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- PDB-6lyf: Crystal structure of the mouse endonuclease EndoG(H138A/Se-Met) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lyf
タイトルCrystal structure of the mouse endonuclease EndoG(H138A/Se-Met)
要素Endonuclease G, mitochondrial
キーワードAPOPTOSIS / EndoG / DNase / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus ...mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / positive regulation of autophagy / cellular response to calcium ion / DNA endonuclease activity / cellular response to glucose stimulus / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / perikaryon / in utero embryonic development / nucleic acid binding / positive regulation of apoptotic process / response to antibiotic / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease G, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Park, K.H. / Woo, E.J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the mouse endonuclease G.
著者: Park, K.H. / Yoon, S.M. / Song, H.N. / Yang, J.H. / Ryu, S.E. / Woo, E.J.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease G, mitochondrial
B: Endonuclease G, mitochondrial
C: Endonuclease G, mitochondrial
D: Endonuclease G, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4928
ポリマ－110,3954
非ポリマー974
水3,243180
1
A: Endonuclease G, mitochondrial
B: Endonuclease G, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2464
ポリマ－55,1972
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
2
C: Endonuclease G, mitochondrial
D: Endonuclease G, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2464
ポリマ－55,1972
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.200, 81.880, 88.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

-
要素

#1: タンパク質
Endonuclease G, mitochondrial / Endo G


分子量: 27598.734 Da / 分子数: 4 / 変異: H138A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Endog / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O08600, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM NaCl, 1mM CdCl2, 100mM CHES, 10mM CTAB, 5% glycerol, 5% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.12 Å / Num. obs: 56219 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 39.44 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 28825 / Rsym value: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.12 Å / SU ML: 0.3627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2075
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 2448 4.95 %
Rwork0.1986 --
obs0.2015 49489 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7011 0 3 180 7194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00647186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06529771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05551037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.89264295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.860.37481480.26362749X-RAY DIFFRACTION99.69
2.86-2.920.31741270.25132750X-RAY DIFFRACTION99.9
2.92-2.990.31431290.24662799X-RAY DIFFRACTION99.93
2.99-3.060.29121330.24712776X-RAY DIFFRACTION99.93
3.06-3.140.27451640.23212784X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.2981180.23492754X-RAY DIFFRACTION99.97
3.24-3.340.32141500.21392748X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.460.26161780.20782782X-RAY DIFFRACTION99.97
3.46-3.60.27911700.20282696X-RAY DIFFRACTION99.97
3.6-3.760.27051540.19222808X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.960.28051080.19272799X-RAY DIFFRACTION99.97
3.96-4.210.22581590.17392735X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.530.20881330.15872809X-RAY DIFFRACTION100
4.53-4.990.25051230.16232783X-RAY DIFFRACTION99.93
4.99-5.710.22451590.17922746X-RAY DIFFRACTION99.97
5.71-7.190.23441510.20552780X-RAY DIFFRACTION99.9
7.19-48.120.19881440.19382743X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.3241861153 Å / Origin y: 27.5101005381 Å / Origin z: 67.3070337233 Å
111213212223313233
T0.183892301141 Å20.0294381307183 Å20.0111175278395 Å2-0.254263626312 Å2-0.0380992317317 Å2--0.19423422137 Å2
L1.02074254633 °2-1.09571805466 °20.421320423789 °2-1.65995303719 °2-0.6397004096 °2--0.362517634919 °2
S-0.0191676305243 Å °-0.109720461529 Å °0.155120163653 Å °-0.0747571606314 Å °0.0638795536379 Å °-0.0851151978535 Å °-0.00746507520282 Å °-0.125770794218 Å °-0.0420742442041 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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