(chain 'H' and resid 1 through 97)HH1 - 971 - 97
5132METMETTHRTHR(chain 'J' and resid 1 through 97)JJ1 - 971 - 97
6142METMETTHRTHR(chain 'L' and resid 1 through 97)LL1 - 971 - 97
7152METMETTHRTHRchain 'N'NN1 - 971 - 97
8162METMETTHRTHR(chain 'P' and resid 1 through 97)PP1 - 971 - 97

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Uracil-DNA glycosylase / UDG / UNG


分子量: 29045.283 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q76RG8, UniProt: F5HFA1*PLUS, uracil-DNA glycosylase
#2: タンパク質
SAUGI


分子量: 13367.123 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q936H5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: tri-Ammonium citrate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 74977 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 41.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.437 / Num. unique obs: 7580

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AYS

5ays


解像度: 2.7→19.96 Å / SU ML: 0.3511 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.4378
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 3674 4.99 %
Rwork0.1918 --
obs0.1938 73649 93.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21737 0 0 782 22519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003422341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.596730392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04363339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00453844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.65968155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.730.30691030.25621759X-RAY DIFFRACTION62.19
2.73-2.770.33691150.25182509X-RAY DIFFRACTION86.29
2.77-2.810.29441240.26352623X-RAY DIFFRACTION90.33
2.81-2.850.29631400.26082688X-RAY DIFFRACTION94.11
2.85-2.90.31721530.25872691X-RAY DIFFRACTION95.37
2.9-2.940.31381360.2442852X-RAY DIFFRACTION97.39
2.94-2.990.29791520.24222752X-RAY DIFFRACTION97.42
2.99-3.050.28171530.24132796X-RAY DIFFRACTION97.58
3.05-3.110.31251750.24082749X-RAY DIFFRACTION97.05
3.11-3.170.28481280.23292823X-RAY DIFFRACTION96.88
3.17-3.240.29631120.21662786X-RAY DIFFRACTION97.61
3.24-3.310.26411540.21152811X-RAY DIFFRACTION97.12
3.31-3.40.22651670.20772756X-RAY DIFFRACTION97.21
3.4-3.490.29671320.19272802X-RAY DIFFRACTION97.02
3.49-3.590.20711320.19042794X-RAY DIFFRACTION96.86
3.59-3.70.22671370.19112773X-RAY DIFFRACTION96.01
3.7-3.840.24621560.18762733X-RAY DIFFRACTION95.79
3.84-3.990.21961350.1742773X-RAY DIFFRACTION96.16
3.99-4.170.20191390.16232741X-RAY DIFFRACTION96.1
4.17-4.390.18781250.15672767X-RAY DIFFRACTION95.54
4.39-4.660.19461430.15272726X-RAY DIFFRACTION95.19
4.66-5.010.17761670.15672683X-RAY DIFFRACTION94.53
5.01-5.510.19721450.17162678X-RAY DIFFRACTION93.57
5.51-6.280.2331630.18612631X-RAY DIFFRACTION92.82
6.28-7.830.19641430.18182640X-RAY DIFFRACTION91.97
7.83-19.960.16131450.15612639X-RAY DIFFRACTION92.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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