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Yorodumi- PDB-3aej: Reaction intermediate structure of Entamoeba histolytica methioni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3aej | ||||||
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Title | Reaction intermediate structure of Entamoeba histolytica methionine gamma-lyase 1 tetramer containing Michaelis complex and methionine-pyridoxal-5'-phosphate | ||||||
Components | (Methionine gamma- ...) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE / gamma-lyase / L-methionine / entamoeba histolytica | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Entamoeba histolytica (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.59 Å | ||||||
Authors | Karaki, T. / Sato, D. / Shimizu, A. / Nozaki, T. / Harada, S. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Entamoeba histolytica methionine gamma-lyase 1 Authors: Karaki, T. / Sato, D. / Shimizu, A. / Nozaki, T. / Harada, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3aej.cif.gz | 606.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3aej.ent.gz | 495.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3aej.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/3aej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/3aej | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3aczSC 3aelC 3aemC 3aenC 3aeoC 3aepC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Methionine gamma- ... , 2 types, 4 molecules ABDC
#1: Protein | Mass: 42350.785 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Entamoeba histolytica (eukaryote) / Gene: metg / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: Q86D28, methionine gamma-lyase #2: Protein | | Mass: 42578.902 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Entamoeba histolytica (eukaryote) / Gene: metg / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: Q86D28, methionine gamma-lyase |
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-Non-polymers , 5 types, 429 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MET / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | 1. ACCORDING TO AUTHOR, THE SUBSTITUTION OF LEU TO SER AT A308, B808, C1308, D1808 ARE ALLELIC ...1. ACCORDING TO AUTHOR, THE SUBSTITUTI |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.48 % / Mosaicity: 0.975 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.6 Details: 1.8M (NH4)2SO4, 0.1M cacodylate buffer, 0.1M Li3(C3H5O(COO)3), 0.1mM pyridozxal 5'-phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 8, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.59→50 Å / Num. obs: 57709 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 12.448 |
Reflection shell | Resolution: 2.59→2.68 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5698 / Χ2: 0.795 / % possible all: 99.9 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3ACZ Resolution: 2.59→39.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.829 / SU B: 23.616 / SU ML: 0.229 / SU R Cruickshank DPI: 0.823 / SU Rfree: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.32 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.37 Å2 / Biso mean: 28.596 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→39.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.586→2.652 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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