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万見
- PDB-6lxu: Crystal structure of methionine gamma-lyase from Fusobacterium nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxu
タイトルCrystal structure of methionine gamma-lyase from Fusobacterium nucleatum
要素L-methionine gamma-lyase
キーワードLYASE / L-Methionine gamma-lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine desulfidase / carbon-sulfur lyase activity / homocysteine desulfhydrase / homocysteine desulfhydrase activity / methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Kezuka, Y. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP25462897 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23792130 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of methionine gamma-lyase from Fusobacterium nucleatum
著者: Kezuka, Y.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1104
ポリマ－43,8681
非ポリマー2423
水5,459303
1
A: L-methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: L-methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: L-methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: L-methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,44116
ポリマ－175,4734
非ポリマー96912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area23690 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area45970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.947, 99.915, 138.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-844-

HOH

21A-849-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-methionine gamma-lyase / MGL / Homocysteine desulfhydrase / L-cysteine desulfidase


分子量: 43868.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (strain ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131) (バクテリア)
遺伝子: FN1419 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8RDT4, methionine gamma-lyase, homocysteine desulfhydrase, L-cysteine desulfidase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 41% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2M Ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→43.06 Å / Num. obs: 145156 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.19→1.22 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 10334 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.285 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DIALSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFV

2rfv


解像度: 1.19→37.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.405 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16101 7273 5 %RANDOM
Rwork0.15198 ---
obs0.15243 137866 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 10.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.19→37.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 16 303 3341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9434358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9082.9927175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0445422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64224.806129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43815588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0871514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6380.951602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6370.9491601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0681.4262010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0691.4272011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9321.0921601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9311.0851596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4971.5782328
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.09812.1373632
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.92211.7593568
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.221 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 538 -
Rwork0.197 9785 -
obs--96.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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