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- PDB-6lxt: Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxt
タイトルStructure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit
要素Spike protein S2, Spike protein S2
キーワードVIRAL PROTEIN / 2019-nCoV / HR1 and HR2 domain / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhu, Y. / Sun, F.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2020
タイトル: Inhibition of SARS-CoV-2 (previously 2019-nCoV) infection by a highly potent pan-coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion.
著者: Xia, S. / Liu, M. / Wang, C. / Xu, W. / Lan, Q. / Feng, S. / Qi, F. / Bao, L. / Du, L. / Liu, S. / Qin, C. / Sun, F. / Shi, Z. / Zhu, Y. / Jiang, S. / Lu, L.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.details / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年5月6日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S2, Spike protein S2
B: Spike protein S2, Spike protein S2
C: Spike protein S2, Spike protein S2
D: Spike protein S2, Spike protein S2
E: Spike protein S2, Spike protein S2
F: Spike protein S2, Spike protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,65814
ポリマ－83,8776
非ポリマー7818
水00
1
A: Spike protein S2, Spike protein S2
B: Spike protein S2, Spike protein S2
C: Spike protein S2, Spike protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5899
ポリマ－41,9393
非ポリマー6506
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
2
D: Spike protein S2, Spike protein S2
E: Spike protein S2, Spike protein S2
F: Spike protein S2, Spike protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0695
ポリマ－41,9393
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11620 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.240, 57.580, 115.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Spike protein S2, Spike protein S2


分子量: 13979.517 Da / 分子数: 6 / 断片: HR1 domain,HR2 domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of SARS-CoV-2 S2 subunit HR1 domain (residues 910-988), linker (SGGRGG), SARS-CoV-2 S2 subunit HR2 domain (residues 1162-1206), and expression tag (GG)
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG 8000, 200 mM zinc acetate, 0.1 M MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.32 Å / Num. obs: 14470 / % possible obs: 94.02 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 1518 / CC1/2: 0.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WYY

1wyy


解像度: 2.9→47.32 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 737 -
Rwork0.2593 --
obs-14313 94.02 %
原子変位パラメータBiso mean: 87.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5205 0 32 0 5237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01325236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.93317058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0824883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.58673277
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 --
Rwork0.36 --
obs-1518 99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.879-0.23742.05211.1830.77554.1848-0.1692-0.31970.11150.2142-0.27780.01951.46520.53550.34250.3209-0.1685-0.00960.4257-0.03960.56480.2412-8.3537-9.1105
21.99281.27960.53840.49560.10119.1352-0.5006-0.0024-0.42690.4437-0.47840.21692.8674-1.28020.52690.7199-0.00320.10540.3763-0.01260.6602-3.9445-13.0811-24.3006
31.41050.05271.58390.87581.0117.9196-0.0724-0.41840.3088-0.1111-0.31380.1401-0.7469-1.64010.24680.419-0.05440.0530.38420.00260.5413-2.8489-2.3518-7.4223
41.2663-0.59750.88391.8861-1.15435.6942-0.688-0.00160.6351-0.5283-0.17050.063-3.1416-0.81460.54870.59940.0362-0.0130.4770.00450.6502-3.64213.0534-22.6603
50.83030.37250.62410.49111.28722.8979-0.0301-0.04180.09850.1336-0.1594-0.0282-0.61611.25960.32380.39660.0610.01340.41510.02620.49083.5558-3.4281-7.7641
61.4698-0.42811.89932.8031.07946.7348-0.31570.41350.3039-0.7129-0.8618-0.70160.90323.66750.16340.44910.00490.04020.84650.11970.609110.5411-3.7654-27.7443
71.05030.0366-2.40720.6764-2.36015.34160.10830.26090.0225-0.0180.07370.0499-0.8793-2.2547-0.20050.54960.0491-0.02570.65880.03150.6621-27.956412.9843-8.7303
81.44021.0851-1.01441.6632-2.51072.0012-0.97561.1960.32850.35030.09440.5788-3.2079-2.6311-0.40471.12970.69430.05552.14030.0610.8141-32.900418.4936-25.5955
91.5723-0.0307-2.33680.31511.21314.17380.23280.0061-0.07790.14760.1336-0.0731-3.9636-0.38110.30210.9160.0439-0.05370.43080.08610.8038-22.496915.3056-10.2925
100.10750.0799-0.81680.003-0.70055.4676-0.0801-1.13310.42170.6631-0.8776-0.56420.43193.11470.39340.76740.082-0.05121.4555-0.12660.798-19.38623.977421.4824
112.5998-0.875-0.32470.58740.90952.0237-0.1468-0.12180.2669-0.1874-1.0854-0.7374-2.12922.35680.27531.0129-0.32910.07670.92670.11240.8279-14.578916.5574-24.1988
123.29940.9945-4.77070.339-1.48626.89030.13460.45520.88320.2967-0.0674-0.0058-4.78420.6360.07131.7061-0.0680.1311.27970.41520.7938-18.259223.3735-51.4769
130.6453-0.56670.19480.91421.72463.2852-0.3878-0.0581-0.1503-0.0588-0.3009-0.19111.7520.72670.3630.4212-0.0903-0.03120.3467-0.06290.6499-22.97248.1924-10.9034
140.36690.07530.0020.223-0.94345.1251-0.31870.6689-0.18340.07890.1234-0.07393.2181-2.26690.51230.9609-0.267-0.02250.6369-0.15650.7258-25.69363.5944-20.4859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 912 through 1167 )A912 - 1167
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1168 through 1202 )A1168 - 1202
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 914 through 1165 )B914 - 1165
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1166 through 1202 )B1166 - 1202
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 912 through 1171 )C912 - 1171
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1172 through 1202 )C1172 - 1202
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 912 through 1174 )D912 - 1174
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1175 through 1197 )D1175 - 1197
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 915 through 985 )E915 - 985
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 986 through 1174 )E986 - 1174
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 1175 through 1196 )E1175 - 1196
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 1197 through 1202 )E1197 - 1202
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 913 through 987 )F913 - 987
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 988 through 1202 )F988 - 1202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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