+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lxt | ||||||
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Title | Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit | ||||||
Components | Spike protein S2, Spike protein S2 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / 2019-nCoV / HR1 and HR2 domain / VIRUS | ||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Zhu, Y. / Sun, F. | ||||||
Citation | Journal: Cell Res. / Year: 2020 Title: Inhibition of SARS-CoV-2 (previously 2019-nCoV) infection by a highly potent pan-coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion. Authors: Xia, S. / Liu, M. / Wang, C. / Xu, W. / Lan, Q. / Feng, S. / Qi, F. / Bao, L. / Du, L. / Liu, S. / Qin, C. / Sun, F. / Shi, Z. / Zhu, Y. / Jiang, S. / Lu, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lxt.cif.gz | 288.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6lxt.ent.gz | 226.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lxt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1wyyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13979.517 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: HR1 domain,HR2 domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The fusion protein of SARS-CoV-2 S2 subunit HR1 domain (residues 910-988), linker (SGGRGG), SARS-CoV-2 S2 subunit HR2 domain (residues 1162-1206), and expression tag (GG) Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0DTC2 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 10% PEG 8000, 200 mM zinc acetate, 0.1 M MES, pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: Cu FINE FOCUS / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 10, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→47.32 Å / Num. obs: 14470 / % possible obs: 94.02 % / Redundancy: 2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 1518 / CC1/2: 0.82 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1WYY Resolution: 2.9→47.32 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE
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Displacement parameters | Biso mean: 87.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→47.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→3 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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