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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lyf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the mouse endonuclease EndoG(H138A/Se-Met) | ||||||
![]() | Endonuclease G, mitochondrial | ||||||
![]() | APOPTOSIS / EndoG / DNase / mitochondria | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / DNA nuclease activity / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling ...mitochondrial DNA catabolic process / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / positive regulation of mitochondrial DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / DNA nuclease activity / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA catabolic process / negative regulation of TOR signaling / response to tumor necrosis factor / positive regulation of autophagy / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / perikaryon / in utero embryonic development / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / response to antibiotic / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, K.H. / Woo, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the mouse endonuclease G. 著者: Park, K.H. / Yoon, S.M. / Song, H.N. / Yang, J.H. / Ryu, S.E. / Woo, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 436 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 310.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27598.734 Da / 分子数: 4 / 変異: H138A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O08600, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200mM NaCl, 1mM CdCl2, 100mM CHES, 10mM CTAB, 5% glycerol, 5% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.12 Å / Num. obs: 56219 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 39.44 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 28825 / Rsym value: 0.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.3241861153 Å / Origin y: 27.5101005381 Å / Origin z: 67.3070337233 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |