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万見
- PDB-6lxp: TvCyP2 in apo form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxp
タイトルTvCyP2 in apo form 2
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Aryal, S. / Chen, C. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2628-B-002-013 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2628-M-002-011 台湾
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: N-Terminal Segment of TvCyP2 Cyclophilin fromTrichomonas vaginalisIs Involved in Self-Association, Membrane Interaction, and Subcellular Localization.
著者: Aryal, S. / Hsu, H.M. / Lou, Y.C. / Chu, C.H. / Tai, J.H. / Hsu, C.H. / Chen, C.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1491
ポリマ－20,1491
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MONOMERIC PROTEIN
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.823, 54.262, 59.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin A protein / PPIase


分子量: 20149.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_062520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2DLL4, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % / 解説: needle shaped
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.3 M Magnesium formate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→27.13 Å / Num. obs: 6685 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.356→2.441 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 487 / CC1/2: 0.919 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YBA

5yba


解像度: 2.35→27.13 Å / SU ML: 0.2886 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2371
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 949 10.35 %
Rwork0.1554 --
obs0.1629 6685 65.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→27.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1363 0 0 26 1389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89921874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.6471824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.480.2992720.2047664X-RAY DIFFRACTION36.93
2.48-2.630.32871040.2502902X-RAY DIFFRACTION50.2
2.63-2.840.34361160.22851019X-RAY DIFFRACTION56.47
2.84-3.120.28641350.20021167X-RAY DIFFRACTION65.43
3.12-3.570.22571490.1481427X-RAY DIFFRACTION79
3.57-4.50.21051850.12271543X-RAY DIFFRACTION85.67
4.5-29.930.16581880.13251498X-RAY DIFFRACTION84.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1929968730060.00760686896246-0.1520393595320.00138461730556-0.007704075994210.1139443882120.244843282196-0.135481574693-0.166911137693-0.1194226901460.0167866870170.1239418484470.1568886587650.1875359238640.3353291404270.07196896752140.0820395790484-0.09401125149740.2795699996690.04954430974680.0301772380312-5.38126043076-2.05657738481-4.44171716282
20.2973886520690.1469390219760.2378966447680.329289382777-0.292072970730.7503332162340.04315320282320.150366372094-0.302049009178-0.00670643957662-0.0875400288236-0.2891165434810.2966040117730.354427028640.0455995271290.1552023924130.02264859013860.005721205093590.169372467297-0.0370430851930.180708769322-10.0681483263-13.848762430310.0868652582
30.0305711526365-0.0207922078181-0.02283692960440.0359068699945-0.01790485870020.0401752831890.1753556918320.08422439428480.00802244032054-0.00787718869739-0.00906841227803-0.1668444043770.001107024616160.1915222035030.001448793373420.154622985222-0.0005448322909740.01244525500240.2370413049030.01132146246460.186690858635-0.863864953448-8.1726984700519.8445589915
40.002706842297060.01784342242690.01879013001990.213315046760.1914046040580.158881608475-0.0281056766047-0.198519737733-0.1350772085290.2417422068340.1230257605240.0145978107810.225971141281-0.1057491188830.03341904540680.1873477669210.00740732355731-0.0309175247510.1325967008140.04221347753170.126631094473-13.1766752498-12.195245472221.0277001817
50.196290631072-0.00244572717892-0.06599939553760.04581131265020.09658793028760.237400665814-0.1360142504990.0420158627398-0.03130417476130.01753159018930.05835871831430.1167619819940.103875923365-0.0474721242541-0.1085236113180.09503725486650.0202991628158-0.01077221394690.123307068954-0.001828199437340.180140202389-17.7224079712-7.5832899447122.035789124
60.2960327610730.0659020191196-0.09771263925460.141119398895-0.2424765089220.3412966829010.006139001590520.1104821847510.0210589868070.0193063153111-5.99896469663E-50.101071217853-0.1999373622080.1635384283840.0216685209380.1507790703-0.0223179015617-0.0308336286860.1093974363450.01056548447490.138972378808-12.31031581710.18536283991614.2239908077
70.0495178757398-0.07403879714280.01068100240210.167368199234-0.0718084103370.06361379293340.0546377880575-0.01526251665910.00718315579829-0.0297010269696-0.05519920653430.001683801282180.0844019560199-0.000105198703254-0.04504828381590.343766109361-0.133063949057-0.1278240396460.0319490438115-0.1157708393210.155905824815-22.7655748315-14.68162482599.51252437393
80.1219098780920.199272428630.04809078266130.774862794172-0.003802082242090.0383682158987-0.0338301791041-0.06979851777080.118753063229-0.0423288797088-0.07560461220860.3088480615190.1782512919270.0335210761981-0.008418895624720.205927663208-0.05178526677420.06624251001970.275844525309-0.08832261703410.15696683342-27.4012023547-12.668180705221.2978555808
90.07251738773790.01053179673750.0436502799689-0.002912932217910.01036197698590.0442076448214-0.0602775411950.32182601951-0.1424709626780.008991353716710.00815979898558-0.02577571395660.1566802219710.263133316176-0.0004482432109510.2642137399020.08095002954110.03481604891310.3305902072340.03534152935380.267235914815-5.70241630711-17.423072514611.2722838364
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 65 through 77 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 78 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 95 through 155 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 165 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 166 through 175 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 176 through 187 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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